在搶救非典患者時毫無畏懼，衝鋒在前，不幸感染，經搶救無效於2003年5月13日10時5分以身殉職，享年52歲。2003年7月10日，天津市人民政府批准他為革命烈士。馬寶璋在抗擊非典中以身殉職，引起了廣泛、強烈的社會反響。中共中央統戰部、中共天津市委統戰部和農工黨中央表示慰問。天津市領導給予高度評價。農工黨天津市委會發出通知號召全市農工黨員向馬寶璋同志學習。全國政協副主席、農工黨中央常務副主席李蒙專程來津出席學習馬寶璋同志先進事跡的座談會，並會見了馬寶璋的遺孀，將中央機關幹部捐贈的一萬元親手交給她。社會一些單位給予其家屬以資助。他被追授為“全國防治非典型肺炎優秀科技工作者”的榮譽稱號。《人民政協報》、《人民日報》、《團結報》先後報導了馬寶璋同志的英雄事跡。
