內設機構
辦公室
負責文電、會務、機要、外事、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、財務、固定資產管理、後勤等工作;負責機關和指導直屬單位的思想政治工作和黨群工作；承擔市委、市政府和上級部門交辦事項的督促落實。
人事科
負責局機關和直屬單位的人事管理、機構編制和勞動工資等工作；負責局機關和直屬單位的離退休人員服務工作；承擔本局紀檢監察工作；協助鎮區政府做好鎮區環保分局人事管理和紀檢監察工作。
綜合科
擬訂環境保護規劃、計畫、環境功能區劃；指導鎮區環境保護規劃編制；組織國家城市環境保護綜合整治定量考核和廣東省環保責任考核工作；開展強制性清潔生產審核工作；指導和推動環境科技和環保產業發展；參與環境保護治理設施運營單位資質審核工作；組織環保專項資金的申報，監督與績效評價；負責環境統計、信息化建設工作。
建設項目管理科
承擔許可權內的規劃環境影響評價審查、項目環境影響評價審批工作，監督、指導鎮區環保分局項目環境影響評價工作。
污染源控制科
監督管理全市大氣、土壤、噪聲、光、惡臭的污染防治；組織實施排污許可證管理、工業廢水轉移的審批管理；負責省、市重點污染源監督管理；參與反生化恐怖攻擊工作。
總量控制科
負責指導污染減排工作，提出總量控制計畫,擬訂並組織實施總量控制制度，確定環境容量和組織實施主要污染物有償使用和交易，負責總量減排核查與考核，審核總量減排指標。
固體廢物與輻射管理科
監督管理固體廢物、輻射環境及核技術套用中的污染防治；負責進口廢物原料利用及危險廢物貯存、處理和轉移等事項審批和管理；負責危險廢物、嚴控廢物經營許可證的備案和管理；負責承擔涉源單位輻射安全許可證的核發及放射性同位素的轉讓、轉移的審批和備案；負責參與核與輻射事故的應急回響和調查處置，參與反輻射恐怖攻擊和核電事故應急工作。
生態保護科
綜合管理全市自然生態保護和農村環境保護工作，組織編制生態保護規劃，指導生態示範創建及農村環境綜合整治，牽頭組織生態文明試點建設；牽頭開展水環境綜合整治工作，跟蹤生活污水處理設施建設，承擔水環境綜合整治工作聯席會議的日常工作。
法制科
負責有關環保法制工作，承擔機關有關規範性檔案合法性審核；組織擬訂環保政策；負責行政處罰案件審理，辦理行政複議、應訴和賠償等工作；負責行政執法監督檢查；承擔普法工作；負責環保宣傳和教育工作，負責綠色學校、社區等創綠和社會公眾參與工作；協調環境新聞的採訪報導；負責企業守法環保審核和證明。
領導介紹
周小川局長：主持市環境保護局全面工作。
詹根祥副局長：分管綜合科（環境信息中心）和市環境科學研究院工作；負責聯繫東升鎮、東鳳鎮、南頭鎮、阜沙鎮工作。
郭衛華副局長：分管人事科（黨務、工會、青年、婦女）、生態保護科和環境監察分局工作；負責聯繫黃圃鎮、三角鎮、民眾鎮、東區工作。
余劍華副局長：分管辦公室（財務）、建設項目管理科和市環境科學學會工作；負責聯繫南朗鎮、火炬區、五桂山、三鄉鎮工作。
杜敏副局長：分管污染物排放總量控制科和市環境監測站工作；負責聯繫古鎮鎮、橫欄鎮、小欖鎮工作。
鄧毅平紀檢組長：分管紀檢監察工作，協管人事工作；負責聯繫港口鎮、石岐區工作。
曹英姿總工程師：分管污染控制科和固體廢物與輻射管理科工作；負責聯繫南區、板芙鎮、神灣鎮、坦洲鎮工作。
蔡居雄分局長：分管法制科工作；負責聯繫西區、沙溪鎮、大涌鎮工作。
韋國棠辦公室主任：協助蔡居雄同志聯繫西區、沙溪鎮、大涌鎮工作。
主要職責
（一）貫徹執行國家和省有關環境保護的方針政策和法律法規，擬訂本市環境保護的有關規範性檔案並監督實施，組織擬訂環境保護規劃，組織擬訂環境功能區劃。
（二）擬訂全市環境綜合整治定量考核和廣東省環境保護責任考核工作計畫，並組織和監督各有關單位實施。
（三）承擔落實全市污染減排目標的責任。擬訂並組織實施總量控制制度，確定環境容量和組織實施主要污染物有償使用和交易，負責總量減排核查與考核，審核總量減排指標，牽頭組織實施污染源普查工作。
（四）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。負責組織審查全市規劃環評檔案，負責全市建設項目的環境影響評價檔案的審批，建設項目竣工環境保護驗收、排污申報登記、排污許可證管理、排污費和超標排污費的徵收等工作,會同有關部門管理市級環境污染治理資金。
（五）負責環境污染防治的監督管理。牽頭組織對全市環境狀況、污染狀況的調查和評價，制定水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理制度並監督實施，負責重大環境事故、生態破壞事件的調查處理，負責環境監察、環境保護行政稽查和違法案件的查處，負責處理環境污染的來信來訪，解決環境污染糾紛。
（六）指導、協調、監督全市生態保護工作。牽頭組織生態文明試點建設工作，組織評估全市生態狀況和開展生態補償工作，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作，監督檢查各種類型自然保護區以及風景名勝區的環境保護工作。
(七)負責民用核與輻射環境安全的監督管理。協助國家監督管理核設施安全，參與民用核事故應急處理，負責輻射環境事故應急處理，監督管理民用核設施、核技術套用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治，參與反生化、反核和輻射恐怖攻擊工作。
（八）承擔全市飲用水源和地表水質的監測任務，負責水污染防治的監督管理，牽頭做好水環境綜合整治工作，指導、協調、監督海洋環境保護工作。
（九）負責組織環境監測、統計、信息管理工作。組織建設和管理環境監測網和環境管理信息系統，組織編制環境質量報告書，發布環境狀況公報。
（十）指導環境保護科技工作。配合上級環保部門開展環境保護治理設施運營單位資質審核工作，監督管理環境影響評價工作，組織開展強制性清潔生產工作
（十一）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作。制定並組織實施環境保護宣傳教育綱要，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十二）負責管理直屬單位，指導鎮區環境保護分局的業務工作和各行業的環境保護工作，協助鎮區政府管理鎮區環保分局人事工作。
（十三）承辦市人民政府和省環境保護廳交辦的其他事項。
