莫拉桑出生於特古西加爾巴的一戶科西嘉貴族移民家庭，他自學成材，掌握了法語。因此其思想深受孟德斯鳩和盧梭的影響，軍事上主要追隨其科西嘉同鄉拿破崙·波拿巴。
1821年，中美洲宣布自西班牙統治下獨立的時候，莫拉桑正在擔任特古西加爾巴市長的助理。當時，特古西加爾巴傾向於建立獨立的中美洲共和國，但附近的科馬亞瓜市長卻主張與墨西哥合併。兩個城市因此交兵，莫拉桑作為一名志願者參加了特古西加爾巴的自衛軍隊，很快成為一名領導者。雖然特古西加爾巴等城市奮勇抵抗，但是中美洲還是於1822年被墨西哥統治者阿古斯汀·德·伊圖爾維德（阿古斯汀一世）征服。
莫拉桑此後轉入地下活動，參與了中美洲1823年擺脫墨西哥統治的運動。1824年，其叔父狄奧尼西奧·德·埃雷拉建立獨立的宏都拉斯共和國，莫拉桑被任命為共和國政府秘書長。成功擺脫墨西哥人之後，宏都拉斯、瓜地馬拉、薩爾瓦多、尼加拉瓜和哥斯大黎加五國代表在瓜地馬拉首都瓜地馬拉城召開會議，議定國體。在會議中，主張聯邦制的自由黨人壓倒了主張單一制的保守黨人，決定成立中美洲聯邦共和國。
1825年，曼努埃爾·何塞·阿爾塞在自由黨的支持下當選中美洲聯邦共和國首任總統，但是不久阿爾塞即倒向保守派，於1826年強行解除了支持自由黨的瓜地馬拉邦總督職務。被自由黨控制的薩爾瓦多因此宣布脫離聯邦，招致阿爾塞的武裝入侵，中美洲內戰開始。
1827年，阿爾塞派遣華斯托·米拉率領200名軍人前往宏都拉斯，在科馬亞瓜的支持下攻打狄奧尼西奧·德·埃雷拉控制的特古西加爾巴。莫拉桑作戰不利，被俘，米拉順利擊敗並俘虜埃雷拉，自任為宏都拉斯邦總督。莫拉桑乘間越獄成功，正當他準備流亡墨西哥的時候，自由黨命令其指揮一支成立於尼加拉瓜萊昂的部隊。莫拉桑接受了挑戰，並在11月11日率領這支小部隊一舉擊潰了米拉，11月27日，莫拉桑占領科馬亞瓜，宣布成為宏都拉斯的統治者。他傳奇般的勝利，使得他成為了自由黨實際上的軍事領袖，不久，他又率軍驅逐了薩爾瓦多境內的阿爾塞勢力，成為了薩爾瓦多的統治者。
1829年，莫拉桑率宏都拉斯和薩爾瓦多聯軍占領瓜地馬拉城，阿爾塞被推翻，次年，莫拉桑當選為新一任的中美洲總統。當政後，莫拉桑實行了一系列的改革措施，如政教分離、人人平等、言論自由等，並放逐了所有不與新政權合作的神職人員。1834年，莫拉桑將中美洲的首都從保守勢力濃厚的瓜地馬拉城遷往自由派堡壘聖薩爾瓦多。次年，由於當選總統何塞·德·巴列在就任前病逝，莫拉桑連任總統。
不久，拉斐爾·卡雷拉在保守派的支持下率領印第安人發動叛亂，控制了大部分的瓜地馬拉，並以游擊戰術對抗前來討伐的聯邦軍隊。在卡雷拉的影響下，中美洲多處爆發了叛亂。1838年4月，卡雷拉宣布瓜地馬拉永久退出中美洲聯邦。不久，中美洲國會被迫宣布各邦可以自行決定是否退出聯邦，於是各邦紛紛退出。1839年莫拉桑任滿後，全國大選未能如期舉行，僅有薩爾瓦多承認他的統治權利。雖然莫拉桑多次以少勝多，但是卡雷拉的保守勢力不斷增長。1840年，卡雷拉占領聖薩爾瓦多，莫拉桑被迫流亡哥倫比亞。
1842年，莫拉桑登入哥斯大黎加，成功推翻了剛剛自稱“終身統治者”的布勞略·卡里略，試圖以此為基地重建中美洲聯邦，但是不久即被推翻，在9月15日，即中美洲聯邦共和國成立紀念日的當天被處決。
莫拉桑死後被宏都拉斯和薩爾瓦多奉為民族英雄，兩國各有一個省以其名字命名，即宏都拉斯的弗朗西斯科·莫拉桑省和薩爾瓦多的莫拉桑省。
