制定
1994年，海南省政府第30次常務會議審議通過《海南省沿海邊防治安管理規定》（以下簡稱規定），並公布實施。《規定》實施五年來，對加強海南省沿海邊防治安管理起到了重要的作用。
1996年，《行政處罰法》實施後，《規定》中部分內容與之牴觸；同時由於海上治安管理工作中出現了一些新情況、新問題，也需要在規定中做適當補充。因此海南省公安廳邊防局組織人員在進行充分調查研究的基礎上，起草了《海南省沿海邊防治安管理條例（草案）》，經海南省政府第167次常務會議審議通過，提請海南省人大審議。
1999年7月，打擊走私會議召開，對中國的緝私體製作了重大調整。海南省政府辦公廳於同年7月20日致函省人大辦公廳，建議推遲對該草案的審議。
1999年11月8日，海南省政府第49次常務會議重新對《海南省沿海邊防治安管理條例（草案）》進行了討論修改，決定提交海南省人大黨委會審議。 由海南省第二屆人民代表大會常務委員會第十次會議於1999年11月26日通過。
2012年11月27日，海南省四屆人大常委會35次會議審議通過新修訂的《海南省沿海邊防治安管理條例》(以下簡稱《條例》)，明確界定外國船舶及其人員進入海南管轄海域不得違反沿海邊防治安管理的六項行為。
主要內容
海南省地圖國內船員、船隻管理
海南省出海從事生產作業或者其他各類活動的船舶及其船員，應當向公安邊防機關申領《出海船舶戶口簿》、《出海船民證》；臨時出海作業的人員申領《臨時出海船民證》。（以下統稱出海證件）各類船舶及其船員出海，必須隨船攜帶合法有效的出海證件，接受公安邊防機關的檢查和管理。船員以外的人員出海，應當持合法有效證明及身份證件，接受公安邊防機關檢查和管理。各類船舶及船主不得載運、雇用無出海證件或者未持有合法有效證明及身份證件的人員出海。
出海船舶必須按有關規定確定、刷制和標示船名、船號、船籍港，並保持清晰。船名、船號、船籍港等標誌不得遮蓋、塗改、偽造。禁止使用活動船牌。船舶進出港，應當接受公安邊防機關的進出港檢查。
船舶在港口停靠，應當在規定的區域停泊、裝卸貨物和上下人員。沿海鄉鎮、村莊的船舶，應當在指定的位置集中停泊。需在本省港、岸停泊的香港、澳門、台灣地區的漁船及其員工，必須在省人民政府設定的停泊點停泊，並依法接受公安邊防機關的檢查管理，辦理有關證件及手續。
為鼓勵海南郵輪、遊艇業發展，《條例》規定，對郵輪、遊艇以及近海作業漁船等船舶，可以減免邊防簽證手續，具體範圍由海南省公安邊防機關確定並向社會公布，“船員以外的人員出海，應當持有居民身份證、護照、港澳台通行證等有效身份證件，接受公安邊防機關檢查和管理。”
國外船隻管理
對經批准進入海南省沿海港口的外國漁船的管理，依照國家有關出入境法律、法規執行。
《條例》提出了外國船舶非法進入海南省管轄海域的管控，對非法停泊下錨，尋釁滋事；未經查驗準許擅自出境入境或者擅自改變出境入境口岸；非法登臨該省管轄島礁；破壞該省島礁上的生產生活、海防設施；實施侵犯中國國家主權或者危害國家安全的宣傳活動等行為作出了具體的禁止性規範，並明確處置措施。
《海南省沿海邊防治安管理規定》關於船隻管理《條例》對外國船舶及其人員，進入海南管轄海域不得有違反沿海邊防治安管理的行為進行了界定，包括：通過海南管轄領海海域時非法停船或者下錨，尋釁滋事；未經查驗準許擅自出境入境或者未經批准擅自改變出境入境口岸；非法登上海南管轄島嶼；破壞海南管轄島嶼上的海防設施或者生產生活設施；實施侵犯國家主權或者危害國家安全的宣傳活動和其他法律、法規規定違反沿海邊防治安管理的行為等。
影響
該條例的出台是為了貫徹落實黨的十八大精神和海南省第六次黨代會精神，適應建設海南國際旅遊島和海洋強省，特別是在建立三沙市後對加強沿海邊防治安管理的需要，以有效維護國家主權和海洋權益。國外抗議
新規引發東南亞國家的擔憂，東協秘書長素林表示，這勢必使南海局勢升級，非常嚴重。菲律賓總統也照會中國，表示嚴重抗議。
美國方面也對此表示關注。美國國務院發言人表示已了解到中國海南省的新規定，並已就此與中國高層接觸，要求中方“澄清”，並將美國對領土爭議的整體立場告訴了中方。
針對中國海南省通過的修訂版《海南省沿海邊防治安管理條例》，菲律賓外交部和媒體連續表示強烈不滿，指責中方此舉令南海緊張局勢升級。
菲律賓外交部網站2012年12月1日發表聲明稱，如果相關報導是準確的，中國對非法進入海南省管轄海域的外國船舶進行檢查的計畫將嚴重違反《南海各方行為宣言》及《聯合國海洋法公約》等相關國際法。聲明還稱，中方的行為“對國際社會構成直接威脅”，應當“受到國際社會的譴責”。菲外交部敦促中國“立即澄清”有關計畫。
菲律賓媒體也紛紛刊文“譴責”中國。菲《馬尼拉標準今日報》2012年12月3日援引東協秘書長素林的話稱，中國這一舉動必然會加大南海緊張局勢。《菲律賓商報》3日援引菲參議員聖地亞哥的話稱，中國意在利用此計畫“投石問路”，以了解可以挑釁美國耐性的程度。
2012年12月9日，越南首都河內以及最大城市胡志明市爆發由數百人參加的反華遊行，遊行在持續約半小時後被警方驅散。
中方回應
對於外界的關切與誤會，中國外交部發言人洪磊表示，南海航行自由不會受到影響。中國依據國際法和國內法進行海洋管理，中方重視維護南海航行自由。
