概述
AFLP技術是一項新的分子標記技術，是基於PCR技術擴增基因組DNA限制性片段，基因組DNA先用限制性內切酶切割，然後將雙連結頭連線到DNA片段的末端，接頭序列和相鄰的限制性位點序列，作為引物結合位點。限制性片段用二種酶切割產生，一種是罕見切割酶，一種是常用切割酶。它結合了RFLP和PCR技術特點，具有RFLP技術的可靠性和PCR技術的高效性。由於AFLP擴增可使某一品種出現特定的DNA譜帶，而在另一品種中可能無此譜帶產生，因此，這種通過引物誘導及DNA擴增後得到的DNA多態性可做為一種分子標記。
特點
AFLP可在一次單個反應中檢測到大量的片段。以說AFLP技術是一種新的而且有很大功能的DNA指紋技術。
AFLP反應流程：
AFLP反應程式主要包括模板DNA製備，酶切片段擴增及凝膠電泳分析這3個基本步驟。各步驟具體的過程有：
首先要製備高分子量(HMW)基因組DNA，選擇6個鹼基識別位點的限制性內切酶(通常是EcoRI或PstI或SacI)。
酶切後的限制性片段在T4連線酶的作用下與特定的接頭相連線，形成帶有接頭的特異性片段。
DNA片段的預擴增。
在Taq聚合酶的作用下，完成AFLP的選擇性擴增。
PCR產物變性後在含尿素的聚丙烯醯胺變性膠上電泳。
多態性比較分析，特異片段回收克隆分析。
Genomic AFLP
cDNA-AFLP
AFLP技術的套用：
AFLP具有可靠性好，重複性強，可信度高等優點，近年來廣泛套用於遺傳育種研究，在動物遺傳育種、動物基因組研究中有著廣泛的套用前景。
構建遺傳連鎖圖譜
利用AFLP快速鑑別與目的基因緊密連鎖的分子標記
AFLP輔助的輪迴選擇育種
利用AFLP技術研究基因表達與調控
分類和進化研究
甲基化研究
