回應
360黑匣子對此報導，360方面回應稱，“將依法追究黑公關虛假報導媒體以及其背後指使者的相關責任，以正視聽。”
360在聲明中表示，該報導為虛假報導，用比喻和妄想代替事實，甚至未與360公司公司進行過任何的採訪與求證，通篇引述的不實言論已經對360的商譽構成了嚴重的詆毀。
2月28日，360舉辦媒體開放日，歡迎媒體朋友和業界人士參加。但事實上，多家媒體和業界人士最終被360拒絕進場。而360對於每日經濟新聞報導問題的回應，並未完全解決媒體的疑惑。尤其是，360認為這篇報導是“黑公關”行為，但卻無法提供任何證據。會上，360表示將起訴每日經濟新聞。
3月6日，《每日經濟新聞》發布官方聲明，表示上述報導客觀真實、來源有據，同時指責360利用彈窗、網站專題等方式連續對《每日經濟新聞》發布大量誹謗性言論，報社將提起反訴。
9月19日，360起訴《每日經濟新聞》（簡稱：《每經》）涉嫌虛假報導、侵害商譽一案在上海徐匯區人民法院正式宣判。法院判定《每日經濟新聞》虛假報導構成對360公司名譽權的侵害，要求《每日經濟新聞》連續向360公司道歉十天，並重罰《每日經濟新聞》150萬元。
評論
此舉得到媒體界的一致支持，中國財經傳媒人聯盟秘書長，原上海證券報副總編輯楊溟就在微博中力挺《每日經濟新聞》。他表示：每經關於360黑匣子報導帶來的是一場全民科普運動，引發了媒體、社會、公眾對網際網路技術安全、企業隱私道德和法律的重新認知與思考，影響力超過之前的所有IT界的大戰。他也建議所有人在“匆忙表態前請先認真研讀、反覆比對、多方請教、深入思考。這是會對未來社會發展、媒介生態走向產生影響的大事。”
媒體人魯國平先生也毫不掩飾自己對《每日經濟新聞》此次報導的欣賞，他在評論時指出這個報導非常震撼，“‘黑匣子’之爭是一次全民新媒體科普，讓大家有所警惕私人隱私保護！”
專欄作者李建昆也認為每經的《360黑匣子之謎》調查報導，確實深入分析解讀了360的各種問題。
成都商報記者郭文康更在微博中表示：“360行走在道德的邊緣，私自安裝、搞後門……利用無知蒙蔽小白用戶。每經身先士卒，不管它是不是噁心如蒼蠅，但挖糞都是媒體應該做的。”
結果
法院判決《每日經濟新聞》必須從即日起十日內停止銷售2013年2月26日《每日經濟新聞》第1996期報紙，刪除每經網上的涉案報導及轉載連結，《每日經濟新聞》賠償360公司150萬元，要求《每日經濟新聞》本判決生效之日起 十日內連續十日在《每日經濟新聞》報紙第一版顯著位置、每經網首頁顯著位置，連續七日在新浪網的財經和科技板塊、搜狐網的新聞版塊、中青線上網的法治版塊首頁顯著就其侵犯名譽權行為向360公司賠禮道歉，消除影響。
