綜合計畫部
參與擬訂菸葉種植、收購、儲備和調撥計畫；參與擬訂菸葉調撥價格；負責組織全國菸葉購銷交易；承擔購銷契約、委託加工契約的管理工作；參與菸葉信息化工作；承擔菸葉收購、調撥和工商庫存信息統計分析工作；承辦領導交辦的其他事項。
生產管理部
承擔菸葉生產的組織、指導和協調工作；負責菸葉生產基地建設的指導工作；承擔菸葉中外技術合作與交流工作；參與擬訂菸葉生產技術標準，參與審定菸草新品種；負責全國菸草種子、肥料、農藥、烤房等相關物資、設施、技術的試驗示範、質量監測和認證推廣工作；承辦領導交辦的其他事項。
收購管理部
承擔菸葉收購的指導、協調、監督工作；參與擬訂菸葉收購價格和補貼政策；參與擬訂菸葉國家標準，負責對菸葉國家標準的實施工作進行指導、監督；參與組織菸葉國家標準技術培訓；核准全國菸葉收購基準樣品；承辦領導交辦的其他事項。
基層管理部
研究提出菸葉生產基礎設施建設總體規劃、實施計畫和實施方案，負責基礎設施建設的指導工作，組織建設項目驗收評價；承擔全國菸葉基層站建設和菸葉基層隊伍建設的指導、協調工作；承辦領導交辦的其他事項。
復烤管理部
承擔打葉復烤企業管理和制度建設的指導工作，參與擬訂技術改造規劃、技術標準；負責打葉復烤工藝技術交流與推廣工作；參與擬訂打葉復烤加工費用標準；承辦領導交辦的其他事項。
財務部
擬訂公司財務管理、會計核算辦法；承擔公司財務管理、會計核算工作；編制並組織實施公司財務預算，負責公司會計決算工作；承擔公司國有資產管理工作；承辦領導交辦的其他事項。
經營部
承擔進口菸草專用肥料的經營管理業務；承擔進口菸葉國內流通管理工作，參與擬訂菸葉進口計畫和分配計畫，參與進口菸葉的制樣、看樣驗貨和監督加工等工作；承辦領導交辦的其他事項。
