內設科室
內設科室有：
辦公室
人事科（幹部保健科）
政策法規科
財務科
醫政（科教、中醫）科
防艾辦、地病辦、應急辦（合署辦公）
新型農村合作醫療管理辦公室（婦社科）
下轄6個市直衛生單位：
麗江市人民醫院 、麗江市疾病預防控制中心、麗江市婦幼保健院、麗江市中心血站、麗江市醫學會、麗江市衛生局衛生監督所
主要職責
麗江市衛生局職能職責
（一）貫徹執行黨和國家的衛生工作方針、政策、法律和法規，結合我市實際，研究擬定我市衛生工作的地方性法規，制定相關政策和管理辦法，強化衛生監督執法工作。
（二）按照市委、市政府對全市社會經濟發展的統一要求，研究提出區域衛生規劃，統籌規劃與協調全市衛生資源配置，制訂城市衛生服務發展規劃和服務標準，協調組織和指導衛生規劃的實施。
（三）貫徹預防為主方針，開展全民健康教育。制訂對危害我市人民民眾健康的嚴重疾病的防治規劃，組織對重大疾病、傳染病、地方病的綜合防治和監測；開展城鄉愛國衛生運動，指導農村改水、改廁，普及衛生科普知識，提高公眾的衛生保健意識和自我防護能力。
（四）研究制訂全市衛生工作規劃和政策措施，組織開展婦女、兒童衛生保健，降低孕產婦死亡率和新生兒死亡率，提高婦女、兒童的健康水平。
（五）研究制訂農村衛生工作規劃和政策措施，協調有關部門組織實施農村縣、鄉、村三級醫療防保網的建設，全面推行合作醫療制度，指導初級衛生保健規劃的實施。
（六）研究指導醫療機構體制改革，用法律、行政、經濟等手段加強對醫療行業的巨觀管理。監督實施醫務人員執業標準、醫療質量標準和服務規範；審查、認可醫務人員的從業資格，審批、核發醫療機構執業許可證；建立和完善醫療技術套用，大型醫療設備的審批、準入制度。
（七）研究制定並組織實施全市醫學科技、教育發展規劃，組織協調我市重大醫藥衛生科研攻關，指導醫學科技成果的推廣與套用。
（八）研究擬定中醫中藥、中西醫結合及民族醫藥的方針、政策和發展規劃；建立健全全市中醫藥醫療、教育、科研、管理體系和中藥、民族藥研究開發體系。
（九）依法監督管理血站及臨床用血質量。
（十）監督管理食品、職業、環境、放射、學校衛生。
（十一）對全市各種重大突發事件和災情的醫療救護工作及重大活動組織實施衛生保障。
（十二）組織調度全市衛生技術力量，對重大疫情實施緊急處置，控制疫情蔓延。
（十三）負責對全市衛生人員專業技術職務資格的審查推薦、管理及勞動工資和衛生津貼政策的組織實施。
（十四）管理和監督國際衛生合作項目的實施，指導我市醫療衛生機構與國際間的合作與交流。
（十五）承擔市愛滋病防治領導小組的日常工作。
（十六）承擔市地方病防治領導小組的日常工作。
（十七）承擔市愛國衛生運動委員會的日常工作。
（十八）制定並督促落實全市衛生人才發展規劃和衛生人員職業道德規範。
（十九）管理麗江市人民醫院、麗江市衛生局衛生監督所、麗江市疾病預防控制中心、麗江市婦幼保健院、麗江市中心血站、麗江市醫學會等市級直屬衛生機構。
（二十）承辦市委、市政府和省衛生廳交辦的其他工作。
隸屬單位
寧蒗縣衛生局
華坪縣衛生局
古城區衛生局
玉龍縣衛生局
永勝縣衛生局
