政變背景
蘇我氏的專橫
622年4月8日（推古天皇三十年二月二十二日）（也有說是推古天皇二十九年二月五日），執掌朝廷政權的廄戶皇子（聖德太子）去世。聖德太子死後，再沒有能壓制大豪族蘇我氏的人，蘇我氏的專橫日甚一日，其權勢到了欺凌天皇家的地步。
626年6月19日（推古天皇三十四年五月二十日），蘇我馬子去世，其子蘇我蝦夷繼承了“大臣”之位。
628年4月15日（推古天皇三十六年三月七日），推古天皇沒有指定繼承人就去世了。有力的皇位繼承者有田村皇子和山背大兄王（聖德太子之子）。雖然山背大兄王有蘇我氏的血統（聖德太子之母是蘇我馬子的姐妹蘇我小姊君，山背大兄王之母是蘇我蝦夷的姐妹），但是山背大兄王賢能，同時有上宮王族（聖德太子一族）勢力的支持，這些都是蘇我氏專權的阻礙，所以蘇我蝦夷反而擁立沒有蘇我氏血統的田村皇子。蘇我蝦夷消滅了擁立山背大兄王的叔父蘇我境部摩理勢，擁立田村皇子即位，即舒明天皇。蘇我氏的權勢日盛一日，豪族們無法在朝廷中出仕，只有蘇我氏一黨能出仕。
641年11月17日（舒明天皇十三年十月九日），舒明天皇去世，皇后寶皇女即位，即皇極天皇。蘇我氏的專橫更甚往夕。
642年（皇極天皇元年）7月，因為久旱無雨，蘇我蝦夷在百濟寺祭拜菩薩像、四天王像，眾僧誦經、燒香，蘇我蝦夷進行祈雨。第二日，只下了一點點雨，之後就完全無雨。
642年8月，皇極天皇在南淵川邊祭拜四方，進行祈雨，不久雷雨大作，持續了5日。人們紛紛稱皇極天皇為“至德天皇”。這是蘇我氏和天皇家在被認為是古代君主資格的祈禱力方面的較量，天皇家取勝。
同年，蘇我蝦夷及其子蘇我入鹿為了建造自己的陵墓，勞役全日本的民眾，連聖德太子一族的領民也包括在內，聖德太子的女兒大娘姬王為此悲憤控訴。
643年（皇極天皇2年）10月，蘇我蝦夷託病，未經朝廷允許，私自將紫冠授與長子蘇我入鹿。蘇我入鹿成為大臣，蘇我蝦夷的次子取得了原屬於物部氏的“大臣”之位（以蘇我入鹿兄弟的祖母是物部守屋之妹為理由）。
上宮王族的滅亡
643年（皇極天皇2年）11月，蘇我入鹿欲擁立有蘇我氏血統的古人大兄皇子為天皇，因此有力的皇位繼承權者山背大兄王成了蘇我入鹿野心的阻礙。蘇我入鹿派巨勢德太、土師娑婆連率軍進攻山背大兄王所居住的斑鳩宮。山背大兄王憑舍人數十人，拚死抵抗，擊殺土師娑婆連，但最終逃往生駒山。此時山背大兄王的親信三輪文屋君勸山背大兄王逃往東國以圖東山再起，山背大兄王不願再給百生帶來戰亂之苦，又回到了斑鳩寺，和上宮王族的王子們一起自殺，有聖德太子血統的上宮王族就此滅亡。蘇我蝦夷聽說了蘇我入鹿滅亡山背大兄王一族的暴行後，發出了“此舉危及了蘇我氏”的嘆息。
政變經過
暗殺蘇我入鹿
神官一族的中臣鐮足（藤原氏的始祖）憎恨蘇我氏的專橫，秘密籌劃打倒蘇我氏的計畫。中臣鐮足首先接近輕皇子（日後的孝德天皇），但發現他的器量還不夠，就繼續尋找能起到武裝政變核心作用的人物。
在法興寺踢球時，中大兄皇子（日後的天智天皇）的皮鞋踢球時踢脫了，被中臣鐮足撿到交給中大兄皇子。就是這個緣分，讓倆人親近起來。中大兄皇子和中臣鐮足在南淵請安的私塾，學習周公、孔子的儒學，在往返的路上，密議打倒蘇我氏的計畫。中臣鐮足更進一步，把蘇我一族的長老蘇我石川麻呂引入了反蘇我入鹿的陣營，讓蘇我石川麻呂之女作了中大兄皇子的王妃。
645年（皇極天皇三年），三韓（新羅、百濟、高句麗）進貢的使者來到日本。在舉行三國的進貢儀式之時，大臣蘇我入鹿也必定會出席。中大兄皇子、中臣鐮足認為這是個好機會，決定暗殺蘇我入鹿。
645年6月12日，在舉行三國的進貢儀式之時，皇極天皇出席大極殿，古人大兄皇子隨侍身旁，蘇我入鹿也入朝。蘇我入鹿的猜疑心強，日夜劍不離手，在俳優道化的勸說下，蘇我入鹿解除了劍。中大兄皇子命令衛門府緊閉宮門。蘇我石川麻呂宣讀上表文。中大兄皇子持長槍隱藏在殿側，中臣鐮足取弓矢潛藏在一旁。海犬養勝麻呂把兩把劍交給佐伯子麻呂和葛城稚犬養網田。
原來負責斬殺蘇我入鹿任務的佐伯子麻呂和葛城稚犬養網田倆因為恐懼，於是把飯用水咽下去，便立刻就吐了出來。中臣鐮足訓斥倆人。蘇我石川麻呂宣讀表文之時，遲遲不見佐伯子麻呂等人動手，直冒冷汗、聲音亂擅、手在抖動。
中大兄皇子看刺客佐伯子麻呂等人畏懼蘇我入鹿之威，不敢動手，就親自跳出去。佐伯子麻呂等人也飛快殺出，砍到了蘇我入鹿的頭部和肩部。蘇我入鹿大驚，站起身來，被佐伯子麻呂砍到一隻腳。蘇我入鹿倒在皇極天皇御座前，叩首問道：“我有何罪？請天皇聖裁。”皇極天皇大驚，詢問中大兄皇子。中大兄皇子答道：“蘇我入鹿屠戮皇族，意圖奪取皇位。”皇極天皇聽了後就退向殿內。佐伯子麻呂和葛城稚犬養網田於是斬殺了蘇我入鹿。這日天降大雨，庭院中溢滿了雨水。蘇我入鹿的屍體只被蓋了一層紙障，扔到了庭院中淋雨。
蘇我氏宗家的滅亡
古人大兄皇子逃回自己的宮殿，並說“韓人殺鞍作臣（韓人指中大兄皇子、鞍作指蘇我入鹿），吾心痛矣”。中大兄皇子立刻進入法興寺做好戰備。諸皇子、諸豪族都加入中大兄皇子的陣營。歸化人漢直一族作為蘇我氏一黨，聚集在蘇我氏的城寨。中大兄皇子派遣巨勢德陀作說客，蘇我軍不戰而潰，紛紛逃亡。
645年（皇極天皇三年）6月13日，蘇我蝦夷在自家的城寨放火，《天皇記》、《國記》及其它珍寶都被點燃，自焚而死。船史惠尺在此時將《國記》從火中搶出，獻給中大兄皇子。就這樣，長年權傾朝野的蘇我氏宗家滅亡。
後續事件
645年（皇極天皇三年）6月14日，皇極天皇讓位於輕皇子即孝德天皇。中大兄皇子被立為皇太子。中大兄皇子任命阿倍內麻呂為左大臣，蘇我石川麻呂為右大臣，中臣鐮足為內臣（“內臣”是日本飛鳥時代的官職，屬於要職），並進行了被稱之為“大化改新”的政治改革。
社會觀點
輕皇子首謀者說
遠山美都男推測中臣鎌足、中大兄皇子只是參與乙巳之變的重要人物，輕皇子才是主謀。理由是：乙巳之變後，占據孝德朝的中樞的蘇我石川麻呂和阿倍內麻呂，都是在輕皇子的根據地難波周邊的勢力，其間總和輕皇子有些特殊的關係；乙巳之變後，大和政權遷都於難波長柄豐崎宮等。
效仿朝鮮半島諸國說
當時的時代背景是：在朝鮮半島的高句麗和新羅兩國，642年（皇極天皇元年），高句麗的淵蓋蘇文發動宮廷政變弒殺榮留王，成為高句麗新的統治者，而643年（皇極天皇二年）新羅的金庾信等人擁護善德女王，鎮壓了毗曇發動的叛亂，維持了王族中心體制。蘇我入鹿消滅了山背大兄王企圖集中權力，是有心效仿淵蓋蘇文；而發動乙巳之變的諸臣則與金庾信類似。以上是吉田孝的觀點。
保守勢力的政變說
在飛鳥甘樫丘的蘇我入鹿邸宅遺址，從2005年開始的挖掘成果證實：在所謂“谷之宮門”的地方是兵舎和武器庫。還有的觀點認為，從蘇我蝦夷邸宅的位置和蘇我氏建立的飛鳥寺的位置來看，蘇我氏在飛鳥板蓋宮的修築城寨，只是為了防備外敵，守衛都城。
這種說法認為：618年建立的大唐的影響力波及朝鮮半島。在倭國，掌權的蘇我氏感受到了來自大唐的軍事威脅。為此，一改倭國以往向百濟一邊倒的外交國策，與朝鮮半島的各國進行協調合作。與此相對的，向來在外交路線上親百濟的中臣鐮足和中大兄皇子等保守派，才意圖推翻蘇我氏為代表的開明派。打倒蘇我氏後，保守派推行親百濟的外交政策，與大唐發生了白村江之戰，並戰敗。所謂的“大化改新”是戰敗後，得了教訓才施行。
