上海中醫藥大學博物館是高校、科學技術、專題類博物館。屬上海中醫藥大學領導，是學校的二級機構。是全國、上海市、浦東新區科普教育基地，全國中醫藥文化宣傳教育基地，上海市科普旅遊示範基地，浦東新區愛國主義教育基地，上海市第二批“二期課程改革”科普教育基地，上海市科普教育基地拓展課程教學實踐基地。
上海中醫藥博物館作為2004年度上海市科普實事工程項目建設單位，由上海中醫藥大學/中華醫學會醫史博物館、中藥標本陳列館、校史陳列館組成，2004年3月開始籌建，同年12月建成試開放，2005年3月面向社會正式開館。是我國目前具有相當規模的中醫藥史專業博物館。位於上海市東部浦東新區張江高科技園區，距離市中心約25公里。正式開館以來，年均觀眾人數近3萬。
上海中醫藥博物館和“百草園·杏林苑”占地面積約11500m2。上海中醫藥博物館占地面積約2200 m2。“百草園·杏林苑”占地面積約9300 m2，其中“百草園”約7300 m2，“杏林苑”約2000m2，供遊覽。上海中醫藥博物館樓結構為3層單體建築物，呈半圓半方造型，寓意為“天圓地方”。外觀具有現代時尚特色，與上海中醫藥大學教學樓、實驗室樓、行政樓和圖書館樓等風格一致。建築面積6314.12m2。各展廳雅致、新穎、大氣，充滿傳統中華文化和中醫藥文化的氣息。1F是醫史綜合館，2F是養生康復、針灸推拿、中醫文化、中藥方劑和中醫科教5個專題館，3F是校史陳列館和中藥標本陳列館及中藥科普活動室。展出面積約3940m2，其中醫史綜合館約1340m2，養生康復館、針灸推拿館、中醫文化館、中藥方劑館（在同一展廳，未作明顯的分隔）和中醫科教館約1285m2，中藥標本陳列館約645m2，校史陳列館展出面積約670m2。
全館展項展品合計3164件，其中醫史綜合館、養生康復館、針灸推拿館、中醫文化館、中藥方劑館和中醫科教館展項展品1063件；中藥標本陳列館陳列藥物標本等1379件；校史陳列館陳列圖片650件、實物72件，總計722件（不含112塊展版）。
