原文
上藥三品，神與氣精。恍恍惚惚，杳杳冥冥。存無守有，頃刻而成。迴風混合，百日功靈。默朝上帝，一紀飛升。
知者易悟，昧者難行。踐履天光，呼吸育清。出玄入牝，
若亡若存。綿綿不絕，固蒂深根。人各有精，精合其神。
神合其氣，氣合其真。不得其真，皆是強名。神能入石，
神能飛形。入水不溺，入火不焚。神依形生，精依氣盈。
不凋不零，松柏青青。三品一理，妙不可聽。其聚則有，
其散則零。七竅相通，竅竅光明。聖日聖月，照耀金庭。
一得永得，自然身輕。太和充溢，骨散寒瓊。得丹則靈，
不得則傾。丹在身中，非白非青。誦之萬遍，妙理自明。
注釋
上藥三品，神與氖精。【釋義】 上藥指最好的藥物，三品即三種。內丹所用的三種藥物，即神、暴、精三者，又稱為“三寶”。有先天三寶、後天三寶之分別：先天三寶指先天真一之神、先天真一之霖和先天真一之精；後天三寶指思慮神、呼吸氣和交感精。先天三寶可以成丹，後天三寶不能成丹。煉丹之人，妙在用性命雙修之手段，使後天三寶返為先天三寶，再使先天三寶摶結成丹，則大道成。
恍恍惚惚，杳杳冥冥。
【釋義】<老子>第二十一章日：“道之為物，惟恍惟惚。惚兮恍兮，其中有象。恍兮惚兮，其中有物。窈兮冥兮，其中有精。其精甚真，其中有信。”即是描述此中景象。恍恍惚惚，指霖生之時，神住恍惚，方可採得真一之暴；杳杳冥冥，指精生之時，神入杳冥，方可採得真一之精。此兩句皆指先天三寶發生之時，修煉之中出現的景象。
存無守有，頃刻而成。
【釋義】 無者，性也，神也，心也。有者，命也， 暴也，精也(先天精即霖)。存無即存養元神，歸於虛 無。守有即保守元霖，謹藏勿失。神、熙、精三者摶聚 一處，和合凝集，成丹之功，只在片刻之間。此謂tt結 丹”，結丹之所在下丹田。
迴風混合，百日功靈。
【釋義】 風，指呼吸。迴風，指呼吸內轉。先天三寶摶結成丹之功，還需運用呼吸，調節火候，混合一處，方可煉養大丹。大丹成就，約需百日時間。此即丹家所謂“百日築基”之說，修煉至此則命功基本完成。然後“養丹”，養丹之所在中丹田。
默朝上帝，一紀飛升。
【釋義】 上帝，指上丹田。經過結丹、養丹之功．就要將丹移至上丹田，準備出神。出神之後，即可身外有身，超脫生死，飛升天界，合於大道。修為至此，約需一紀(十二年)之功。
知者易悟，昧者難行。
【釋義】 知者，指有智慧的人。昧者，指愚昧的人。有智慧的人，容易領悟；而愚昧的人，則難以實行。道諺日： “道不傳匪(非)人”，非人並不僅指壞人，愚昧之人亦屬非人，難以成道。故此修煉之事，特別講究選擇人才。
履踐天光，呼吸育清。
【釋義】 修煉功深，與天地之暴合為一體。則周身包裹天光，舉足如踏雲端。呼吸往來之熏，愈培養而愈清純。濁陰之氣日去，而清陽之暴日長。
出玄入牝，若亡若存。
【釋義】 玄牝，指丹田。呼吸往來之暴，出入于丹田之間。此時由於身中真暴，變得至清至純，所以感覺霖機似有似無，若亡若存。
綿綿不絕，圍蒂深根。
【釋義】 真霖綿綿不斷，皆歸丹田之中。丹田即吾人之根蒂，真燕進入，則根蒂堅固，長生之道可得。
人各有精，精合其神。
【釋義】 人人各自都有元精在身，元精應當配合元神。
神合其氖，氖合體真。
【釋義】 元神還應當進一步配合元暴，元神、元暴、元精三者配合一處，吾人身體方可脫化，成為真人之身。
不得其真，皆是強名。
【釋義】 真，指先天之元神、元暴、元精。如果達不到元神、元暴、元精三者配合的真實效果，一切都是牽強附會之空談。
神能入石，神能飛形。
【釋義】 元神變化，能夠入於石內，能夠飛形天外。所謂“散則成霖，聚則成形。”神通變化，不一而足。
入水不溺，入火不焚。
【釋義】 修煉成功，乃為真人。此時入於水中而不溺，入於火中而不焚。超越於生死之外，可以不懼一切水火災難。
神依形生，精依氖盈。
【釋義】 神依於形體而存在，形須神立，形去神離；精依於內暴而充盈，精由暴生，霖竭精枯。歸根結底，三者皆依於形體而生存。所以中華道家強調性命雙修，且以形體長生作為基礎。如果沒有堅固不壞的形體，則神、霖、精三者失去依託，一切修為無從談起。
不凋不殘，松柏青青。
【釋義】 能夠保住形體堅固不壞，則神、熏、精三寶常常充盈。就象青青松柏一樣，不畏嚴寒，永不凋殘，而生機長存。
三品一理．妙不可聽。
【釋義】 三品指神、燕、精三寶，一理即一源也。煉丹所用三寶，乃為先天真一之神、先天真一之暴和先天真一之精。既屬先天真一，都是同一源頭，故日三品一理。其中精微，妙不可言。惟實修可以知之，非聽聞而可知也。
其聚則有，其散則零。
【釋義】 神、暴、精三者既來自同一本源，則三者不可分離。聚之則共存，散之則俱亡。故此修真之人，當常使神、暴、精三者常凝常聚，神不可離霖，暴不可離精，精不可離神。三寶既不離散，則丹基牢固，而大道可成矣。
七竅相通，竅竅光明。
【釋義】 七竅，指耳、目、口、鼻等，總為七竅。神、暴、精三寶摶聚一處，結成大丹。則人身各處，再無滯礙。七竅相通，則竅竅相通，皆有光明，內外照徹。
聖日聖月，照耀金庭。
【釋義】 聖日聖月，指身中之日月，乃為人身陰陽二暴之精華。金庭，指黃庭，即丹田。修煉進入妙境，人身造化同乎天地，身中自可出現日月合璧，照徹于丹田之內。丹經云：“人身為一小天地”是也。
一得永得，自然身輕。
【釋義】 得丹之後，一切神通都會出現，所謂“得其一，萬事畢”。比之起初修煉之時產生的小小變化，實有霄壤之別。此時濁重之軀，脫換為輕清之體。自然感覺身輕如羽，舉步似飛。
太和充盈，骨散寒瓊。
【釋義】 太和，指太和之暴。寒瓊，指仙界。修煉至此，已然脫胎換骨。太和之熏，充盈全身。全身骨質，盡化為暴。周身之霖，與仙界打成一片。
得丹則靈，不得則傾。
【釋義】 得丹之後，自會出現以上靈驗。如果不能得丹，則有生命傾覆之危。故此丹道修煉，皆須真修實證方可知之。倘若缺乏實際功修，僅憑道聽途說或望文生義，妄談效驗，反有殞身之虞。
丹在身中，非白非青。
【釋義】 內丹產於身中，不可於身外求之。而且無形無象，非白非青，亦不可以形色求之。
誦持萬遍，妙理自明。
【釋義】 誦，指誦讀。持，指行持。萬遍，即很多遍。這裡告訴人們，學習此經不光要誦讀，即不光從字面上去理解；同時還要在實際修煉之中去反覆領悟，才明白經文的真實含義。
註解版本
《心印經》註解，歷代較多。《道藏輯要》箕集收有《高上玉皇心印妙經》（八祖合注）、《終南八祖說心印妙經解》、《高上玉皇心印經》（蜀抱真注）、《高上心印經》（玄谷帝君注）等，皆以內丹作解。《藏外道書》還收有《無上玉皇心印經》（李簡易注）、《無上玉皇心印妙經測疏》《陸西星注》等。評價
《道藏輯要》所收文昌、純陽二帝君校閱《高上玉皇本行集經註解》之後，附載此經，並曰：“一切人物至誠解脫，全得經功。真得之基，存乎一心。”明代道士白雲霽在《道藏目錄詳註》中評《心印經》說：“內雲上藥三品，神與炁精，履踐天光，呼吸玉清等請戰，此是內修神經。”
《道藏精華錄一百種》有孕真子（即抱真子）注《高上玉皇心印經》，其目錄提要說：“《心印經》者，乃無上玄穹主金闕大道君之所述也，其辭恢奧，其旨淵微。為蜀孕真之注射器。至道之玄機，性命之根株，莫不闡敷剖露。實登真之徑路，度世之梯航。學者苟能造其理，達其辭，窮神以知化，參玄以入妙，即心是印，即印是心，則心印之妙自我而得之矣。”
於此可見，《心印經》無論在道教人士還是在社會好道者，均極受推崇。
