主要流派
傷寒派。傷寒派因張仲景的《傷寒論》而問世。傷寒派是問世最早的流派。張仲景介紹的辨證方法是六經辨證。其中還有明顯的藥證辨證和方證辨證，以及體質辨證的例子。張仲景的傷寒論對於中醫的興旺有著極其重要的貢獻。許多歷史上的名醫都承認他們的醫術之提高極大程度上得益與對傷寒論的研究。可以說不懂傷寒論，難以成名醫。
脾胃派。該派由李東垣創立。也叫作補土派。李東恆創立《脾胃論》學說，認為脾胃是水谷氣血之海，後天之本，虛則百病叢生，主張疾病由補脾胃，從脾胃著手論治。
滋陰派。由朱丹溪創立。該派治療以滋陰為主。他創立“陽常有餘，陰常不足”的論點，強調保護陰氣的得要性，確立“滋陰降火”的治則，為倡導滋陰學說，打下牢固的基礎。朱丹溪的醫學成就，主要是“相火論”、“陽有餘陰不足論”，並在此基礎上，確立“滋陰降火”的治則，倡導滋陰學說及《局方發揮》一書，對雜病創氣、血、痰、郁的辨證方面。其他，如惡寒非寒、惡熱非熱之論，養老、慈幼、茹淡、節飲食、節情慾等論，大都從養陰出發，均對後世有深遠的影響。
寒涼派。由劉完素 (劉河間) 為主。金元四大醫學家之一，研究五運六氣，為“寒涼派”的創始人。他發揮《內經》理論，提倡火熱論，並重視針灸治法，臨床施治重視井穴、原穴。並喜用五□穴，以火熱論思想指導針灸臨床，形成了以清熱瀉火為基點的針灸學術思想，對金元以後的醫家影響很大。他還倡傷寒火熱病機理論，主寒涼攻邪，善用防風通聖散、雙解散等方治療。
溫補派。指由張景岳，薛己主導的溫補陰陽的流派。他初創了“溫補學說”，提出“陰常不足，陽本無餘”的著名論點。他認為人的生氣以陽為主，難得而易失的為陽，既失而難復的也是為陽。他主張補益真陰元陽，攻邪必先扶正，反對輕率地使用寒涼藥和攻伐方藥，而以溫補為宗。他治療虛病，也多以補腎為主，極力推崇薛立齋常用的八味丸即腎氣丸。《金匱要略》方。由乾地黃、山藥、山茱萸、澤瀉、茯苓、牡丹皮、桂枝、炮附子等煉成蜜丸補火，六味丸補水的辦法，認為能獨得其妙，並在以上方劑的基礎上，化裁出左歸丸。由熟地、山藥、山茱萸、杞子、菟絲子、鹿角膠、杜仲、當歸、肉桂、制附子煉成蜜丸和左歸飲、右歸飲等名方，以作治療命門(腎)元陰和無陽衰微的主方。
溫病學派。葉天士為代表。該派用藥多以寒涼輕靈為特點。崇尚陰柔，恣用寒涼，治病喜歡補而害怕攻下，喜輕避重，講究平和。用藥大都是桑葉，菊花，金銀花，連翹，絲瓜絡，豆豉，薄荷等所謂輕靈之藥。畏麻黃，附子，大黃，乾薑，硫磺等如畏虎。該派對現代中醫的影響極深。
火神派。該派脫胎與傷寒派，但更主張補陽為先。所以該流派也叫作溫陽派和扶陽派。代表人物是鄭欽安。後人有吳佩衡，祝味菊，范中林，唐步祺，盧崇漢等。現在山西的李可老先生也屬於這一派。該派辨證特重陰和陽。用藥特點是用大量的附子，乾薑，肉桂，麻黃等等。
學院派。老實說，根本就沒有個學院派。這裡僅指的是那些按照中醫教材所學的中醫知識行醫的醫生。這個派沒有領頭人，對中醫理論發展上的貢獻，沒有扎紮實實讓人能服氣的臨床療效，沒有死心踏地的弟子輩不斷傳承其精神衣缽。如果沒有官方的持續支持將現在的中醫教材持續使用下去，這個派立刻就會消失。這個派學到的是來源於以上各個派別的皮毛而非其實質性的醫學能力。所以學院派的學生畢業,只能片面地了解得一些中醫知識。學院派以啟發學生為宗旨是應該的，而借用官方勢力來強詞奪理地推行死記硬背那一套學風，則是大錯特錯的。
狀況
在中醫學數千年漫長的歷史發展過程中，湧現出了扁鵲、張仲景、孫思邈等一大批著名醫家。他們在學術上各領風騷、獨樹一幟，形成了不同的學術流派。而相互之間的爭鳴與滲透，又促進了中醫學術的發展，使中醫理論不斷完善，臨床療效不斷提高，最終形成了中醫學“一源多流”的學術及文化特色，使中醫學好似一枝與眾不同而又爭奇鬥豔的奇葩，綻放在偌大的世界醫苑之中。
然而，幾千年過去了，曾對中醫學的發展起過重要推動作用的學術流派現狀如何？
國家中醫藥管理局和中華中醫藥學會新近完成的“中醫學術流派研究”，填補了建國後這一研究領域的空白，但其得出的結論引人深思。課題組在總結報告中這樣概括：“當前，中醫學術特色淡化、中醫流派出現嚴重斷層和脫節，甚至逐漸湮滅、消亡。”課題組還認為,民間還存在身懷絕技、享譽一方的名醫，但他們的生存狀況不容樂觀。
