名字由來
鶴山仙宗禪寺周圍風光旖旎，一片淨土，十分迷戀，在此上空盤旋，久而不去。此時，有一百發百中的獵人在此狩獵，見天空有五隻白鶴盤旋不去，便放五支箭，一一射中五鶴，五鶴墜落旗山南麓，遂長眠不醒，幻化成一座山丘五個山峰，酷似伏地翹首的五鶴。此為五鶴落洋也，世人謂此山丘鶴山矣。
靈氣十足
唐朝時，煉丹家周拱在旗山勾漏洞煉丹時，聽說鶴山靈氣十足，便慕名前來看個究竟。他來到鶴山後果見此山靈氣十足，便用拄杖點擊山地，留下許多杖點的痕跡，經世人的千踩萬踏，痕跡不滅，待其羽化成仙后，此地便被諸方的名堪輿家呼為仙蹤聖地，成為上乘的風水寶地。然俗家得不了，只能僧人享。
後唐莊宗同光二年（924），開山祖義存祖師法嗣唐代高僧行瑫禪師泉州王氏子，為弘揚臨濟禪宗文化，而四出勘探寺地。他踩破不計其數的禪鞋，走了數千里路而未果，後經人指點，來到了這鶴山，見此山為五鶴落洋，果然靈氣十足，便自言自語道：“五鶴落洋山非常，俗家不識僧人詳，小巧玲瓏蘊靈氣，寺成高僧代代傳。”於是他便擇日在此山腹地建寺，在周仙杖點地方建大雄寶殿，命寺名曰“鶴山仙宗禪院”。
臨濟宗是中國佛教五大禪宗之一，在五禪宗中獨樹一幟，聲名遠播，影響深遠。該宗由唐朝義玄（？~867）所創。因義玄住的禪院在河北鎮州的臨濟院而得名。禪風痛快峻烈，以“棒喝”著稱。12—13世紀間，由日本僧人榮西、圓爾辨圓等相繼傳入日本，今仍流行。
該寺另一高僧洞明禪師在一次法會論禪答辯時，師曰：“清源下八世，符禪師法嗣”，洞明禪師不假思索地答道：“拏雲不假風雷便，浚浪如何透得身。”洞明的答音剛落，眾高僧讚嘆不已，此事《五燈會元》載焉。該寺先後續出高僧契符禪師、守玭禪師、院明禪師、洞明禪師計五位高僧，應了“高僧代代傳”之驗，是侯官縣水西眾多寺院中出高僧最多的一個禪院。
時有修建
元至正二十三年（1363），鶴山仙宗禪院擴規模，增規制，以後均得以修建。到了明朝，禪院擁有大雄寶殿、觀音閣、天王殿、鐘鼓樓、法堂、藏經閣、僧寮等建築物，並有寺田十餘畝，橄欖、荔枝十餘本，塔陵數座，放生池一口，僧眾數十人，具備了禪院之大全。清林楓在《榕城考古略》中對鶴山仙宗禪寺云：“松逕行數里，有鶴巢其頂，澗水泠泠，與鶴鳴相應。後唐同光二年建，曰仙宗。元至正二十三年重建，有歷峰亭、洗缽池、曇花蹬、樞松關、金雞岩、卓錫泉、垂蘿徑等諸景。”
文人讚頌
明詩人王湛在《遊仙蹤寺》詩云：“獨有秋山色，能清物外心。泉臨幽谷落，路入瞑雲深。樵客踏黃葉，岩僧住綠陰。何時與公等，躡履此登臨。”山不在高，有仙則名，寺不在大，有高僧則靈。由於寺之靈氣十足，飲譽閩都，以致文人騷客紛至沓來。王湛游寺後，王應鐘也步之後塵，遊了此寺。他的《和王湛遊仙蹤寺》詩曰：“言訪招提院，能生般若心。白雲隨處合，黃葉落階深。地僻秋先到，山高景未陰。欲同王子敬，世外一登臨。”
由於寺有靈氣，香火不斷，鶴山仙宗禪院成了弟子祈福求安的殿堂，繼而生髮了仙宗寺南港十八壋緣法。昔時的十八壋是：官塘、上井、壋上、玉嶼、榕嶼、柳厝、江口、王丘、亭上里、大嶼、劉厝、葉厝、柳浪、六十份等村莊。這是仙宗寺與周邊寺院所不同，有特色的禪寺緣法。
燒毀重建
可嘆為憾的是這樣的寺院竟於1958年9月28日被一場大火燒毀，僅剩下寺之建築物的基座與幾間破損的僧寮。
中國佛教協會副會長、中國佛教協會咨議委員會主席、福建省佛教協會名譽會長圓拙法師生前慕寺之盛名，曾兩次考察了鶴山仙宗禪寺，對火患毀寺表示惋惜，並表態籌資復建此寺，再現仙宗寺之雄偉，還其鼎盛之期。惜其願未遂身先歿。
1991年，南嶼十八壋眾賢弟子率先發起倡議，在諸方弟子及華僑熱心贊助下，重建了寺前的附屬建築物帝爺殿；2000年台胞玉井人氏林大潮先生獨資重建了觀音閣；2002年江口人氏，僑胞宋忠官先生獨資重建了大雄寶殿及殿之兩側廂房10餘間；2003年江口人氏宋玉水先生獨資重建了山門；2004年宋忠官先生捐資建了一條從官塘村口至大雄寶殿前的水泥路曰忠官路；2006年宋忠官先生再次獨資建了天王殿。至此，寺貌初復，頗有規制。
