一、住院補償
（一） 起付線和補償比例
在取得省內衛生行政部門認定的新農合定點資格並與新農合經辦機構簽訂協定的鄉鎮衛生院、縣級醫院、縣外醫院住院的可報費用的起付線及分段補償比例見下表：
| 鄉級衛生院（或一級醫院） | 縣級醫院（或二級醫院） | 縣外醫院 （原則上指三級醫院） | ||||
| 最低起付線 | 100元 | 300元 | 500元 | |||
| 起付線以上 | 至300元 | 35% | 至700元 | 35% | 至1000元 | 35% |
| 300元以上 | 70% | 700元以上 | 65% | 1千至1萬元 | 55% | |
| 1萬元以上 | 65% | |||||
| 註：“國家基本藥物”費用的補償比例比《新農合藥品目錄》內的藥品費用的補償比例再提高8個百分點 |
1.多次住院，分次計算起付線，起付線以下費用個人自付。對重點優撫對象、五保戶、 低保對象不設起付線。
2.參合農民在縣外（省內）非協定的定點醫療機構住院，上表中的補償比例下調5個百分點；在省內非定點或被暫停、停止、取消定點資格的醫療機構住院的醫藥費用原則上不予補償。
（二）大病保底補償
| 費用段 | 5萬元以下部分 | 5~10萬元段 | 10萬元以上部分 |
| 保底補償比例 | 30% | 40% | 50% |
（三）住院補償封頂線（參合患者當年住院獲得補償的累計最高限額）提高到8萬元。
（四）住院分娩補助（補償）
參合產婦住院分娩（含手術產）定額補助300元。分娩合併症、併發症，其可補償費用的1萬元的部分按30%的給予補償，1萬元以上的部分按同級醫院疾病住院補償比例執行，但不再享受定額補助。
二、注意事項
(一)有責任的各種意外傷害（如：交通肇事導致的他傷和自傷、刀槍傷、搏鬥傷、在工廠（場）或工地作業時負傷等等），新農合基金不應給予補償。對無法判定有無責任的意外傷害，其住院醫藥費用回縣級新農合機構報銷。
（二）既參加新農合又參加了商業保險的農民住院可以憑住院醫藥費用發票和醫院費用清單的複印件及保險公司結報單據等材料到新農合管理機構按規定辦理補償，補償待遇與未參加商業醫療保險的參合農民同等對待。對目前同時參加兩種由政府舉辦的醫療保險的農民工和在校學生，可享受兩次補償。但第二次補償在新農合部門辦理時，僅對第一次補償後的餘額進行審核和結算。
（三）參合農民在縣級以上定點醫療機構住院前3日內的門診檢查費用以及住院期間到上級醫院所做的與病情相關的門診檢查費用，如符合基金支付範圍，可納入當次住院醫藥費用一併計算。
（四）鼓勵家長為預期在參合年度出生的孩子提前繳納參合資金，孩子在參合年度的醫藥費用補償政策同前文。籌資時未出生且未隨父母一起參合的新生兒在母親住院分娩期間患病的醫療費用，計入其母親當次住院分娩費用，比照“分娩併發症”的比例補償；但其母親分娩出院後，該嬰兒再次住院的醫藥費用不予補償。
（五）由於各地區新型農村合作醫療政策差別，具體報銷與以上規定可能存在差異，請向當地合作醫療管理機構諮詢。
