中國科學院青海湖聯合科研基地主要從事青海湖地區候鳥遷徙行為的研究；青海湖及周邊地區進行禽流感病毒的分子流行病學調查以及禽流感傳播途徑的研究；區域環境動態變化分析的研究（包括水域環境變化、植被環境變化、動物棲息環境變化、動物遷徙環境變化）；以地理、生態、水文、遙感、大氣、計算等多學科交叉的流域尺度地表過程實驗觀測和模擬研究；發展高寒地區生態-水文過程理論及方法，從事青海湖演變與全球變化的關係的研究；青海湖以及環湖生態系統結構的研究，建立青海湖以及環湖保護區生態系統服務價值評價等科學問題；高寒陸地表層的地表過程、生態與水文相互關係、土壤與生物的作用機理的研究；資源多樣性分布格局變化研究以及生態環境治理關係的研究等。