為適應國家能源發展戰略與需求,加強學校能源學科平台建設,2008年燃料電池研究所從電子信息與電氣工程學院整體劃歸到機械與動力工程學院。以此為契機,研究領域也由單一燃料電池,擴展到燃料電池、儲能電池、二次電池、二氧化碳資源化利用等先進能量轉化技術開發和機理研究。
研究項目主要來自科技部(“863”計畫、科技部國際合作計畫)、國家自然科學基金委員會、上海市科委(浦江人才計畫、國際合作項目)、歐盟框架計畫、集團企業等。研究所十分重視學術交流和合作,國際交流廣泛、活躍,與德國、日本、美國、加拿大等的一些大學和研究機構保持合作密切關係。