彈幕功能
留言(彈幕)功能（コメント機能）是NICONICO動畫最大的特徵之一。
評論功能的特徵
Niconico動畫評論在影片播放中按下按鈕便會傳送，成功的話3秒後就會顯示在影片上。結果就做出了與一般留言版不同，“超越實際時間，虛擬的時間共享”（管理層稱之為“非同期Live”）的感覺。評論功能導入了時間的觀念，使NICONICO動畫使用者獲得其他影片網站都沒有的“觀眾一起參與”的感覺，並取得空前的成功。
另外針對不喜歡影片有文字流過的人，NICONICO動畫亦設有不顯示評論的功能。
另外NICONICO動畫亦設有“我的備忘錄”功能，讓使用者能保存特定時點的評論。而觀看“我的備忘錄”時亦可以任意更改指定留言是否顯示。
至γ時代為止，輸入留言是會顯示使用者的名稱的，但因為大部分人認為像匿名討論區般才能自由發表評論，導致極少人在個人資料中加上自己的顯示名稱。因為這樣，這個功能就在RC服務開始的同時停止了。
指令功能
Niconico動畫正常的留言都是由右流向左（曾經在2008年4月1日愚人節全面改為由左流向右），文字的顏色為白色。而指令功能就能更改留言的顏色、大小。使用方法是在留言欄的左邊輸入指令
（如“ue”、“big”等），不同屬性的指令亦能夠共用。套用方面，此功能能夠為影片造出字幕，當此功能加上特殊文字（Unicode）並且組合，更能造出巨大的形文字。
保存留言數
一套影片的留言保存數目，1分00秒以內的話為100個，1分01秒至5分00秒以內為250個，5分01秒至9分59秒以內為500個，10分00秒以上的則統一為1000個。超出此數字的話就會以傳送時間為優先，顯示最新的留言。
留言的顯示數目在營運當初是沒限制全部顯示的，後來在2006年12月19日訂立統一250個的限制，在2007年1月5日又改變為上述的三級制。
留言的傾向
NICONICO動畫的留言內容，跟留言版2ch的留言有很多相同的特徵。這是因為在NICONICO動畫營運當初，2ch的管理人西村博之在自己的部落格介紹此網站的緣故。NICONICO動畫及2ch的留言最大的相同特徵，就是把笑寫成“w”（通稱“芝”，取自“笑う”（Wara-u）的日語羅馬字的首個字母W）並以已大量的方式送出（例如“wwwwwww”）。niwango官方製作的初學者入門動畫中，亦有說明在影片中該笑的地方寫出“w”。
對於惡意使用者的政策
然而，NICONICO動畫間中亦會出現惡意使用者(一般通稱‘廚’)利用標籤、留言等方式，對其他人施誹謗或中傷的事件。對此營運會對這施以刪除。
問題
跟YouTube一樣，NICONICO動畫也常被上傳些被認為侵權的影片，被指為侵權的短片在著作權持有人要求下，NICONICO經過審查後亦會刪除。
Niconico動畫2008年7月2日，日本映畫製作者聯盟、日本動畫協會、以及日本映像軟體協會三團體，去信NICONICO動畫管理層niwango，並要求他們把包括MAD等侵權的動畫儘快刪除。這使到一些MAD製作者把MAD發布地點轉移到另一影片共享網站Zoome。
台灣版接口開放之後，因為粗劣的翻譯（仍然充斥著許多日文，翻譯成中文的部分也大多文法不正確）、沒有提供台灣人付費的機制等問題而得到許多負面的批評；許多台灣用戶仍寧願使用日本版服務；另外也有台灣人認為“字幕式留言很煩人”。
訪問
中國大陸於2010年12月9日傍晚禁止解析niconico網站，將其禁止。
Niconico動畫在2010年諾貝爾和平獎頒獎典禮前幾天，NicoNico動畫的伺服器被防火長城禁止，方式是伺服器IP位址封鎖和域名關鍵字過濾，使NicoNico動畫無法從中國大陸直接訪問。據稱，這次NicoNico動畫被防火長城禁止的原因是其直播了2010年諾貝爾和平獎頒獎典禮。
2013年2月7日，大陸取消對“niconico動畫”站點的禁止，連線速度較慢，但不影響使用。
2013年2月8日中午，連線速度正常，沒有無法載入頁面的情況，進入主頁後自動跳至英文版（少量用戶跳至日文版且無法更改地區，原因不明）。
2013年2月8日起，無法訪問niconico動畫英文版與台灣版，官方並未做出說明。何時恢復不明。隨著時間的推移，已有部分網友發現這和瀏覽器向niconico伺服器傳送的http報頭中Accept-Language欄位，即向伺服器所請求的語言種類有關，只要修改瀏覽器的語言設定，將Zh-CN以外的語言移至第一位即可解決。
大事記
· 2006年12月12日 - “NICONICO動畫（仮）”開始測試。
· 2007年1月15日 - “NICONICO動畫（β）”開始服務。
· 2007年2月1日 - 總留言數超過500萬。
· 2007年2月7日 - 發表在一月的影片觀看數超過一億。
· 2007年2月8日 - 總留言數超過1000萬。
· 2007年2月19日 - 新增對應的影片網站photozou。· 2007年2月23日 - 3日前開始一直受到DDoS攻擊，更波及NIWANGO的行動電話網站，服務暫時停止。同時期，YouTube阻擋從NICONICO動畫的連線。
· 2007年2月24日 - 測試版服務完結，發表新版本訊息。
· 2007年3月3日 - “NICONICO動畫（γ）”開始收集註冊ID，一開始即發生故障。
· 2007年3月4日 - 註冊ID超過10萬。
· 2007年3月6日 - 比預定延遲一天開始“NICONICO動畫（γ）”服務。同時新增對應的影片網站“SMILEVIDEO”。· 2007年3月7日 - 提供“AmebaVision”服務的Cyber Agent要求暫時刪除首頁和排名頁上的AmebaVision影片。· 2007年3月13日 - 新增限制時間ID。之後定期新增一定數目的ID
· 2007年5月19日 - 新增留言版。
· 2007年6月18日 - “NICONICO動畫（γ）”服務完結。“NICONICO動畫（RC）”開始服務，開始提供付費帳號。
編號20000000的紀念動畫· 2007年7月10日 - “NICONICO動畫 Mobile（實驗）”開始服務。
· 2007年7月12日 - “NICONICO市場（暫定）”開始服務。
· 2007年7月15日 - 影片總觀看次數超過十億回。
· 2007年7月26日 - 註冊ID超過200萬。付費帳號會員超過5萬4千人。
· 2007年10月10日 - “NICONICO動畫（RC2）”開始服務· 2007年10月18日 -台灣版開放使用。
· 2008年3月5日 - “NICONICO動畫（SP1）”開始服務。
· 2008年4月1日限定 - “ニコニコ動畫2.0（笑）”愚人節特別版。
· 2008年4月2日 - NICONICO動畫開設動漫頻道。
· 2008年7月6日 -“NICONICO動畫（夏）”開始服務。
· 2008年10月1日 - “NICONICO動畫（秋）”開始服務。·
· 2008年11月12日 - 註冊會員人數突破1000萬。
· 2008年12月5日 - “NICONICO動畫（冬）”開始服務。
· 2008年12月12日 - “NICONICO動畫（ββ）” 開始服務。
· 2009年4月1日限定 - “ニコニコ動畫（βββ）”愚人節特別版。
· 2009年10月29日 - NICONICO動畫（9）” 開始服務。
· 2010年4月1日 - NICONICO動畫實現盈利。
· 2010年4月1日限定 - “ニコニコ動畫 祝黒字化”愚人節特別版。
· 2010年10月29日 - “NICONICO動畫（原宿）”開始服務。
· 2010年12月9日-傍晚禁止解析niconico網站，將其禁止。
·2012年5月1日 - “NICONICO動畫:Zero"開始服務。台灣版服務轉移至主網站。
·2012年10月17日 - “NICONICO動畫:Q"開始服務。日語版、台灣版和英文版服務在主網站合併。
NICONICO動畫:Zero·2013年2月4日投稿視頻數突破2000萬
·2013年2月7日大陸可以訪問niconico（1月28日，應中國中日友好協會的邀請，日本前首相村山富市，日本日中友好協會會長、自民黨前幹事長加藤紘一抵達北京開啟為期四天的訪華之旅。
）
·2013年2月8日niconico台灣版和英文版從主站消失，官方並未做出說明。何時恢復不明。原因初步估計為大量中國大陸IP湧入NICONICO。官方對網站進行整改。(IE用戶仍可於中niconico網站頁面底部選擇地區及語言)
·2013年9月18日-niconico動畫大陸開始出現訪問視頻受限。但可以正常瀏覽主頁。可以登錄及觀看靜畫，但無法觀看生放送【直播】及動畫
2015年7月8日niconico宣布將於今年7月至8月期間上映一批與歷史問題相關的紀錄片和電影，中國導演拍攝的《南京！南京！》、紀錄片《靖國神社》和《1937 南京記憶》也將陸續上映。
電影節
國際ニコニコ映畫祭
國際NICONICO電影節是線上影片分享網站NICONICO動畫舉辦的電影節。NICONICO動畫認為其他電影節的對象只有一些專業製作的影片，所以對作品的種類沒有特別限制，只要是1秒至15分鐘長度、沒有侵犯著作權的原創作品即可參選。電影節由構思至實際發表的準備時間只有三個月，目標是把作品於電影院播放。第一屆於11月26日發表結果。正式審評員包括手塚治虫的兒子手冢真、舞蹈家スメリー、藝人松嶋初音、2ch創立人西村博之。第三屆開始出現職業漫畫家和聲優合作的作品。
第一屆
第一屆於2007年11月1日至11月11日募集作品，11月26日發表結果。共收到204份作品，其中26正式入選候選。評審嘉賓是Kingrecords常務取締役大月俊倫（嘉賓）和NICONICO動畫用戶代表若村P（わかむらP）。
組曲獲獎作品 NICONICO大獎：狩獵聖誕老人（サンタ狩り）
大月獎：納豆髮型設定（納豆ヘアーセッティング）
很厲害獎：黏土動畫（はにメーション（はにわアニメーション））
另外，最初落選的是1秒動畫（RC2）（因不夠1秒而落選）和獲獎的喜悅（受賞の喜び）。
第二屆
因第一屆的批評而改變部分規則：評審員先決定30份作品並公開，參考NICONICO動畫用戶的意思，然後選擇其中15份再評審才發表獲獎資料。另外，為了避免獲獎作品被攻擊，獲獎者可以選擇拒領獎項。獲獎作品第二屆
評選嘉賓是攝影家勝谷誠彥、動畫製作人里見哲朗和NICONICO動畫用戶代表ヲタケン。
勝谷獎：夢遊
スメリー獎：塊男高校校歌
ひろゆき獎：日常的腦內思考
遊戲獎：CUIRPG ～中學畢業的人花費4個月用C語言製作的RPG（CUIRPG ～中卒がC言語で4ヶ月半で作ったRPG）
組曲
NICONICO動畫組曲《NICONICO動畫》是由NICONICO動畫使用者しも（Shimo）選取於NICONICO動畫中受到使用者注目，在站內流行的33首歌曲與配樂，重新編成歐陸舞曲風的樂曲。
組曲《NICONICO動畫》是在2007年6月5日上載的影片“送給NICONICO動畫中毒者的一首曲子”（「ニコニコ動畫中毒の方へ贈る一曲」）的續作，在2007年6月23日上載至網站。由於將各首樂曲連線得十分巧妙，在同年7、8月間獲得廣大的迴響，有超過1,800,000次的觀賞紀錄。
組曲《NICONICO動畫》上載後五日，有另一位使用者將自己唱的《組曲〈NICONICO動畫〉》上傳至網站，讓NICONICO動畫中的“試著唱看看”分類為之沸騰；許多使用者開始上傳各式各樣版本（演奏版、跳舞版）的《組曲〈NICONICO動畫〉》。而原組曲中沒有歌詞的部份，大多使用即興歌詞填入（大多是NICONICO動畫網站中有名的幻聽歌詞）。
2007年9月9日，原作者發表了《NICONICO動畫故事.wav》（「ニコニコ動畫物語.wav」）。2008年4月11日，原作者再發表《NICONICO動畫流星群》(“ニコニコ動畫流星群”)。2009年6月3日，原作者的新作《七色之NICONICO動畫》（“七色のニコニコ動畫”）發表。
2007年6月5日，第一作《送給NICONICO動畫中毒者的一首曲子》上載
2007年6月23日，第二作《“NICONICO動畫”》上載
2007年9月9日，第三作《NICONICO動畫故事.wav》上載（9月18日修正版上載）
2008年4月11日，第四作《NICONICO動畫流星群》上載
2009年6月3日，第五作《七色之NICONICO動畫》上載
