試飛工作始於2007年7月的首飛，NASA和波音首先用了一年多時間完成了20次包線擴展試飛，確定了飛機的操穩特性。接下來的飛行試驗進行確定可控邊界的失速試飛和單發停車機動試飛。在52次參數辨識飛行中，工程師確定了飛機對其20個控制面輸入的動態回響特性。
最後的8次試驗是從今年1月到3月進行的“限制器突破”試驗。在此試驗中，遙控駕駛員故意讓某些飛行參數超過規定的極限值，這些參數包括迎角、側滑角和加速度。NASA稱這些試驗對飛機的參數邊界限制功能進行了驗證，並確認可以為這種飛機開發一種魯棒、通用和安全的控制系統。
NASA稱，這架X-48B模型在經過安裝和檢查新的飛行計算機之後，會於今年晚些時候繼續試飛，用於其餘的參數辨識。同時，NASA也在準備另一架縮比模型X-48C，此模型與X-48B相比具有更低的噪音特性，其即將進行的飛行試驗將研究其他“可控性因素”
