現“中心”運行管理分兩個層次設定。
第一層次是視窗服務層，目前有48個部門（單位）在“中心”設立130個辦事視窗，辦理涉民涉企的650項審批、審核、辦證、辦照事項和相關前置中介服務，現有視窗工作人員241人。
第二層次是機關管理層，“中心”為市政府派出機構，是紹興市編委批准成立的正科級行政單位，內設辦公室、網路管理科、行政審批協調科、行政審批監督科、工程交易監督科、產權交易監督科，配備工作人員24名，其中行政編制11人，事業編制13人，對審批辦證以及招標投標工作進行協調、管理、監督和服務。
“中心”建立近九年來，在市委、市政府及各有關部門（單位）的支持下，不斷在改革創新中求證自身價值和生命力，沿著強化協調聯合和管理監督的路徑探索創新，通過最佳化功能配置、重組業務流程、創新審批方式、加強監督管理、延伸服務平台等途徑不斷增強整體行政服務功能。“中心”實行服務事項各類要素的“九公開”操作，各類收件的“六件”管理，各類事項的“六制”辦理模式；並先後實施了五輪行政審批制度改革，對進入“中心”的部門（單位）、視窗、服務事項進行了7次調整，不斷深化和完善“中心”服務功能；協調聯合，整合重組建設項目審批流程，建立建設項目牽頭負責制，政府投資項目統一由市發改局視窗牽頭負責全程主辦，生產經營性投資項目統一由市經貿局視窗牽頭負責全程主辦，房地產開發項目統一由市規劃局視窗牽頭負責全程主辦，企業註冊登記統一由市工商局視窗牽頭負責全程主辦，實行“一窗受理，一口收費、集中踏勘，並聯審批，綜合驗收”全程負責主辦的新型審批模式；探索審批方式創新，推出登記備案制、告知承諾制、一審一核制、合併辦理制、網上審批制，精簡環節、降低門檻，實現審批服務的提速提質；不斷完善“中心”內外網功能建設，積極推進網上審批和網上實時監察系統建設，著力在更大範圍、更寬領域、更廣意義上拓展行政審批服務空間；切實加強工作人員隊伍建設，注重教育引導、制度規範、社會監督和文化凝聚，共創“情滿中心”的服務品牌，以文化力增強服務力，以凝聚力催生競爭力。
