平涼、慶陽兩市的進出口商品檢驗工作起始於二十世紀70年代中期。
1975年，在平涼、慶陽兩地設立進出口商品檢驗科，分別隸屬平涼、慶陽兩地外貿處管理。
1976年，平涼、慶陽進出口商品檢驗科更名為中華人民共和國蘭州進出口商品檢驗局平涼、慶陽進出口商品檢驗處，分別隸屬於平涼、慶陽地區外貿局，科級建制。
1981年，中華人民共和國蘭州進出口商品檢驗局平涼商檢處撤銷，保留慶陽商檢處，隸屬於慶陽地區外貿局。
1989年12月，成立中華人民共和國平涼進出口商品檢驗局，隸屬甘肅進出口商品檢驗局領導，縣級建制。撤銷慶陽商檢處，設立平涼進出口商品檢驗局慶陽工作組。
1997年12月，撤銷平涼進出口商品檢驗局慶陽工作組。
1999年10月，原甘肅進出口商品檢驗局、蘭州動植物檢疫局、蘭州衛生檢疫局“三檢合併”，成立中華人民共和國甘肅甘肅出入境檢驗檢疫局，原中華人民共和國平涼進出口商品檢驗局更名為中華人民共和國平涼出入境檢驗檢疫局。
