開端
在《終結者：創世紀》的時間線，由傑森·克拉克飾演的約翰·康納，在2029年，帶領反抗軍進攻天網，戰後天網停頓，約翰·康納找到了時空機器，他要求有一人前往過去，拯救他的母親莎拉·康納，凱爾·里斯自願回到過去。
但在進入時光機里被傳送到1984年之前的一瞬間，他看到偽裝成反抗軍成員的未知終結者襲擊了約翰，凱爾想救他，可惜為時已晚。
過去
當凱爾·里斯與相遇的莎拉·康納去到2017年後，在醫院卻遇到了約翰·康納，康納將兩人救出，並透露凱爾·里斯是他的父親。在停車場他們遇到了T-800，但T-800卻突然攻擊了約翰。
但是，約翰·康納卻復活了。他向大家表明自己確實是約翰·康納，只是在未來被自稱是天網的Alex(T-5000)利用一種名為Nano-Phase Matter 的物質感染了，變成如今的T-3000。雖然約翰·康納的意識保留下來，但已經遭到洗腦，所以他的觀念發生了改變。他來到過去的目的是為了創造Genisys系統，即是日後的天網。他還強調自己“不是人類，也不算機器，比兩者更強”。
身份被識破的約翰·康納與T-800搏鬥，但被一台醫院裡的核磁共振儀吸附，導致凱爾·里斯等人成功逃脫。
再遇
凱爾他們逃脫後在一個隱蔽的軍火庫正補充武器，正當他們打算離開的時候，約翰再度出現，勸說父母放棄攻擊天網，不過莎拉·康納點燃了軍火庫，引起爆炸。
約翰·康納從火中走出並追上他們，使凱爾·里斯等人乘坐的巴士險些墜落大橋，約翰試圖靠近凱爾·里斯，但凱爾用T-800製作的磁鐵將約翰打下去，凱爾·里斯等人再次逃脫。
凱爾他們被抓捕到警局，康納偽裝成一名女警，但被T-800識破，凱爾他們乘坐直升機前往Genisys總部，康納也駕駛直升機追擊凱爾等人。
結局
凱爾·里斯與莎拉·康納來到Genisys總部要打算將其炸毀，而約翰·康納為了保護創世紀與T-800搏鬥，搏鬥過程中時凱爾與莎拉在關鍵時刻幫助T-800而將約翰·康納/T-3000困在時空機器產生的磁場中而最終將其消滅。
但在結尾彩蛋，天網卻並沒有被完全消滅，故事還沒有輕易結束……
