這種染色方法的基礎是組織結構對不同染料的結合程度不同。染料蘇木精可以將嗜鹼性結構染成藍紫色,而伊紅可以將嗜酸性結構染成粉紅色。嗜鹼性結構通常包括含有核酸的部分,如核糖體、細胞核及細胞質中富含核糖核酸(RNA)的區域等。嗜酸性結構則通常由細胞內及細胞間的蛋白質,如路易體(Lewy body)、酒精小體(Mallory body)、細胞質的大部分等。
有時,黃褐色也會出現在染色樣本中,這是由於組織內原有的色素,例如黑色素等造成的。
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