1940年9月，蔣介石作出朱家驊任中央研究院院長、胡適駐美大使職務不變的決定後，圍繞補選胡適為中央研究院院長一事引起的風波才告平息。
3月5日，蔡元培在香港病逝，中央研究院院長出缺，需要補眩按當時的程式，應由中央研究院的評議會推舉候選人，再由國民政府遴選任命。
為學界所矚目的領袖人物主要有胡適、翁文灝、朱家驊三人，尤以胡適呼聲最高。但胡適正在駐美大使任上，孔祥熙不滿意胡適當大使，想以顏惠慶取代他，現在正好藉此由頭調他回國，然後委派顏惠慶繼任駐美大使。此事雖極機密，但學界亦有風聞。此時，蔣介石又親下條子，要“舉顧孟余出來”，觸犯了學界。選舉前夕，評議員宴聚，陳寅恪大講學術自由之義，主張“院長必須在外國學界有聲望”，私下謂”我們總不能單舉幾個蔣先生的秘書”。他們當即做了一次“假投票”，翁文灝得23票，胡適得21票，朱家驊得19票。胡適票少是因朋友們故意不投他的票，怕他被選而調離駐美大使之任。
事情為蔣介石所知，他大不高興，對孔祥熙說：“他們既然要適之，就打電報讓他回來吧！”孔祥熙、顏惠慶大為興奮，四出散發訊息說“胡適就要回國任中研院長了！”胡夫人寫信給胡適，要他聲明不乾。胡適回信給夫人說：“我並不想做院長，但我此時若聲明不乾，那就好像我捨不得丟現在的官了。”最後評議會正式選舉的結果是：翁文灝、朱家驊各得24票，胡適得20票，李四光得6票，王世傑得4票，顧孟余只得1票。由於這次選舉攪進了許多矛盾，蔣介石等遲至9月間才作出最後決定：以朱家驊在政治上更為蔣氏所信任，遂任他為代理中央研究院院長。胡適的大使職務不變。
蔣介石要王世傑發電給胡，告訴他“外傳調兄返國，均因中央研究院問題引起。政府覺美使職務重於中研院，迄無調兄返國決定”。至此，風波平息。
