製作團隊
《生化危機》系列遊戲由Capcom（嘉富康：官方指定中文譯名）股份有限公司出品，是一家日本電視遊戲軟體公司和發行公司，成立於1979年。成立時原名“I.R.M.”，是一家電器零售商。之後公司在1983年時更名為“CAPCOM”，並在同時將其業務方向轉為軟體銷售。其公司名稱“CAPCOM”是由英文Capsule（膠囊）和Computers（電腦）所合成。Capcom公司憑藉其《街頭霸王》、《街頭霸王II》、《洛克人》、《生化危機》、《鬼武者》等系列作品使公司在遊戲界占據重要的地位並發展到ARC、FC、SFC、PS、PS2、GBA、XBox等多個版本和平台上。時間定格在1995年，新人三上真司加入嘉富康，時任遊戲開發本部部長的岡本吉起力排眾議，將生化危機開發計畫交給了這位新人，1996年末《生化危機》在日本本土的出貨量一舉突破了百萬，這也是PS主機首款突破百萬的原創遊戲。
《生化危機》系列的第一款作品於1996年在Playstation和世嘉土星（SS）雙平台上推出。遊戲上市後在銷售和評價方面表現極佳，因此Capcom分別於1998年和1999年在Playstation推出續作《生化危機2》和《生化危機3》。
該系列的外傳作品《生化危機：代號維羅妮卡》於2000年在Dreamcast主機上推出，原本是該平台的獨占作品，但於2001年Capcom在將遊戲內容加強後，重新推出了《生化危機：代號維羅妮卡完全版》，並同時推出Dreamcast和PlayStation 2兩個版本。雖然Capcom曾經表示下一部正篇作品會在PlayStation 2上推出，但該系列創始者，製作人三上真司決定讓《生化危機》系列成為任天堂GameCube主機的獨占作品。因此接下來的三款遊戲在發行時僅推出GameCube版本，分別是《生化危機1》的重製版、《生化危機0》（原本預計在Nintendo 64主機上推出），以及《生化危機4》。
此外Capcom也將之前在其他平台推出的系列作品移植到GameCube上。一代的重製版和《生化危機0》在2002年推出。雖然任天堂之間有獨占作品協定，但Capcom還是將GameCube上的《生化危機4》移植到了PlayStation 2，並在加入了新要素後於2005年上市銷售。另外，Windows移植版《生化危機4》在2007年2月推出，WII獨占遊戲《生化危機：安布雷拉歷代記》也於同年11月發售。2009年3月，《生化危機5》登入次世代，以首日400萬的出貨量向玩家證明了《生化危機》系列的成功。之後6代、7代也陸續登入次世代。
發售版本
| 遊戲名稱 | 遊戲平台 |
| 生化危機0 | NGC、Wii |
| 生化危機1 | PS、SS、PC（初版XP復刻版） |
| 生化危機1 導演剪輯版 | PS、PSP（官方模擬器） |
| 生化危機1 震動版 | PS |
| 生化危機1 重製版 | NGC、Wii |
| 生化危機2 | PS、N64、DC、NGC、PC（初版XP復刻版）、PSP（官方模擬器破解） |
| 生化危機2 震動版 | PS |
| 生化危機3 | PS、DC、NGC、PSP、PC（初版復刻版）、PSP（官方模擬器破解） |
| 生化危機4 | NGC、PS2、Wii、PC、iPhone（Iphone為分章節縮水版本） |
| 生化危機5 | PS3、XBOX360、PC |
| 生化危機5 取捨版/黃金版 | PS3、XBOX360 |
| 生化危機6 | PS3、XBOX360、PC |
| 生化危機7 | PS4、XBOXONE、PC |
| 生化危機：安布雷拉歷代記 | Wii |
| 生化危機：黑暗歷代記 | |
| 生化危機：代號維羅妮卡 | DC（PC可使用DC模擬器） |
| 生化危機：代號維羅妮卡完全版 | DC、PS2、NGC、（PC可使用DC模擬器） |
| 生化危機：爆發 | PS2 |
| 生化危機：爆發2 | |
| 生化危機：死亡寂靜 | NDS |
| 生化危機：外傳 | GBC |
| 槍下遊魂 | PS、PC |
| 槍下遊魂2：維羅妮卡 | ARC、PS2 |
| 槍下遊魂4：英雄不死 | |
| 生化危機：惡化 | Nokia N-Gage、iPhone |
| 生化危機：啟示錄 | N3DS（生化危機：啟示錄HD版才有 PC，XB360，PS3，WIIU） |
| 生化危機：啟示錄2 | PS3、XBox 360、PS4、XBOXOne、PC、PSV |
未發售版本
| 名稱 | 開發名稱 | 完成度 | 平台 | 未發售原因 |
| 生化危機1.5 | 生化危機2 | 80% | PS | 劇情與《生化危機1》過於相似 |
| 生化危機64 | 生化危機0 | 100% | N64 | 開發周期過長移至NGC開發 |
| 生化危機3.5 | 生化危機4 | 低於60% | NGC | 風格與《寂靜嶺》過於相似，與系列題材差異太大 |
出場角色
男主角
| 中文譯名 | 英文原名 | 登場作品 |
| 比利·科恩 | Billy Coen | 生化危機0、生化危機：安布雷拉歷代記 |
| 克里斯·雷德菲爾德 | Chris Redfield | 生化危機1、2、代號維羅妮卡、5、6、安布雷拉歷代記、生化危機：啟示錄等 |
| 巴瑞·伯頓 | Barry Burton | 生化危機1、3、生化危機：啟示錄2 |
| 里昂·斯科特·甘迺迪 | Leon Scott Kennedy | 生化危機2、4、6、黑暗歷代記、浣熊市行動 |
| 卡洛斯·奧利維拉 | Carlos Oliveira | 生化危機3、生化危機：安布雷拉歷代記 |
| 史蒂夫·伯恩塞德 | Steve Burnside | 生化危機：代號維羅妮卡、生化危機：黑暗歷代記 |
| 皮爾斯·奈文斯 | Piers Nivans | 生化危機6 |
| 傑克·穆勒 | Jake Muller | |
| 伊森·溫特斯 | Ethan Winters | 生化危機7 |
| 帕克·盧恰尼 | Parker Luciani | 生化危機：啟示錄 |
女主角
| 中文譯名 | 英文原名 | 登場作品 |
| 瑞貝卡·查姆博斯 | Rebecca Chambers | 生化危機0、1、生化危機：安布雷拉歷代記、生化危機：死亡寂靜 |
| 吉爾·瓦倫蒂安 | Jill Valentine | 生化危機1、3、5、安布雷拉歷代記、死亡寂靜、生化危機：啟示錄 |
| 克萊爾·雷德菲爾德 | Claire Redfield | 生化危機2、代號維羅妮卡、黑暗歷代記、槍下遊魂2、生化危機：啟示錄2 |
| 艾達·王 | Ada Wong | 生化危機2、4、6、安布雷拉歷代記、黑暗歷代記 |
| 謝娃·阿洛瑪 | Sheva Alomar | 生化危機5 |
| 海倫娜·哈伯 | Helena Harper | 生化危機6 |
| 雪莉·柏金 | Sherry Birkin | 生化危機2、生化危機6、生化危機：黑暗歷代記 |
| 娜塔麗亞·科爾達 | Natalia Korda | 生化危機：啟示錄2 |
| 莫伊拉·伯頓 | Moira Burton | 生化危機：啟示錄2 |
其他角色
| 角色譯名 | 登場作品 |
| 阿爾伯特·威斯克 | 生化危機0、1、代號維羅妮卡、4、5、安布雷拉歷代記、黑暗歷代記 |
| 詹姆斯·馬庫斯 | 生化危機0 |
| 安奈特·波肯 | 生化危機2、生化危機：黑暗歷代記 |
| 傑克·克勞薩 | 生化危機4、生化危機：黑暗歷代記 |
| 阿什莉·格拉漢姆 | 生化危機4 |
| 路易斯·塞拉 | |
| 英格麗·哈尼根 | 生化危機4、6 |
| 奧茲威爾·E·斯賓塞 | 生化危機5 |
| 理察·艾爾文 | |
| 喬什·斯通 | |
| 戴夫·詹森 | |
| 柯克·馬基森 | |
| 丹·德坎特 | |
| 米婭·溫特斯 | 生化危機7 |
| 傑西卡·赫拉瓦特 | 生化危機：啟示錄 |
| 基思·拉姆利 | |
| 昆特·凱查姆 | |
| 雷蒙德・維斯塔 | |
| 亞麗克絲·威斯克 | 生化危機：啟示錄2 |
| 吉娜·弗洛伊 | |
| 尼爾·費舍爾 | |
| 佩卓·費爾南德斯 | |
| 加布里埃爾·查維茲 | |
| 葉夫根尼 | |
| 凱文·雷曼 | 生化危機：爆發、生化危機：爆發2 |
| 馬克·威爾金斯 | |
| 艾麗薩·阿什克羅芙特 | |
| 喬治·漢彌爾頓 | |
| 大衛·金 | |
| 辛迪·萊諾克斯 | |
| 吉姆·查普曼 | |
| 鈴木陽子 | |
| 布魯斯·麥克文 | 槍下遊魂4：英雄不死 |
| 鳳鈴 |
遊戲劇情
| 年份 | 日期 | 出生人物 / 出自 | 章節 |
| 1960年 | 巴瑞·伯頓（Barry·Burton） | 1、3、啟示錄2 | |
| 約1960年～1961年 | 阿爾伯特·威斯克（Albert·Wesker） | 0、1、維羅妮卡、4、5 | |
| 1972年 | 比利·科恩（Billy·Coen） | 0 | |
| 1973年 | 克里斯·雷德菲爾德（Chris·Redfield） | 1、維羅妮卡、啟示錄、5、6 | |
| 1974年（推定） | 艾達·王（Ada·Wong） | 2、4、詛咒、6 | |
| 1975年 | 吉爾·瓦倫蒂安（Jill·Valentine） | 1、3、啟示錄、5 | |
| 1977年 | 卡洛斯·奧利維拉（Carlos·Oliveira） | 3 | |
| 里昂·斯科特·甘迺迪（Leon·Scott·Kennedy） | 2、4、惡化、詛咒、6 | ||
| 1979年 | 克萊爾·雷德菲爾德（Claire·Redfield） | 2、維羅妮卡、惡化、啟示錄2 | |
| 1980年 | 瑞貝卡·錢伯斯（Rebecca·Chambers） | 0、1 | |
| 英格莉·海尼根（Ingrid·Hunnigan） | 4、惡化、詛咒、6 | ||
| 1981年 | 史蒂夫·伯恩塞德（Steve·Burnside） | 維羅妮卡 | |
| 1986年 | 謝娃·阿洛瑪（Sheva·Alomar） | 5 | |
| 雪莉·柏金（Sherry·Birkin） | 2、6 | ||
| 1987年 | 皮爾斯·奈文斯（Piers·Nivans） | 6 | |
| 1989年 | 海倫娜·哈伯（Helena·Harper） | ||
| 1991年 | 莫伊拉·伯頓（Moira·Burton） | 啟示錄2 | |
| 1992年 | 傑克·穆勒（Jake·Muller） | 6 | |
| 1998年 | 7月23日晚上 | 生化危機0 | |
| 7月24日凌晨 | 生化危機：安布雷拉編年史 | 威斯克的開端 | |
| 生化危機0 | 結局 | ||
| 7月24日清晨 | |||
| 7月24日晚上 | 生化危機 | ||
| 生化危機：安布雷拉編年史 | 瑞貝卡的噩夢 | ||
| 7月25日凌晨 | 威斯克的重生 | ||
| 7月25日清晨 | 生化危機 | 結局 | |
| 9月28日晚上 | 生化危機3 | 前半部分 | |
| 9月29日晚上～9月30日清晨 | 生化危機2 | ||
| 9月30日早上 | 生化危機：安布雷拉編年史 | 第四個生存者 | |
| 10月1日 | 艾達的瀕死 | ||
| 生化危機3 | 後半部分 | ||
| 12月27日～12月28日 | 生化危機：代號維羅妮卡 | ||
| 2002年 | 生化危機：暗黑編年史 | 哈維約作戰 | |
| 2003年 | 2月18日 | 生化危機：安布雷拉編年史 | 黑暗繼承者 |
| 安布雷拉崩壞 | |||
| 2004年 | 生化危機4 | ||
| 生化危機：啟示錄 | 第三章第一節 | ||
| 第十一章第二節 | |||
| 2005年 | 其餘章節 | ||
| 生化危機：惡化 | |||
| 2006年 | 生化危機5 | 迷失噩夢（追加篇） | |
| 2009年 | * | ||
| 2011年 | 2月 | 生化危機：詛咒 | |
| * | 生化危機：啟示錄2 | 克萊爾篇；巴瑞篇（六個月後） | |
| 2012年 | 12月24日午後～12月25日清晨 | 生化危機6 | 克里斯篇第二章 |
| 傑克篇第一、二章 | |||
| 2013年 | 6月27日 | 艾達篇第一章 | |
| 6月29日晚上 | 里昂篇第一至三章 | ||
| 艾達篇第二章 | |||
| 6月30日晚上～7月1日清晨 | 生化危機：啟示錄2 | 正規結局 | |
| 生化危機6 | 序章 | ||
| 里昂篇第四、五章 | |||
| 克里斯篇第一、三至五章 | |||
| 傑克篇第三至五章 | |||
| 艾達篇第三至五章 | |||
中世紀
位於西班牙某地的薩拉薩爾家族城堡附近，一個名叫Los Illuminados的邪教利用寄生蟲Las Plagas進行秘密的宗教活動。此後薩拉薩爾家族第一代城主攫取了邪教的統治權並將寄生蟲全部深埋在城堡附近的地底。
太陽階梯1960年
聲名顯赫的亞希福特家族（The Ashford）第六代家主愛德華·亞希福特（Edward·Ashford）和年輕貴族奧斯威爾·E·斯賓塞（Oswell·E·Spenser）在非洲古迪帕亞遺蹟內的菊科植物“太陽階梯”中發現一種古代病毒，病毒能使生物體基因變異，失去意識，並且擁有極強的生命力和抵抗力。鑒於這種病毒的奇異特徵，兩人決定研究這種病毒，並命名為“始祖病毒”，始祖病毒母體樣本誕生。
1963年
由於研究病毒的需要，斯賓塞以未來公司主管的度假別墅為藉口，聘請著名建築師喬治·特列博爾（George·Terybour）在美國西部浣熊市（Raccon City）的阿克雷山區（Arklay Mountain）建造了內部結構複雜，機關重重的洋館。四年之後（1967年秋）洋館完工。斯賓塞隨即邀請特列博爾一家前往洋館度假。
1967年
11月10日
特列博爾的妻子傑西卡（Jessica）與女兒麗莎（Lisa）進入洋館，隨即被植入始祖病毒變異株Type-a型與Type-b型。
11月13日
特列博爾亦被挾持到洋館遭到軟禁。11月16日，傑西卡與病毒融合失敗遭到廢棄處理，而麗莎卻與病毒融合，但卻失去理智，襲擊供應飲食的女研究員，並剝下她的麵皮。11月27日，特列博爾從地下密室逃出，開始尋找出路。但他發現洋館的結構和他當初設計的並不一樣因此無法逃出，最終於11月30日在絕望中死去。
1968年
愛德華·亞希福特愛德華·亞希福特，奧斯威爾·E·斯賓塞，詹姆斯·馬庫斯（James·Marcus）三人成立跨國製藥企業Umbrella公司（保護傘公司）。公司表面為財力雄厚，等級森嚴的製藥公司，但在不為人知的背後卻進行著病毒的研究和開發。由於找不到穩定病毒的方法，愛德華·亞希福特逐漸忽略打理公司業務，大權逐漸落到斯賓塞手中。
1971年
眾多研究員敬仰的同時也是始祖病毒奠基者的愛德華·亞希福特感染病毒去世。其子亞歷山大·亞希福特（Alexander·Ashford）早已取得博士學位，成為了亞希福特家族第七代家主。亞歷山大與1970年建造了南極研究所，主要研究基因遺傳。然而研究卻接連宣告失敗，絕望之際他提取了家族創始人亞希福特家族第一代家主維羅尼卡·亞希福特（Veronica·Ashford）的基因，通過人工授精的方式製造出阿爾弗雷德·亞希福特（Alfred·Ashford）和阿萊克西亞·亞希福特（Alexia·Ashford）兄妹，寄希望與培養出智力超群的後代。
此後數年
Umbrella在世界各地陸續開始建造秘密研究所，進行始祖病毒和新型病毒“T”病毒的各種B.O.W（生化兵器）的開發。公司董事詹姆斯·馬庫斯於1976年出任浣熊市Arklay研究所以及新建幹部養成所的負責人。
1977年
T病毒9月19日
幹部養成所。新病毒的研究終於有了成效，在將病毒與水蛭DNA結合後達到了馬庫斯預期的突破，馬庫斯將其命名為“T”病毒（取自Tyrant暴君的第一個字母）。為了完善病毒，馬庫斯決定放棄嚙齒類動物作為研究對象，而改用哺乳類動物，必要時就以人為實驗對象。11月15日，馬庫斯發現有人暗中調查他的研究，並猜到是斯賓塞所為。
1978年
2月11日
實驗室入口遭到破壞，馬庫斯求助於他的得意門生威廉·柏金（William·Birkin）和阿爾伯特·威斯克（Albert·Wesker）並且為了奪得主動權而在董事會上公布了“T”病毒。不料斯賓塞早有準備，並指示威廉和威斯克殺掉馬庫斯。
6月3日
馬庫斯在研究病毒時被闖進來的特種部隊開槍擊斃。臨死前馬庫斯看到了威廉和威斯克。馬庫斯的屍體被沖入下水道。然而水蛭女王的病毒附到他身上，馬庫斯在無人知曉的情況下以二十年時間復活。
7月31日
對馬庫斯事件起到重要作用的兩人前往阿克雷研究所擔任主要研究員，他們是18歲的全才阿爾伯特·威斯克與16歲的天才威廉·柏金。馬庫斯死亡後，兩人便接手“T”病毒的研究。
1981年
7月27日
年僅10歲的天才少女阿萊克茜亞·亞希福特從大學畢業。阿萊克茜亞被Umbrella分配到南極研究所。由於阿萊克茜亞的存在，導致威廉·柏金幾乎瘋掉。在過去的3年中“T”病毒的研製基本完成，只有近10%的人能免疫，所有人都滿足於此成果時，斯賓塞卻命令繼續研究，直到開發出能毀滅世界的生物兵器，幾乎沒人知道斯賓塞的目的。威廉受到巨大衝擊，瘋狂的使用浣熊市的市民進行試驗。
1983年
2月17日
阿萊克茜亞的哥哥阿爾弗雷德在南極研究所的密室中了解到自己與妹妹的身世，開始憎恨父親。3月3日，阿萊克茜亞將始祖病毒與蟻后基因融合，製造出新型“Veronica-Virus”（維羅尼卡病毒），並在阿爾弗雷德幫助下以自己的父親亞歷山大為實驗體植入維羅尼卡病毒。
4月22日
維羅尼卡病毒人體實驗失敗，亞歷山大·亞希福特化為危險的怪物-諾斯拉圖。被監禁於南極基地的地下牢房中。為了徹底完善維羅尼卡病毒，阿萊克茜亞將維羅尼卡病毒植入自己體內，並以冰凍的方式延緩病毒變異造成的智力衰退，由此進入長達十餘年的沉睡。阿爾弗雷德回到洛克福德島（Rockford）出任軍事訓練司令。不久他出現戀妹情節並出現人格分裂症狀，所以有關維羅尼卡病毒的研究全部終止。
12月31日
從南極研究所傳來阿萊克茜亞由於感染病毒而死亡的訊息。至此，威廉·柏金的情緒才恢復正常。而威斯克開始考慮斯賓塞的真實想法，並欲脫離Umbrella。
1988年
1月
麥可·沃倫（Michael·Warren）出任浣熊市市長，並且與Umbrella建立了緊密聯繫，半數市民都被Umbrella僱傭。威廉·柏金已經結婚，妻子是同事安奈特·柏金（Annette·Birkin），1986年兩人的女兒雪莉·柏金（Sherry·Birkin）此時威廉已經是病毒研究的絕對權威，病毒的研究也進入成熟階段。按照斯賓塞的構思，帶有攻擊意識的戰鬥生命體“Tyrant”（暴君）被製造出來了，他擁有一定的智慧型，能按照編寫好的程式執行命令，生命力，抵抗力，攻擊能力都比人類強大。但是絕大多數人在植入病毒後會因為腦細胞與病毒融合時衰竭而幾乎沒有智力。按照基因解析融合模擬實驗顯示，一千萬人中只有一個人能成為Tyrant。同年成立的法國分公司正在進行最新的“Nemesis”計畫，這是一種全新思路的生化兵器。Nemesis是操縱基因而人工創造出來的寄生體，它寄生在寄生體的大腦，強化智慧型。所以如果把Nemesis與“T”病毒融合，就能培養出高智慧型的戰鬥生物。但是在Nemesis寄生後大多數生物都因為承受不了5分鐘的智力支配就會死亡。所以最後還是只有藉助第一個實驗體麗莎，進入她大腦的Nemesis消失了。
1991年
威廉·柏金向公司提出了最新的“G-Virus”（G病毒），斯賓塞批准開發。麗莎被注射了始祖病毒，以至後來所有的病毒在她身體裡都能融合併不斷變異，甚至吸收了Nemesis。威廉正是從麗莎身體中提取出了“G”病毒。“G”的特性是使基因變異，導致宿主的身體結構和細胞結構全部發生改變。而威斯克早已不再關心病毒，他爭取到前往浣熊市警局當臥底的機會，暫時脫離了Umbrella。
1992年
在Umbrella的經濟援助下，浣熊市開始大幅度重建和更新，發展迅速。威廉的新研究所就建在了浣熊市的地下。
1995年
7月31日，威斯克和威廉再次來到伴隨他們成長的阿克雷研究所。這裡曾是最高級病毒研究所，而“T”病毒就是在這裡開發出來的。由於麗莎在吸收了Nemesis後又開始撕其他女性的麵皮，威斯克和威廉為了不使機密泄露而決定銷毀麗莎。經過3天的生命停止反映後，麗莎被運到森林裡的小木屋裡，那裡也放著麗莎的母親傑西卡的棺材。
1996年
一度面臨解散的特殊戰術及救援特勤部隊S.T.A.R.S(Special Tactics And Rescue Service)在浣熊市重組，由阿爾伯特·威斯克擔任隊長。
1998年
5月初
在1978年死於Umbrella內部鬥爭的馬庫斯博士的屍體在水蛭女王和“T”病毒雙重影響下重生，以雌雄同體的水蛭人的身份恢復意識，並發誓報復Umbrella。
5月11日
在馬庫斯的破壞下阿克雷研究所，幹部養成所，地下研究所等地相繼發生病毒泄漏事故，工作人員和實驗生物相繼被感染。阿克雷研究所新主任約翰（John）死亡。
5月14日
浣熊市廢棄物處理工廠系統完成。該系統利用特殊瓦斯，化學溶劑與焚化爐來分解各種生化兵器的細胞並銷毀處理。
5月20日
阿克雷山區發生第一例生化怪物攻擊人類事件。
數天后
浣熊市郊的阿克雷山區附近，連續發生離奇的殺人事件，不少民眾在山區附近受到不知名生物的襲擊，因而喪失性命。期間相繼傳出目擊犬型怪物的事件。
5月21日
Umbrella研究員發表最新醫學論文，提及在阿克雷山區發現的三種同種異形草藥，分別命名為“綠色草藥，紅色草藥，藍色草藥”。
5月27日
浣熊時報對於年輕女性被猛獸攻擊致死之事件以頭條加以報導。
6月初
位於浣熊市公園內的秘密實驗體銷毀場因為研究所運來的屍體數急劇增長，而無法以正常方式處理屍體。
6月16日
大規模的生化怪物出沒于山區。
6月30日
瑞貝卡·查姆博斯（Rebecca Chambers）以實地醫護人員的身份加入S.T.A.R.S.的布拉瓦小隊。
7月9日
警方封鎖部分森林，並考慮派遣特別對策部隊S.T.A.R.S.進入山區。
7月中旬
實驗體銷毀工廠已無法處理數量巨大的屍體，工人們因此被迫暴露在病毒之下工作，部分員工開始呈現被感染症狀。同時，安布雷拉公共衛生部常務理事接到總部特別委員會的災害傳真，委員會認為浣熊地區病毒泄露事故可能已經無法控制，該委員會決定嚴守秘密實驗，並防止S.T.A.R.S. 布拉瓦小組和州警介入。
7月22日
合眾國海軍特種部隊少尉比利·科恩（Billy Coen）因被指控在一次非洲執行任務過程中槍殺23人，而被軍事法庭判處死刑，經由阿克雷山區押送至lexson基地執行。數小時後，押送車輛在阿克雷山區遭受不明怪物攻擊，押送人員死亡，比利下落不明。 為了避免機密外泄，因此安布雷拉隱藏了情報，企圖私下解決此一事件。同時為了進行b.o.w的實戰能力測驗，便透過安布雷拉幹部威斯卡的安排，引誘S.T.A.R.S.部隊進入災害地區。
7月23日
馬庫斯博士的復仇計畫開始。
當日20點
他指揮水蛭襲擊了安布雷拉途經阿克雷山區的列車。
洋館2小時後
浣熊市警局特殊部隊S.T.A.R.S.的布拉瓦小隊，乘坐直升機出動前往阿克雷山區進行調查。
7月24日
S.T.A.R.S.的布拉瓦小隊失去聯絡已達24小時，威斯克以支援布拉瓦小隊為由，率領阿爾法小隊進入阿克雷山區計畫通過阿爾法小隊的實戰收集各種b.o.w數據。
9月29日
克萊爾和里昂以優異成績畢業的警官里昂和為了尋找哥哥的下落的克里斯的妹妹克萊爾來到浣熊市。吉爾此時正被追蹤者 （暴君-203型化學武器）追殺，並遇到安布雷拉公司的生化危機特別應變部隊的卡洛斯（carlos oliveira）隊長，倖存人員還有米克魯（Michael Victor）45歲，俄羅斯人，安布雷拉的對策部隊d小隊隊長。過去曾任KGB（克格勃，全稱為“蘇聯國家安全委員會”，類似美國的CIA ）組織的領導人。烈哥拉（Nicholai Ginovaef）35歲，U.B.C.S.士兵，俄羅斯人，安布雷拉的對策部隊d小隊b分隊的傭兵。
10月初
浣熊市淪為可怕的人間煉獄被污染地區包圍而四面楚歌的浣熊市已無任何挽救的希望，病毒藉助下水管道感染了其中的生物並藉此進入城市。災變很快以污染源所在的城區為中心向全城蔓延。市內緊急部署的軍力在很短的時間內就逐漸瓦解。浣熊市漸漸淪為一座被病毒完全侵蝕的人間地獄。美國軍方很快封鎖了該片區域並投入大規模的軍隊控制事態進一步 惡化。
幾天后進入浣熊市的美軍在與生化怪物的戰鬥中遭受嚴重損失，最後在實驗體銷毀工廠消滅五隻暴君之後匆忙撤退，國家高層緊急通過了“滅菌”作戰方案，數小時後，軍方投放了一枚核彈，浣熊市於凌晨從地球上徹底抹去，超過10萬人在此次災變中死亡。史稱浣熊市生化危機事件。
原先已確認死亡的艾達，在投靠至H.C.F.的前任S.T.A.R.S.隊長威斯克的救助下復活，威斯克從威廉身上得到“G病毒”，艾達在暗中給予里昂和克萊爾協助之後，與威斯克一起逃出浣熊市。整個事件公開後，美國政府頒布了一條法令，無限期禁止安布雷拉的一切商業活動，導致安布雷拉最終破產。
10月中旬 美國中央情報局和里昂取得連繫，以雪莉與里昂的性命作要脅，迫使里昂接受了情報局所交付的秘密任務。里昂暫時待在cia工作並進行調查，但是cia是否有其它目的並不明朗。此後不久里昂參加了特種部隊的訓練。
11月22日 賓賽德將“T病毒”散播到席那島的街道上，並且偽裝成發生意外事故。
12月12日 為了尋找克里斯而侵入安布雷拉巴黎研究所的克萊爾遭到逮捕並送往位於南太平洋的洛克福特島(Rockfort)軍事訓練所監禁。
12月27日
謎之組織H.C.F得知阿萊克茜亞·亞希福特和維羅尼卡病毒出現在洛克福德島，命令阿爾伯特·威斯克率領特殊部隊前往奪取。威斯克在轟炸過程中造成病毒泄漏。克萊爾藉機逃出監獄，並與年輕犯人斯蒂夫（Steve）相遇。阿爾弗雷德·亞希福特與其發生激戰並激活了洛克福德島的自毀系統。克萊爾和斯蒂夫搭乘飛機逃離里洛克福德島，然而阿爾弗雷德操縱飛機飛往南極基地。兩人在南極基地射傷了阿爾弗雷德，垂死之際，阿爾弗雷德喚醒了沉睡的阿萊克茜亞後死亡。克里斯收到里昂的信息後為救克萊爾也前往洛克福德島，卻遇到了本以為早已死亡的威斯克。威斯克找到阿萊克茜亞並向她討要維羅尼卡病毒。阿萊克茜亞和威斯克一交手便打跑了威斯克。克里斯和克萊爾即將逃離南極基地之際阿萊克茜亞追至，通過一番艱難的對決，克里斯最終藉助這一區域的高能武器消滅了阿萊克茜亞並引爆了南極基地。威斯克則在此之前回收了斯蒂夫身上感染的維羅尼卡病毒。
（於2012年發行的TPS遊戲《生化危機：浣熊市行動》揭示了一系列浣熊市背後的劇情，不過和正統劇情有一定衝突，可視為平行世界劇情參考。）
在1998年浣熊市生化危機爆發後，實際上有兩支部隊被派去擊敗守在浣熊市底下研究所的僱傭兵，並回收威廉博士持有的G病毒，分別是由漢克帶領的U.S.S（安布雷拉秘密工作部隊）Alpha小隊和“狼母LUPO”帶領的Bravo小隊，在G病毒回收期間Alpha小隊除隊長漢克外全數陣亡，並導致威廉博士變異與病毒散入浣熊市下水道（生化危機2），而Bravo小隊則在逃脫變異威廉博士的追殺後來到浣熊市市區，並且接到新任務——殺掉里昂.S.甘迺迪，期間遇到以Echo Six為首的美軍特種部隊，並在市政府，警察局等地與其激戰（一定程度上接上了生化危機3和爆發的劇情），在與“復仇女神”等變異體激戰後，USS部隊得知里昂躲了起來，並被美軍保護著，而且得知浣熊市即將被摧毀，USS小隊要想撤退就必須殺掉里昂，於是USS部隊內部起了矛盾，一方主張放走里昂，一方主張殺掉（由玩家選擇），之後的劇情由玩家腦補。
之後添加了美軍特種部隊Echo six的劇情，是與USS部隊反向的，回聲小隊的任務是找到藏於地下的安布雷拉設施，摧毀它，並且調查病毒事件的真相，不過期間遇到吉爾，而最後的決戰則是無選擇的與威廉博士對弈，里昂與克萊爾乘坐美軍的直升機逃脫。
2002年
和里昂一起接受特工訓練的戰友傑克·克勞撒（Jack·Krauser）在一次直升機事故中遇害身亡。實際上他藉此機會投靠了阿爾伯特·威斯克。此時，世界三大巨頭的公司合併，由迷之組織引導，成為三聯公司。它涉及到生物醫藥、礦產開發、工業兵器生產三個領域。阿爾伯特·威斯克加入三聯公司。
2004年
薩德勒的研究員路易斯·賽納（Luis·Sera）發現了教主的野心並且意識到自己的力量不足，於是向曾經的同學約翰求救。收到求救信息的卻是艾達。克勞撒為了取得薩德勒的信任而綁架了美國總統的女兒阿什莉·格雷厄姆（Ashley·Graham）。此後，完成了特工訓練已經成為總統私人保鏢的里昂·斯科特·甘迺迪受命前往西班牙救援總統千金。威斯克為了取得寄生蟲樣本，派遣艾達前來協助克勞撒。里昂在村莊裡受到暴民的圍攻，艱苦脫險後擊倒村長進入城堡。里昂重遇艾達，兩人卻形同陌路。阿什莉被城主拉蒙·薩拉查送往遙遠孤島上的軍事基地，里昂則與城主開戰，里昂擊倒城主，與艾達一同前往孤島。里昂遇到了兩年前在事故中喪生的傑克·克勞撒，並與之一戰，最終打倒了克勞撒。救下被教主薩德勒抓住的艾達后里昂與艾達協力擊倒了薩德勒，艾達回收了寄生蟲樣本後啟動了自爆裝置，里昂與阿什莉乘坐救生艇逃脫，孤島沉入海中。而路易斯為了幫助里昂被薩德勒殺死。艾達把寄生蟲樣本交給了阿爾伯特·威斯克。此時威斯克已經成為三聯公司的首席。此後數年，三聯公司繼Umbrella繼續開發T病毒和G病毒，並將Las Plagas用病毒該良，使其擁有更高的攻擊能力，可以在青年人身上寄體，使寄主失去理智，但擁有更高的智慧型和攻擊意識。
2005年
生化危機：惡化之克萊爾美國政府事後迫於輿論壓力凍結了Umbrella的資產，Umbrella的股票也一蹶不振，最終破產。同年，浣熊地區生化危機事件倖存者之一克萊爾·雷德菲爾德在哈弗維爾的機場等人，不料警察在人群中發現了一名喪屍，隨後警察也被感染，機場一片混亂。接著，一架飛機緊急著陸，撞毀了機場大廳，從飛機上下來的全是喪屍。而今晨美國參議院的一名參議員正好在這個機場準備離開，同樣被困。於是白宮派遣浣熊市生化危機事件的倖存者，同時也是總統直屬特工的里昂·斯科特·甘迺迪前往協助特種部隊應對危機。策劃這起事件的是7親人在浣熊市被害的柯提斯·米勒（Curtis·Miller），他得到了“G”病毒。他的要求是美國政府公開浣熊地區生化危機事故的真相。在注射了“G”病毒之後，柯提斯瘋狂攻擊里昂和自己的妹妹，在特種部隊服役的安吉拉·米勒（Angela·Miller）。最終里昂和安吉拉協力擊敗柯提斯，與克萊爾一起逃出並且炸毀了大樓。
2009年
克里斯和謝娃克里斯·雷德菲爾德和吉爾·瓦倫蒂安參與建立生化恐怖主義安全評估聯盟（BSAA），在第一次執行任務，進 入安布雷拉公司創始人奧斯威爾·E·斯賓塞隱藏的別墅，遭遇威斯克，在惡戰之後吉爾與威斯克一同掉下懸崖，並被BSAA認為吉爾已經陣亡，克里斯因此而自責許久，之後克里斯被派往西非調查當地疑似種族衝突的事件。克里斯來到西非無名小鎮，此地在三國交界的活火山上。他遇見BSAA西非分部特工謝娃·阿洛瑪（Sheva·Alomar）。一開始當地的居民均是十分健康，但隨著火山的爆發，居民漸漸成為類似於喪屍的怪物。而這些人們變成怪物的原因居然是被Las Plagas II（Las Plagas二代）寄體，克里斯和謝娃陷入苦戰。經過一番鬥爭後，兩人成功阻止了幕後黑手威斯克的野心並在一座活火山口合力消滅了他。
2012年
在東歐-伊東尼亞共和國，BSAA在得知可能藏匿有大量生化武器後決定實施全面武力攻擊，克里斯·雷德菲爾德與搭檔皮爾斯·奈文斯帶領一個小隊進行攻擊，期間遇到浣熊市事件倖存者、威廉柏金博士的女兒，已成為美國政府特工的雪莉柏金與其前來保護的傳說中有“詛咒之血”的傑克·穆勒，與傑克一起逃脫”Ustanak“的追擊，之後克里斯小隊因為中了Ada的陷阱而導致除了克里斯與皮爾斯外全員陣亡，克里斯非常痛苦，以至於失憶，在東歐小國間流浪，而雪莉與傑克被俘，被關押到了位於中國蘭祥市的秘密研究所。
2013年
美國-高橡樹市
浣熊市事件已經過去15年，時任美國總統的亞當.本福特前往高橡樹市的常春藤大學，決心公開1998年浣熊市事件的真相，正在此時，高橡樹市遭到生化恐怖攻擊，包括總統在內的大批市民遭到感染，變為喪屍，里昂不得不將槍對準身為上司和摯友的本福特總統。。。。。。。
之后里昂與搭檔海蓮娜·哈珀一邊探索真相，一邊從高橡樹市殺出條血路逃出生天，看著高橡樹市的慘狀，里昂想起了15年前的那個人間地獄，心中發誓找出真相與兇手，期間遇到總統的副手、國家首席安全顧問、同時也是神秘組織“家族”的領導人——德雷克.C.西蒙斯的阻撓，之間找到安布雷拉隱藏早高橡樹市教堂地下的隱藏實驗室，遇到海蓮娜·哈珀已經變異的妹妹，在Ada的幫助下打敗了她，而海蓮娜也說出了令人震驚的真相。。。。
東歐-某小鎮
皮爾斯在某間酒吧找到了因為半年前失憶的克里斯，請求他歸隊，帶領BSAA前往中國的蘭祥市，去營救在那遇險的聯合國官員以及消滅正在城市內肆虐的變異人類，在皮爾斯費勁周折的勸說後，克里斯終於同意歸隊，但記憶尚未完全恢復，不過克里斯一心想要抓到Ada，為死去的戰友報仇。
中國-蘭祥市
生化危機6蘭祥市克里斯與皮爾斯到達後，發現蘭祥市正因為生化襲擊而變成人間地獄，也營救了聯合國官員，不過BSAA遭受 了很大的人員損失。同時里昂和海蓮娜也來到了蘭祥市，準備找西蒙斯對峙，而雪莉與傑克也於秘密研究所逃出而來到了蘭祥市。
之後得知Ada搭上了一艘正準備出港的航母，克里斯與皮爾斯登上了航母，也發現了Ada的真相，在將其擊敗後得知正有一批裝滿生化武器的飛彈準備向蘭祥市發射，進入海底基地破壞基地，而里昂也發現了西蒙斯是一系列事件的主使，最終里昂和海蓮娜擊敗了西蒙斯的變異體，而雪莉與傑克擊敗了Ustanak，克里斯也在皮爾斯變異後的幫助下破壞了海底基地，新的生化危機被解除，不過未來呢？也許更多的生化事件會接踵而至。。。。。。
