（一）機構
為保證統一協調，科學高效地進行網路工程建設和運行工作，在國家發改委領導下，建立工程執行委員會（簡稱執委會）。執委會由參建各方主要領導組成。在執委會領導下，地殼工程中心承擔網路工程項目法人職責，參建各方派駐業務司處領導以獨立身份參加管理。建立項目科學技術專家委員會，設立首席科學家，代行總設計師職責，建立項目執行專家委員會，設立總工程師和總會計師，建立首席科學家設計負責制、總工程師技術負責制和總會計師財務負責制的三師負責制。
（二）職責
工程執行委員會 向國家主管部門和參建各方負責； 負責工程整體領導與決策； 負責參建各方的協調，並簽訂國家數據共享協定； 簽訂分部門承建協定。 地殼運動監測工程研究中心 向執委會負責，承擔項目法人職責； 與國家簽訂工程項目的總契約； 負責編制項目立項建議書、可行性研究報告、初步設計和開工報告； 負責編制工程概預算； 簽訂分項目執行契約； 簽訂施工監理契約； 負責工程招投標； 負責工程進度管理； 負責工程質量管理； 負責批覆設計變更。 項目科學技術專家委員會 負責項目科學設計和科學決策； 審議項目立項建議書、可行性研究報告和初步設計； 審議工程實施和項目分解計畫； 對工程建設進度和質量進行定期評估。 項目執行專家委員會 負責編制項目立項建議書、可行性研究報告、初步設計和開工報告； 負責工程技術設計，編制技術規程； 負責工程施工設計； 對設計變更提出審核建議； 負責工程建設進度； 負責工程建設質量； 負責工程概預算； 負責工程財務決算； 負責工程財務管理。 （三）管理程式
工程的建設和運行實行統一設計、統一規程、統一進度、統一質檢、統一驗收，分級實施、部門負責的契約制管理體制。
計畫編寫 總工程師及其領導下的總體設計組與工程實施組負責編制每年工程運行實施計畫和項目分解計畫，編制項目設計任務書及執行計畫，編制項目運行契約。
總會計師及其領導的預算管理組和財務管理組，根據項目運行計畫和執行情況，編制經費概預算、決算，並監督契約款項的執行。
承擔項目運行契約任務的部門根據工程運行任務書及契約的要求，編寫具體實施計畫，報地殼工程中心，經審批後，嚴格按計畫運行。
契約管理 網路工程項目全部實行契約管理和重要設備及基建項目招投標管理體制。參建各方分別指定一個所屬事業法人單位與地殼工程中心簽訂項目總承建契約，執行項目建設和運行計畫。實施過程嚴格執行契約規定的技術指標與進度計畫。
技術培訓 網路的實施，執行上崗證制度，凡參加勘選、基建、觀測、數據處理、檢查驗收等作業的人員需進行技術培訓，經考核合格並取得相應資質證書，持證上崗。
進度 各實施單位要按工程實施計畫要求，嚴格按契約規定定期向地殼工程中心報告施工進度，以便進行工作協調。
撥款方式 網路工程項目建設費實行分級撥款制。國家投資預算由總會計師負責編制。項目經費按契約規定下達至契約承擔部門，由各部門指定專職會計師負責管理，並向總會計師負責。經費使用嚴格按契約計畫執行。
項目經費下撥實行預算制，項目按計畫分階段實施、分階段撥款，並執行質量保證金制度。各階段執行結束，經檢查驗收合格後，退回質檢金，並續撥下一階段執行經費。檢查不合格，不退質檢金，並暫停下階段撥款。
