中非基金採取自主經營、市場運作、自擔風險的方式進行運作和管理。在規範的公司治理結構下，中非基金選聘專業化團隊管理基金。 國家開發銀行作為股東，擁有豐富的項目評審和管理經驗、較為完善的專家資源庫；通過已投資的五支基金及三家專門基金管理公司，已建立較成熟的基金運行管理和風險控制機制。開發銀行“走出去”業務為中非基金儲備了必要項目，積累了在非洲投資的經驗。國家開發銀行以整體資源和優勢為中非基金提供專業化支持。
中非發展基金是中非互利合作進程中的一個創舉，它彌補了傳統模式下無償援助和貸款之間的空白，在不加重非洲國家債務負擔的情況下，通過市場化運作實現自身的持續健康發展。中非發展基金充分借鑑國際私募股權投資基金的操作模式，結合非洲國家的經濟發展方向，通過基金投資和諮詢服務等方式，發揮夥伴式推進器作用，引導和支持更多中國企業開展對非直接投資，以市場化方式促進非洲地區經濟發展和民生改善。 中非基金是我國政府全面推動中非新型戰略夥伴關係的新舉措、新方法，在資金性質、業務範圍以及運作模式上都具有鮮明的特色，並秉承以下方面的投資理念：致力於搭建中非經貿合作的橋樑與紐帶；致力於增強非洲發展的“造血”機能；積極履行投資的環境與社會責任；以市場化運作促進中非互利共贏。
