一群S.T.A.L.K.E.R戰士在第一次到達車諾比核電站原址之後,引發了一場地殼變動的巨大災難,一股不規則的能量變動席捲了這個區域。到處都充滿了危險,充斥著不規則的能量變化。S.T.A.L.K.E.R相繼死在這片迷失的區域上。同時一塊新的區域在這些變動之後出現了,其仍是充滿了不穩定性。
S.T.A.L.K.E.R已經知道先前的大規模行動破壞了這個區域脆弱的平衡。於是S.T.A.L.K.E.R開始遷怒於這個新的區域,但是那裡已經沒有了敵人,到處都是自己人,一場內部的鬥爭也就此拉開了序幕。
在新區域的裡面有什麼樣的東西在等待著S.T.A.L.K.E.R?玩家在新的地形中將面臨怎樣的新挑戰?為什麼新區域裡這樣巨大的災難?為什麼區域發生了變化?怎樣維持原先的穩定?所有的答案都將在《S.T.A.L.K.E.R:晴空》中揭曉。