監獄始建於1955年4月,時稱川東勞改支隊(即川東分場)抄,隸屬於上海農場。從建場至1965年自,先後承擔過輕刑犯、女犯互、少教人員、勞教人員等教育改造任務動。1983年1月,經上海市公安局批准,組建“上海市第二勞動教養管理所”,又稱“上海市川東農場”。2014年6月15日,經法務部批准,組建“上海市吳家窪監獄”。監獄預設建設面積近5萬平方米,配有行政綜合樓、民警食堂、罪犯教學樓、生活樓、習藝樓、罪犯多功能餐廳等設施。
2015年10月19日,監獄順利收押首批罪犯,標誌著監獄圓滿完成“所改監”任務並實現了從“轉型”到“常態”的過渡,同時制定了“第一年抓基層、打基礎、夯實基本功,通過三到五年努力,建成體現上海特點、具備一定內涵、域外監獄領先的新型監獄,最終建成平安、法治、文明、現代監獄”的三段目標。
監獄將緊密圍繞穩定與發展主題,依法履行新時期監獄工作職能,全力凸顯執法工作核心地位,努力以現代警務機制要求為目標,全力確保場所安全穩定,著力打造設施一流、管理規範的現代化標準監獄。