( 一)土地經營規模小，農戶生產效益低
在農村，目前大都按人口或勞動力平均分配土地，這種方式雖能調動農戶的積極性，但是形成了分散、細碎、小規模的土地經營方式。這種以農戶為基本單位的小規模、分散經營方式與市場經濟要求的大規模集約化經營之間的矛盾日益暴露。據測算，每個農村勞動力耕種15畝以上土地，收益才可以超過務工收入，但在我國絕大部分地區都遠遠達不到這個標準，再加上主要農產品價格不合理，糧食價格有下跌趨勢，農業生產資料價格直線上升，農民負擔增長速度超過收入增長速度，使得農民種田成本高，收入低，致使很多農民放棄土地，到農業以外尋找就業門路，再加上缺乏土地流轉機制，必然會出現撂荒和掠奪性經營問題。
( 二)農地非農化問題嚴重，耕地數量、質量均有所下降，土地資源浪費嚴重
根據國家統計局資料顯示，“六五”期間，我國淨減少耕地235萬公頃，年均減少47萬公頃；“七五”期間，全國淨減少耕地123萬公頃，年均減少25萬公頃。今後30年是我國進入全面建設小康社會和實現工業化的重要發展時期，隨著經濟的發展，人民的居住、工業乃至基礎設施建設都需要大量耕地；同時，退耕還林還草還湖的實施也將減少耕地2113.67萬公頃。此外，每年因水土流失的耕地面積也有4541萬公頃。與此同時，占用耕地的現象日益突出，出現了盲目占用、寬占用、占而不用和亂占濫用的情況。農地在利用中非農化的問題嚴重，這其中以觀光農業、城市農業、生態農業為名將農地非農化的問題最為突出。以土地出租的方式，使一部分耕地和良田在不變更農地所有權，實質上也是一種非農化行為。這種現象不僅是對耕地的蠶食和占用，更會因競爭的不公平從而導致出現尋租現象，使土地稅費流失。
( 三)不合理、違法用地嚴重
在發展小城鎮的過程中，當地政府往往用行政化的辦法來推動，小城鎮建設規模過大，在蠶食耕地的同時又沒有發揮出城市化的作用。《中共中央關於進一步加強土地管理切實保護耕地的通知》，對農村目前存在的土地問題提出了更高的管理要求。但各地對“路邊店的整治”、對在“耕地上建磚瓦窯廠”及鄉鎮企業所占耕地等諸多問題仍然缺乏有效的治理手段和措施。一些小城鎮建設大片違規占地，一些鄉改鎮的政府機關趁改制之機，擅自占用耕地整體搬遷，這種嚴重的違規的行為至今還在發生。
( 四)違法興建和超占宅基地現象突出
隨看人民生活水平的提高，住宅興建攀比之風在廣大農村盛行，導致居民點周圍良田被人為蠶食。未批先建、少批多占現象十分突出。有的農戶為了自家方便，打圍牆，搭豬圈，也有的在門前屋後建廂房或附屬設施，妨礙了左鄰右舍的交通及通風透光。更有甚者無限制地占用耕地，想方設法在地理位置好的地段建房，形成了原住宅無人居住又無法復墾的“空心村”。
