亞洲栽培稻具有秈稻和粳稻兩個主要亞種，其起源相應也出現兩種理論，其中一種為單一起源理論，即秈稻和粳稻均由野生稻栽培而來；而另一種多起源理論認為，秈稻和粳稻在亞洲不同地點分別栽培而來。近年來，由於科學界觀測到秈稻和粳稻更多的遺傳差異性，多起源理論稍占上風。
美國紐約大學等機構的研究人員利用此前已公布的資料庫以及更先進的計算機運算規則，重新分析了亞洲栽培稻的進化史。他們的結論是，秈稻和粳稻具有同一起源，因為二者儘管具有諸多遺傳差異性，但彼此間的遺傳關係仍比與印度或中國發現的任何野生稻種類的遺傳關係都要近。
他們還對栽培稻和野生稻染色體上６３０個基因片段進行了重測序，結果也是基因測序數據與單起源理論更一致。
研究人員利用稻米基因的分子鐘分析了亞洲栽培稻的進化時間。他們認為，亞洲栽培稻大約８２００年前開始出現，而秈稻和粳稻在大約３９００年前開始分離。
這一結論與考古學發現相一致。考古學家發現，中國長江流域８０００年至９０００年前出現了栽培稻，而印度恆河流域大約４０００年前才開始出現栽培稻。
參與研究的紐約大學生物學家麥可·普魯加南說：“隨著栽培稻通過商人以及農民由中國傳入印度，它很可能與當地野生稻進行了大範圍雜交，這就是為什麼我們曾認為栽培稻可能起源於印度，但實際上是來自於中國。”
