自1996年元月起，該站陸續擔負起福清松下港元洪碼頭、下壟港融僑碼頭、平潭金井港娘宮碼頭、福州新港、福州國電江陰碼頭等國家一類開放口岸及省級開放口岸的出入境人員、交通運輸工具的邊防檢查、監護任務。
2010年，僅江陰港區就檢查出入境（港）船舶1119艘次，檢查出入境（港）人員24471人次，貨櫃吞吐量達63.59萬標箱，近年來連續居福州港各貨櫃碼頭之首。
該站2009-2010年連續兩年被評為公安邊防部隊邊防檢查機關提高邊檢服務水平成績突出單位，站黨委2007年被總隊評為“先進支隊級黨委”，2010年被總隊評為主題教育先進單位；2008年機要查控科被授予“全國巾幗文明崗”榮譽稱號；執勤業務二科 被評為福建省“青年文明號”，2003—2005年度被福州市委、市人民政府評為文明單位以及軍民共建精神文明建設先進單位，多次被總隊評為基層建設先進單位。此外，多名官兵受到中央、省市各級表彰。
