定義
食用微生物食用微生物中主要包括某些酵母、真菌和細菌。酵母是最普通的一種食用微生物。過去已有許多國家用於食用或製備蛋白質濃縮物，以及補充B族維生素的來源。有些真菌，例如蘑菇有較大子實體，已有多年食用歷史。此外，還曾設法利用一些能產生菌絲的黴菌，其中含有豐富的蛋白質。至於細菌，生長速度較快，蛋白質含量亦高，並富於含硫胺基酸；但其缺點是易受噬菌體影響，並含有大量核酸，供人類食用問題尚待深入研究解決。
每生產1千克的動物蛋白質，就需要5～10千克的植物蛋白質。除了蟲害、收割、運輸及保存導致的巨大損失外，由植物蛋白質生產動物蛋白質的過程也會損失大量的蛋白質。而微生物可以有效地解決這個問題：它們不僅參與藥物、酒和乳酪的生產，本身也是可以食用的。微生物含有有價值的蛋白質、脂肪、糖以及維生素。
發展歷史
1521年墨西哥戰敗後，西班牙人Bemal Diaz del Castillo描述了阿茲特克人是如何食用一種特別的食物——體積很小又類似乳酪的蛋糕。這些蛋糕里含有來自墨西哥環海的微型藻類，被阿茲特克人稱為Techuilad，其實就是螺旋藻(spirulina)。不過螺旋藻也並非真正的藻類，它只是一種藍綠藻(“藍細菌”)。
在Montezuma帝國里，傭人們每天都要進貢新鮮的魚給統治者，而這隻有出海很遠才有可能實現，因此傳說這些傭人便用螺旋藻作為食物來源。甚至據說Cortes時期的市場中也出售這種藻類，以供人們搭配麵包或者玉米粉等食用。漁夫們使用很精細的網從當時那些尚未乾涸的鹽水湖中鏟收螺旋藻。而現在，螺旋藻也許只能從墨西哥境內的Texcoco湖中找到了。其他湖泊，包括阿茲特克人的游泳花園，如今都已成為貧瘠之地。
數千公里之外，非洲(奈及利亞)查德湖畔的土著人從遠古時期就開始食用螺旋藻了。在查德湖畔的當地市場中，人們便可購買到這種又薄又硬的藍綠色藻蛋糕。Kanembu人把這種食品叫做Dihe，它占了所有食物中的70%。Dih(被加到由土豆、紅番胡椒和各種香料混合而成的調味醬中，與小米制的主食一起食用。螺旋藻蛋糕由日光照射後的藻類做成。這些藻類先從保護區的湖中被打撈上來，將水濾去後放置在熱沙灘上進行乾燥。
在日本和西方很多國家，藻場生產的螺旋藻被作為降低膽固醇和清潔血液的健康食品。100克螺旋藻中含有大約70克蛋白質、20克糖、2克纖維素、僅僅2克的脂肪和一些必需維生素(A，B，B，B，B，E)和礦質鹽離子。
營養價值
酵母中含有豐富的蛋白質，每100克乾酵母中含有48克，此外，還有碳水化物38克，鈣106毫克、鐵18．2毫克、硫胺素7毫克和核黃素3毫克。酵母蛋白質中賴氨酸含量豐富，但含硫胺基酸較少。由於賴氨酸在酵母中含量較高，而在穀類中較為缺乏，所以用酵母補充穀類，提高蛋白質營養價值效果較好。酵母中，缺乏含硫胺基酸，用蛋氨酸補充酵母蛋白質後，其蛋白質淨利用率和生物價都可提高到接近蛋類蛋白質水平。
酵母蛋白質在人體的消化率和蛋白質生物價與酪蛋白接近。
衛生問題
食用微生物食用微生物固然有一定的營養價值，但食用時，還必須注意衛生問題，確保人類食用時的安全。從原則上說，應該注意以下幾點。首先，必須注意菌種的純度，不能混有其它產毒菌株；應嚴格控制管理，加強鑑定工作。其次，要嚴格選擇培養液的原料，注意其衛生問題，確保產品的安全無害。使用含碳水化物工業廢液進行培養時，應注意產品不受各種有毒物質的污染，或在加工過程中，將有毒物質設法排除。而且在生產過程中，還要加強消毒和衛生保護工作，防止有害雜菌，特別是能產生毒素微生物的污染。再有，推廣或採用新品種或新工藝時，必須對產品進行動物毒性試驗，證實安全無害後，再在少數人試行食用，加以驗證，並提出全面的毒理學和營養價值評價。最後，還要注意食用微生物營養成分的不平衡問題，特別是蛋白質胺基酸組成的不平衡。可以改善培養條件或將產品進行營養強化。食用時，適當調配膳食或限制食用數量。
此外，以食用微生物作為膳食蛋白質來源時，有兩個特殊衛生問題，應予注意。
(1)核酸含量問題：上述各種提供單細胞蛋白的生物中，往往含有大量核酸，一般可達8--25%，大部分為核糖核酸(RNA)。膳食中的核酸在人體內最終代謝產物為尿酸，大量食用，可引起血漿尿酸濃度增高，易使尿酸鹽在關節和軟組織中沉積。因此，一般認為，以單細胞蛋白作為人體蛋白質來源時，應限制其核酸含量，每日核酸攝入量應限制在2克以內。去除核酸的方法有鹼水解、化學抽提、或加入外源核糖核酸酶或利用內源核糖核酸酶使核糖核酸降解。
(2)利用石油烷烴培養酵母的衛生問題：過去一般採用碳水化物為主要營養物來生產食用酵母。近年來，多用石油工業副產物，即石油烷烴代替碳水化物。但石油烷烴中，往往混有一些有毒雜質，特別是多環芳烴類化合物，其中有些具致癌性。根據美國食品藥物管理局(FDA)規定，培養食用酵母所用的直鏈烷烴混合物應符合食用礦物油的要求，其中苯並(a)芘、二苯並蒽、3一甲基膽蒽和苯並蓴等都應低於1毫克/公斤。
原料如符合此種純度要求，則發酵完成後，只需離心、濃縮、沉澱與乾燥即可。如果採用280～400℃石油分餾物培養酵母，則僅有一部分直鏈烷烴可被酵母利用，剩餘部分，須離心洗滌後可除去。最後產品還需用溶劑抽提。按上述要求生產的酵母在動物毒性試驗中，未見明顯毒害作用。 ·
