集團介紹
學園都市直屬暗部組織“GROUP”，受亞雷斯塔·克勞利管轄。成員之間無隊長和隊員分別。在四人的背後有著龐大的人員支持。如後勤保障、隱滅證據等等。其職責是維持學園都市內部的安定和執行“無法向光明表達的事”，包括暗殺、滅口、消除資料和鎮壓等。他們每個人都是為了守護自己珍視的人才加入暗部的。
一方通行
或名鈴科百合子，『0930』事件以後在這個學園掛名學籍。
性別未知，是作者認可的第二主角。
學園都市乃至全世界最強的超能力者。只要接觸到皮膚，能夠自由操縱各種物理矢量的‘方向’(平常使用反射)，因為連直射日光都反射，頭髮和皮膚都呈現白色，瞳孔顏色接近紅色。缺乏外部刺激導致激素分泌異常，完全沒有第二性徵，無法分辨是男是女。
旁若無人的拒絕他人。由於過去能力不斷傷害別人。後來被上條打敗、遇到最後之作後，漸漸的會開始關心他人。喜歡罐裝咖啡，找到喜歡的口味會一口氣大量購買，直到膩了為止。
第五卷時因為腦部受損而失去演算及語言能力後得到「御坂網路」的輔助，不過受限於接續電極的電池壽命，能力使用時間也受到限制（30分鐘）。
為了使最後之作和光明世界的人們能永遠幸福而選擇投身黑暗，加入暗部組織“GROUP”。對待暗部人員施以地獄式殘忍的虐殺，從不留情（即使如此卻也因為黃泉川愛穗的出面阻止，而對是否該殺掉剛擊倒的“未元物質” 垣根帝督產生動搖）；而對於不幸捲入暗部的無辜光明世界的人們卻是不遺餘力地守護與救助（與垣根帝都戰鬥時一邊迎敵一邊施展能力保護無辜民眾。19卷中又救助了一位被暗部人員凌辱的少女和一位被暗部交火所傷生命垂危的孕婦），雖然本質善良，但無法原諒自己屠殺妹妹的罪行而始終視自己為“惡人”。
土御門元春
上條的鄰居和同班同學。 金髮，身穿夏威夷襯衫，操著不可思議的九州腔。
雖然平時馬馬虎虎，實際上卻是學園都市和英國清教的的雙邊間諜。同時也是不少機構的多重間諜。原本是陰陽師，最高階陰陽博士，最擅長的魔法為陰陽道風水黑術式，接受超能力開發後魔術使用便受到限制，以體術為主要武器(犯規的強)。TV版中激愛就讀家政學校，沒有血緣關係的妹妹舞夏（為了掩人耳目而創造的家庭背景）。
結標淡希
霧之丘女子學院2年級學生，學園都市58個空間移動能力者的其中一人。和白井黑子不同，是把物品從A點移到B點的坐標移動。由於一般性較高，較難控制，以前有過移動自己失敗腳卡在牆壁中的經驗，受此創傷後能力在等級四時停止成長。負責帶領別人進入沒有門窗的建築中。
曾協同都市外的敵對組織意欲偷出“樹形圖設計者”的核心碎片，但被一方通行擊敗。之後為保護被牽連的同伴加入"GROUP"。
海原光貴（偽）
（艾札力）
阿茲特克的魔術師。使用靠黑曜石匕首反射金星光線，被照到會立刻物質分解的托拉維斯卡幫提克烏托里之槍（Tlahuizcalpantecuhtli『 トラウィスカルパンテクウトリの槍 』）的複製品，再強的敵人也能一槍幹掉，精通易容術。並不是一個壞人， 因為上條精通魔術勢力與科學勢力，為了避免他成立新的『上條勢力』，奉組織之命侵入學園都市。
給人印象十分良好而且清爽的的一個男孩，是個很不錯的年輕人。心中喜歡御板美琴，但是卻無法做到如同土御門那樣放下恐懼融進他們的集體！在“暗部大戰”中表現活躍，成功偷襲了暗部BLOCK，發現了對方的陰謀並擊潰了了5000名進攻學園都市的僱傭兵。在擊倒了前來肅清自己的席琪桃爾後，為了拯救她免於被原典吸乾魔力而死，而剝離她身上的原典，也因此獲得了原典的術式。
學校
垣根帝督
垣根帝督是個直到15卷才出場的人物，雖然在15卷中戲份極多。總體來說卻很少，所以篇幅也遠小於一方通行。學園都市七位超能力者（Level 5）中的其中一人。是僅次於“一方通行”的第二名超能力者，同時也是學園都市暗部組織“School”的首領。 身高接近180厘米，跟第四名的麥野沈利有著很大的實力差距，因為是暗部人員，所以體術方面也不俗。
垣根帝督不喜歡別人用『未元物質』這個稱號稱呼他。在十月九日的事件中使用長刃手套“鑷子（ピンセット）”進行攻擊和情報蒐集。 在十月九日挑戰一方通行，結果反而被暴走的對方活活撕成碎片。現在大腦被分成了三瓣，分別位於生命維持裝置中，作為“未元物質產生器”而存在著。
心理定規
本名不明，穿著洋裝的女子。能力是“心理定規”，是將特定兩人間“內心的距離”用數值表示出來，並可以調整自己跟他人間內心的距離。由於第一次出場時駕著起重機，被濱面稱作“怪手女”。在十月九日的事件後被收歸“道具”、“學校”、“區塊”、“人員”的殘兵組成的聯合部隊。
砂皿緻密
是“School”藉由“人才派遣”雇用來的狙擊手，作為傭兵，“School”以一把價值70萬日圓的磁力狙擊炮代替雇用的費用。在十月九日的事件中暗殺親船最中失敗，隨後即於“Item”總部的攻陷戰中重傷。現在正在生命維持裝置中休養。 在哥斯大黎加內戰時曾經幫助過史蒂芬妮、葛佳絲巴蕾絲。兩人後來有著很深的牽絆。
譽望萬化
在頭上戴著金屬環的少年。從金屬環延伸出來的電線連線著腰部上的機械。護目鏡除了可以做到情報的分析、抽取、轉錄之外，也有作為能力開關的用途。他可以藉此整體運用發火、無聲化、透明化、電子操作等套用念動力衍伸出的、多種多樣的能力。為了滅口而殺了“人才派遣”。能力是大能力的念力使，在10月9日的暗部叛亂事件中被麥野沉利所殺。
道具
“Item”是類似“管理者”地位的學園都市暗部組織，主要成員由4名女孩組成。和“School”是敵對關係。任務是阻止統括理事會及高層的暴走。10/9事件後解體。 曾在外傳漫畫《某科學超電磁炮》八月十九日事件中作為阻止御坂美琴破壞“妹妹計畫”實驗設施的僱傭兵登場。
麥野沈利
學園都市七位Level5 超能力者中的第四位。“Item”的首領。喜歡吃鮭魚丼。 平常穿著高跟鞋，看似一個普通的高中女學生，其實私底下心狠手辣，為了完成目的而不惜犧牲所有夥伴。能力是“原子崩壞（原子崩し（メルトダウナー））”，可以操控不附在原子上的自由電子，使其處於在“波”和“粒子”之間的“曖昧狀態”，藉此發射電子線作為攻擊手段。（正式分類上被稱作“粒機波形高速炮”）可以控制電子。
而且，原子崩壞自身只能排到NO.4也有她自身的極限，只能操控自身接觸的自由電子，而且還不能極限演算，要不然自己都掛了，平時都是在低出力狀態下攻擊的 。但是關鍵是，不管是什麼物質，都是有原子構成的，那么麥野沈利就應該可以令起“崩壞”，就算是二者的演算能力有差距，但是此消彼長，也不會是壓倒性的平常維持著“低出力”的形態，是因為能力十分不穩定，需要很多的微調和慎重的設定。若是在“高出力”的狀態，一秒就可以殺掉第三名的御坂美琴，但自己也會灰飛煙滅。
絹旗最愛
暗部“Item”的主要成員，常在話里加上“超”來強調語氣。有著跟其十二歲的年齡不符的身材和面貌，但行為舉止都是十二歲。
能力是Level 4的“氮氣裝甲（窒素裝甲（オフェンスアーマー））”，在其皮膚上4～5厘米的距離內將氮氣壓縮，使其具有高密度和高防禦力，因此可以做出舉起汽車、接住子彈等不符常理的動作。
曾參與「暗暗的五月計畫」，通過參考一方通行的演算模式，使自己的的「只屬於自己的現實」最適化。能使在自身周圍製作出來的防禦力場自動展開。
絹旗十分珍惜夥伴，為了拯救夥伴可以犧牲自己來拖延對手。
喜歡看二流的B級電影。稱自己為“唯一能理解大導演想傳達的東西的人”。 在十月九日被為了拯救瀧壺和濱面，留下來拖延時間，但被垣根重傷。 在復原後，又跟為沙皿緻密報仇的史蒂芬妮決戰，最後幫助瀧壺和濱面從學園都市中逃脫。
瀧壺理後
“Item”的主要成員，穿著看似睡衣的粉紅色服裝。是個沒有精神的少女。
能力是Level 4的“能力追跡（能力追跡（AIMストーカー））”，藉由偵測AIM擴散力場來確定超能力者的位置（只要在太陽系內都找的到），並且能轉化對方的AIM力場，藉由擾亂對方的“只屬於自己的現實”來使對方的超能力爆走。不過使用能力時需要服用“暴走能力法則的解析用誘爆實驗”中開發出來能引發能力暴走，名為“液晶（體晶（たいしょう））”的白色粉末，屬於暴走後能夠提升能力並很好的控制的類型。但因使用能力時是進入暴走狀態，故無法過度使用能力，否則身體會崩壞（據垣根帝督所言，她只能再進入暴走狀態1、2次）。
在與濱面仕上接觸中，雙方貌似都對對方產生好感。 垣根帝督認為若是她的能力繼續正常成長下去，很可能會成為“第八人”（即第八位Level 5） 因為和濱面被統括理事會追殺，因此現在正前往俄羅斯的艾莉莎琳娜獨立國同盟。
由於過分使用“體晶”對身體造成很大負面影響，21卷在魔法幫助下恢復得不錯。
在22卷中她被認定為Level 5中的“第八位”，但是現階段還並為成型。能力是不用體晶干涉所有AIM擴散力場，或者說只要經過她仔細的控制，就可以自由刻畫別人的“只屬於自己的現實”，據理論經過調整練習之後可以輕易更改別人的能力等級和能力系統，製造複數能力者也變為可能，徹底顛覆學園都市現在的超能力者培養系統。有著“學園都市女王”的恐怖存在，但究其自身能力如何強大也並沒有什麼攻擊或者防禦手段，只是像普通的女孩子一樣。但這一切還為付諸實踐。
弗蘭達
Item”的主要成員，是個金髮的高中女生。習慣在話的開頭加上“結果（結局）”。能力不明。擅長使用各種暗器（如人偶炸彈），曾用此使美琴陷入苦戰。喜歡吃咖哩的罐頭。 性格狡詐多變，喜歡裝可愛。
在十月九日的事件中，由於想叛變到“School”，被麥野沈利腰斬殺死。
人員（Member）
人員
博士
本名不明，戴著眼鏡，穿著白色實驗用長袍的年長男子。“Member”的領導者。
是研究AIM擴散力場的專家，斷言結標淡希和瀧壺理後有成為Level 5的可能。使用手上的機器來控制及操作反射合金粒子“合歡（オジギソウ）”進行攻擊。跟在其身邊的機械犬則是由馬場芳郎控制。
被垣根帝督於十月九日殺死。
馬場芳郎
“Member”的成員。平常不露面，而是潛藏在第二十二學區中的理事會專用地下避難所“避暑地”，進行機械犬的遠端操作。藉此來保護博士和回報博士戰況。
在十月九日的事件中，被“School”暗算，被困在“避暑地”中，缺少食物和氧氣而陷入絕望的深淵(其實避難所里有夠用一年的食物和氧氣,但他那時喪失了理智)。
索綺特
阿茲特克的魔術師，是個皮膚黝黑的少女。
擅長從屍體中獲取其生前的想法，藉此安排後事跟確認遺言，因此有「死體職人」的稱號。使用由白玉髓所製成，形似鋸子的雙刃劍作武器，來到學園都市的目的是為了肅清投靠科學勢力的艾札力（偽海原光貴）。
登場時偽裝成一個穿紅色水手服的女學生，為了追殺艾札力而加入學園都市暗部組織「MEMBER」，在學園都市時使用可操縱別人武器的「原典」作主要攻擊手段，由此把獸皮製的原典縫在皮膚上，以發揮「原典」的最大功效。
查樂
穿著羽絨衣的男子，“Member”的一員。自稱“一流惡黨”。
能力是Level 3的“死角移動（死角移動（キルポイント））”，藉由繞到對手背後進行攻擊。也因如此，只要沒辦法掌握對手的位置就只能束手就擒。常使用“人質”這種卑鄙戰略。
區塊
直屬於統括理事會，首領為佐久辰彥，主要是負責監視學園都市與外部合作機構的聯繫。10月9日叛變，勾結外部傭兵欲攻殺掉亞雷斯塔，被Group鎮壓。
佐久辰彥
體格像熊的壯碩男子，28歲。是“區塊”的領導者。 跟覬覦學園都市的外部組織有所勾結，因此在都市外有5000人的傭兵援助。心狠手辣，做事殘忍不擇手段。 十月九日時，大舉的讓學園都市外的5000名傭兵闖進學園都市。結果在海原光貴的設計下，讓學園都市的“無人用戰鬥直升機”啟動，傭兵被屠殺的只剩幾百人。 打算利用僱傭兵闖進學園都市內的“拘留所”，再以“拘留所”中結標淡希的夥伴當作人質，交換進入亞雷斯塔所在的“沒有窗戶的大樓”的動作，與亞雷斯塔親自進行交涉。 但他過於執著在計畫上，結果在拘留所內與“集團”對峙時被手塩一拳打昏。
手鹽惠未
體格良好的女子，身高180厘米，25歲。“Block”的成員。身體強壯，徒手搏擊的能力極強。平常的職業是警備員。利用警備員的“逮捕術”加以改良作為攻擊手段。懂得利用地形、克服地形，儼然是個優秀的士兵。雖然策畫了利用結標淡希進入亞雷斯塔大樓的計畫，但不喜歡佐久強硬殘忍的作風。因為以前的某件事而對亞雷斯塔懷有怨恨。
山手
出場即被艾札力殺死，並以其面貌作為偽裝入侵了Block。
鐵網
陰鬱的少女，能力等級不詳，被偽裝的艾札力炸斷雙臂驚恐而死。
