歷史沿革
FC時代
1986年初，部分第一開發部的成員脫離任天堂自立門戶，在橫井軍平的斡旋下任天堂出資收購了IS社，IS社在FC時代先後推出《家庭大作戰》（《Famicom Wars》）和《火焰之紋章》（《Fire Emblem》）兩款不朽名作系列。橫井軍平作為IS實質的掌舵人，對於該社的管理相當寬鬆，在人才招募尺度上完全迥異於本社的高學歷體制，FE之父加賀昭三當初只是某工業補習夜校的教師，加入IS社時已年過40。第一開發部出品遊戲的總和銷量雖然略遜色於情開，但其作品卻以高難度深得廣大核心玩家的鐘愛。
Intelligent Systems1987年的初秋，一家任天堂投資的美國電腦軟體公司宣布破產。在破產清算的過程中，負責人加賀昭三發現了一本布滿灰塵， 裡面畫滿了條條框框示意圖的業務企劃書。他將這本書帶回日本的他組建的當時已經成為任天堂子公司的Intelligent Systems會社。 在另外兩位創辦人成廣通與町田敏的協助下，他對這個企劃書加以改進。新的企劃書向任天堂本社提交， 作品被命名為《火焰之紋章》。加賀昭三作為企劃、導演、劇本設定者的遊戲製作小組正式宣告成立。 1990年4月20日，《火焰之紋章：暗黑龍與光之劍》在日本發售，在FC末期獲得了近33萬的銷量。
SFC時代
Intelligent Systems進入SFC時代後，任天堂投入重金全力打造《銀河戰士》和《火焰之紋章》兩大品牌 ，兩款遊戲都使用了24Mb大容量，《超級銀河戰士》僅在日本就突破了百萬大關，《火焰之紋章：紋章之謎》也超過70萬份。 1994年1月21日，延續暗黑龍與光之劍的SFC遊戲《火焰之紋章：紋章之謎》推出。遊戲分為兩部分，上半部是一代的流程縮短版，下半部則是後續劇情。該作建立在一代的系統設計基礎並加以改進，得到廣泛好評。 紋章之謎發售後很快突破了60萬套，最終銷量約78萬套。 加賀昭三也成為可獲得與任天堂老闆山內溥同桌對飲的少數製作人之一。
INTELLIGENT SYSTEMS曾經是任天堂最早的第二方，N64時代因為受到橫井軍平退社事件影響倍受冷遇， 許多員工被調離充實本社部門。1998年後任天堂逐漸意識到該社的重要性，將新招募的“傑克與豆之巨木計畫”團隊歸併入IS社， 該社的實力得到恢復，連續推出《口袋妖怪剪影》和《馬里奧故事》等作品。
開發作品
| 名稱 | 平台 | 上市時間 | |
| 高爾夫（Golf） | GB | 1989 | |
| 火焰之紋章：暗黑龍與光之劍（Fire Emblem: Shadow Dragon and the Blade of Light） | FC | 1990 | 與任天堂第一開發部協力 |
| Game Boy戰爭（Game Boy Wars） | GB | 1991 | 與任天堂第一開發部協力 |
| 火焰之紋章外傳 | FC | 1992 | |
| 鍾為蛙鳴 | GB | 1992 | 與任天堂第一開發部協力 |
| Battle Clash 日版名：Space Bazooka | SFC | 1993 | 與任天堂第一開發部協力 |
| Metal Combat: Falcon's Revenge | SFC | 1993 | 與任天堂第一開發部協力 |
| 火焰之紋章：紋章之謎（Fire Emblem: Mystery of the Emblem） | SFC | 1994 | |
| 超級銀河戰士（Super Metroid） | SFC | 1994 | 與任天堂第一開發部協力 |
| Galactic Pinball | Virtual Boy | 1995 | |
| Panel de Pon | SFC | 1995 | |
| 火焰之紋章：聖戰之系譜（Fire Emblem: Genealogy of the Holy War） | SFC | 1996 | |
| Tetris Attack | SFC | 1996 | 與任天堂第一開發部協力 |
| BS Yoshi's Panepon | SFCSatellaview | 1996 | 與任天堂第一開發部協力 |
| Super Famicom Wars | SFC | 1998 | |
| 火焰之紋章：多拉基亞776（FireEmblem:Thracia776(ファイアーエムブレム トラキア776） | SFC | 1999 | |
| Trade & Battle: Card Hero | GB | 2000 | |
| 紙片馬里奧（美版名Paper Mario，日版名Mario Story） | N6 4 | 2000 | |
| 精靈寶可夢：謎題挑戰（Pokémon Puzzle Challenge，日版名Pokemon de Panepon） | GB | 2000 | |
| 高級戰爭（歐美版名Advance Wars，日版名Game Boy Wars Advance） | GBA | 2004 | |
| 馬里奧賽車Advance（歐美版名Mario Kart: Super Circuit，日版名Mario Kart Advance） | GBA | 2001 | |
| Cubivore: Survival of the Fittest，日歐澳Animal Leader | NGC | 2002 | 與Saru Brunei協力開發 |
| 火焰之紋章：封印之劍 | GBA | 2002 | 與任天堂第一開發部協力 |
| 任天堂益智合集（Nintendo Puzzle Collection） | NGC | 2003 | 與任天堂第一開發部協力 |
| 火焰之紋章：烈火之劍 | GBA | 2003 | |
| 高級戰爭2（歐美版Advance Wars 2: Black Hole Rising，日版Game Boy Wars Advance 2） | GBA | 2003 | |
| WarioWare, Inc.: Mega Party Game$ Atsumare! Made in Wario | NGC | 2003 | |
| 紙片馬里奧：千年之門（歐美版Paper Mario: The Thousand-Year Door，日版Paper Mario RPG） | NGC | 2004 | |
| 火焰之紋章：聖魔之光石（美版Fire Emblem: The Sacred Stones） | GBA | 2004 | |
| 瓦里奧製造：大 迴轉（WarioWare: Twisted!） | GBA | 2004 | 與Nintendo SPD Group No. 1協力 |
| WarioWare: Touched! | NDS | 2004 | 與Nintendo SPD Group No. 1協力 |
| 火焰之紋章：蒼炎之軌跡（歐美版Fire Emblem: Path of Radiance） | NGC | 2005 | 與Nintendo SPD Group No. 2協力 |
| Advance Wars: Dual Strike | NDS | 2005 | |
| WarioWare: Smooth Moves | Wii | 2006 | 與Nintendo SPD Group No. 1協力 |
| 火焰之紋章：曉之女神（Fire Emblem: Radiant Dawn） | Wii | 2007 | 與Nintendo SPD Group No. 2協力 |
| 超級紙片馬里奧（Super Paper Mario） | Wii | 2007 | |
| 美版Planet Puzzle League，歐版Puzzle League DS | NDS | 2007 | |
| 火焰之紋章：覺醒（歐美名Fire Emblem Awakening） | 3DS | 2012 | |
| Pushmo World Pullblox World Hiku Otsu Warudo | WiiU | 2014 | |
| Code Name: S.T.E.A.M. | 3DS | 2015 | |
| Stretchmo Fullblox | 3DS | 2015 | |
| 火焰之紋章：if(歐美版名Fire Emblem Fates) | 3DS | 2015 | |
| 紙片馬里奧:顏色飛濺（歐美版名Paper Mario: Color Splash） | WiiU | 2016 | |
| 火焰之紋章：英雄(歐美版名Fire Emblem Heroes） | iOS,Android | 2017 | 與Nintendo EPD協力 |
| 火焰之紋章回聲：另一位英雄王(歐美版名Fire Emblem Echoes: Shadows of Valentia) | 3DS | 2017 | |
| 火焰之紋章無雙（歐美版名Fire Emblem Warriors） | Nintendo Switch 新3DS | 2017 | 與Koei Tecmo協力 |
| 火焰之紋章：風花雪月（歐美版名 Fire Emblem three house) | Nintendo Switch | 2019 |
