在海灣戰爭中,F—117A更是名聲大噪。據介紹它在“沙漠風暴”期間執行危險性大的任務達1271次,而無一受損。在多種參戰飛機中,唯有F—117A承擔了攻擊巴格達市區目標的任務。F—117A的出勤率也很高,按照小隊的任務計畫,飛行員值班長達24小時,休息8一12小時,再飛兩個夜間任務。每個飛行員每夜只飛一次任務,但一架F—I17A則往往每夜要出擊兩次。據統計,在整個戰爭期間,F—l17A承擔了攻擊目標總數的40%,投彈命中率為80—85%。當然F—l17A也不是沒有攻擊失誤的情況,主要原因可能是天氣、煙塵和有關目標的信息不足所造成的。此外,F—117A並不是完全不會被雷達發現,因此美軍在使用F—117A時,同時要派干擾飛機與之配合。
1999年3月27日,F-117戰機唯一被擊落的事件發生在科索沃戰爭期間,它被塞爾維亞軍隊摧毀。在Zoltán Dani(塞爾維亞文:Золтан Дани)上校的命令下,第250飛彈旅第3營,使用老式蘇制S-125(西方稱"薩姆3")擊落了一架編號為82-806的美軍F-117隱形戰鬥機被南聯盟擊落,令全球軍事觀察員大跌眼睛。此次戰鬥在中國網際網路上更傳得神乎其神,說是什麼中國神秘雷達協助南聯盟擊落了這架F117。但事實上,南聯盟軍人是依靠得當的戰術、有利的戰場環境和美軍的大意才取得這次勝利的。
海灣戰爭F-117作為急先鋒,表現更是出眾,美國軍方大量裝備。可謂“一招鮮,吃遍天”然而F-117作為第一代隱形戰機,技術並不是很成熟。由於主要靠稜角外形反射雷達波,在進攻前都要預先定製進攻飛行路線和角度,一旦有所改變,隱形便告失效。
加上空襲南聯盟時,捷克已造出可以探測F-117的雷達(技術是誰的?),導致一架F-117被擊毀落。