人物經歷
與作曲家喬治·格拉姍1959年入台北國立藝術專科學校，主修理論作曲，副修鋼琴與大提琴，受教於蕭而化、許常惠、盧炎等。1964年，國立藝術專科學校音樂科作曲組畢業，任教於基隆市立第四初級中學（即今基隆市立中山高級中學國中部）。1969年，任教於台灣省立基隆高級商工職業學校（即今國立基隆高級商工職業學校），同時在崇右企業管理專科學校（即今崇右技術學院）兼課。
1971年8月，擔任台南家專音樂科講師。1972年，獲當時西德雷根斯堡音樂學院獎學金，赴德留學三年，向席格蒙（Dr. O Sigmand）學習作曲。1975年畢業，從西德返回台灣後，擔任私立東吳大學音樂學系副教授。
1980年8月，升任私立東吳大學音樂學系教授。1981年8月，擔國立藝術專科學校音樂科教授及科主任，兼任國立藝術學院籌備處主任。1982年8月，擔任國立藝術學院音樂系教授及創系主任，兼任行政院文化建設委員會音樂委員會委員。1986年，獲美國國務院傅爾布萊特學術獎。
1990年5月14日，擔任財團法人邱再興文教基金會執行長。1991年8月，升任國立藝術學院院長。1994年8月，辭去國立藝術學院院長一職，但仍擔任國立藝術學院音樂系教授。1997年8月31日，當選中華民國作曲家協會理事長。1999年，獲頒第三屆國家文藝獎音樂類。1999年9月，連任亞洲作曲家聯盟總會五位執行委員之一。
2000年，獲頒二等景星勳章。2000年7月，連任亞洲作曲家聯盟中華民國總會暨中華民國作曲家協會理事長。
2002年9月，當選亞洲作曲家聯盟副主席。
馬水龍流傳最廣的作品是《梆笛協奏曲》，它的導奏是1990年代中國廣播公司的整點報時音樂。
主要成就
他的作品數量多，體裁廣。主要作品有鋼琴曲《台灣組曲》、《雨港素描》，管弦樂《孔雀東南飛》、《玩燈》、《梆笛協奏曲》、《晨曦》，人聲、嗩吶與打擊樂《竇娥冤》，民樂合奏《盼》，室內樂《大提琴與鋼琴隨曲》、《我是》，簫與大提琴《意與象》、《弦樂四重奏》，舞劇音樂《廖添丁》以及《中國民歌合唱曲集》（共七集 》、《32 首中國民歌鋼琴小品集》等。
《梆笛協奏曲》作於1981年，同年在台北首演。1983年著名指揮家羅斯特羅波維奇曾指揮美國國家交響樂團在台北演出此曲，之後曾在注國、日本、香港等地廣泛流山。1985年此曲曾獲" 金影獎”最佳作曲獎。
作品列表
1、迴旋曲，1963年，台北國際婦女會文藝比賽作曲獎。
2、弦樂四重奏，1970年，中國現代音樂研究作曲獎（中國現代音樂研究會主辦）。
3、懷鄉曲，1971年，黃自歌曲佳作獎（教育部文化局主辦）。
4、孔雀東南飛，1977年，中山文藝獎（中山文藝基金會主辦）音樂創作獎、1990年 金鼎獎（行政院新聞局主辦）優良唱片特別獎及最佳作曲獎。
5、竇娥冤，1980年，新古典舞團委託創作，獲得第三屆吳三連文藝創作獎（吳三連文教基全會主辦）。
6、梆笛協奏曲，1984年，金鼎獎最佳作曲獎；1993年，中華民族文化促進會“二十世紀華人音樂經典作品”。
7、廖添丁，1991年，《中時晚報》年度最佳作曲獎。
