學校專業
中藥學院現設有7個教研室、2個研究室和3個本科教學實驗中心，並附設藥學博物館與藥用植物園。現有學生2300餘名，其中本科生1700名，碩士生、博士生600餘名。本科生的培養設中藥學專業、中藥資源與開發專業、中藥製藥專業，其中中藥學專業為國家特色專業建設點、江蘇省品牌專業；中藥資源與開發專業為江蘇省品牌專業建設點。在中藥學專業內分設中藥分析、中藥生物技術兩個專業方向。中西醫結合基礎（藥學）二級學科博士點，學校自主設立的天然藥物化學二級學科博士點。其中，中藥學學科為國家一級重點學科培育建設點，生藥學學科是國家級重點學科，天然藥物化學學科是藥物化學國家級重點學科的重要組成部分。我院設有中藥學博士後流動站，並是我校藥學博士後流動站的重要組成部分，各學科方向均可招收博士後研究人員。
師資力量
學院現有教職工110餘名，包括教授21名，副教授32名，講師21名，其中長江學者特聘教授2名，博士生導師13名。已故的著名中醫藥學家、中國科學院學部委員葉桔泉教授在學院執教終身；已故的徐國鈞院士是我國生藥學學科的開拓者之一，他創立的中藥粉末鑑定學具有國際先進水平。
建設成果
學院承擔了多項國家重點科技攻關項目、國家“863”重大專項和國家自然科學基金重點項目、“重大新藥創製”國家重大科技專項及省部級重點科研項目，獲得了包括國家科技進步一等獎在內的多項國家和省部級獎勵，研究開發出以關附甲素一類新藥為代表的一批創新藥物。
下屬機構
天然藥物化學教研室
生藥藥用植物學教研室
中藥分析學教研室
中醫藥學教研室
中藥藥理學教研室
中藥製劑學教研室
中藥資源學教研室
生藥學研究室
中藥複方研究室
天然藥物實驗中心
藥用植物實驗中心
中藥生物機能實驗教學中心
中國藥科大學藥學博物館
中國藥科大學藥用植物園
學科建設
中藥學院現設天然藥物化學、生藥學藥用植物學、中藥製劑學、中藥藥理學、中藥分析學和中醫藥學等6個教研室，另設生藥學、中藥複方學、中藥開發、遺傳育種學、中藥生物技術和中藥資源學等6個研究室；並附設有中藥標本館與藥用植物園。
其中天然藥物化學教研室是中國藥科大學國家級重點學科藥物化學學科的重要組成部分，生藥學科是國家級重點學科，現代中藥與天然藥物化學為江蘇省重中之重學科，學院還設有原國家醫藥管理局新藥研究管理中心南京中藥複方和質量標準研究重點實驗室。
人才培養
中藥學院現有學生近1600多名，其中本科生1220餘名，碩士生和博士生400餘名。根據教育部專業設定的要求，並考慮到學生畢業後的工作需要，本科生的培養在中藥學專業內分設中藥分析、中藥製藥、中藥生物技術等三個專業方向。生藥學二級學科博士點，天然藥物化學是中國藥科大學藥物化學博士點的重要組成部分，中藥藥理學是該校藥理學博士點的重要組成部分，另外還設有中西醫結合基礎的博士點。
天然藥物化學、生藥學、中藥藥理學等學科作為該校藥學博士後流動站的重要組成部分，均可招收博士後研究人員。中國藥科大學是 教育部指定的接收藥學類外國留學生的學校，作為該校培養留學生的重要基地，中藥學院每年招收較多來自世界各地的外國本科生、碩士生和博士生。
研發成果
近年來，學院承擔了多項國家攻關項目和國家自然科學基金項目及大量省部級重點科研項目。年均科研經費超過600萬元。獲獎科研項目主要有:
1．“長沙馬王堆一號漢墓古屍研究”獲全國科學大會獎；
2．“常用中藥材品種整理和質量研究” 獲國家科學技術進步一等獎；
3．“番紅花球莖復壯、增產技術及推廣研究” 獲國家科學技術進步二等獎；
4．“中藥材同名異物品種的系統研究、貝母類、金銀花類、大黃類、石斛類品種研究”獲國家科學技術進步三等獎；
5．“常用中成藥質量檢測技術”獲國家醫藥管理局科學技術進步一等獎；
6．《中藥材粉末顯微鑑定》獲中華人民共和國新聞出版署頒發的全國優秀圖書科學技術進步一等獎；
7．“銀杏葉提取物——總黃酮和總內酯”獲國家中醫藥管理局中醫藥科學技術進步一等獎；
8．“生脈散複方化學成分動態變化與藥效關係的研究”獲國家中醫藥管理局中醫藥基礎研究一等獎；著名古方生脈散的基礎研究獲中國中西醫結合學會科學技術進步一等獎（省部級）；
9．“校內藥用植物實習基地建設與教學實踐”獲國家教育委員會國家級教學成果二等獎。
10. 66種常用中藥材質量標準及對照品的研究獲國家科技進步二等獎。
編著出版了《生藥學》、《方劑學》、《中藥製藥工程原理與設備》、《常用中藥材品種整理和研究》、《中藥顯微鑑定學》、《中國藥材學》、《中藥辭海》、《香港常用有毒中藥圖鑑》和中藥實驗課系列教材等數十部著作，每年在國內外刊物上發表論文數百篇。近年來，發表論文1079篇 ，被SCI收載281篇，專利申請42項（其中5項為國際專利），獲得專利授權28項。
學院十分重視產學研結合，先後與天津中藥集團、恆瑞醫藥股份公司、連雲港正大天晴製藥集團、康緣製藥等數家大中型企業建立了良好的合作關係。研製的國家一類新藥—關附甲素已獲新藥證書並投入試生產，原料藥西紅花甙類、西紅花多甙片獲國家二類新藥證書，另外，尚有一批一、二、三類新藥正在研製中。每年以中藥新藥開發為主的套用研究項目經費500萬元左右。在新藥開發研究中，學院各學科齊全配套，臨床前所有工作均可在院內完成。學院現有國家新藥評審委員10名，涵蓋中藥新藥審評的所有學科。
