參考依據
根據衛生部 2010 年發布的《食品安全風險評估管理規定(試行)》，以下情形可作為開展風險評估的參考依據：(1)制訂或修訂食品安全國家標準的需要；(2)通過食品安全風險監測或者接到舉報發現食品可能存在安全隱患的，在組織進行檢驗後認為需要進行食品安全風險評估的；(3)國務院有關部門按照《中華人民共和國食品安全法實施條例》第十二條要求提出食品安全風險評估的建議，並按規定提出《風險評估項目建議書》的；(4)衛生部根據法律法規的規定認為需要進行風險評估的其他情形；(5)處理重大食品安全事故的需要；(6)公眾高度關注的食品安全問題需要儘快解答的；(7) 國務院有關部門監督管理工作需要並提出應急評估建議的；(8)處理與食品安全相關的國際貿易爭端需要的 。
過程
食品安全風險評估大都遵循四個步驟：危害識別、危害特徵描述、暴露評估和風險特徵描述四個階段。
危害識別
危害識別（Hazard Identification）是食品安全風險評估的第一個步驟， 國際食品法典委員會(CAC)將其定義為確定食品中可能存在的對人體健康造成不良影響的生物性、化學性或物理性因素的過程。危害因素的種類繁多， 在啟動食品安全風險評估程式前， 首先要經過篩選，以確定需要評估或優先評估的危害因素。不斷完善與創新危害識別技術，在全面、科學、系統的危害識別基礎上進行風險評估，是目前我國食品安全風險評估面臨的重要課題 。
危害特徵描述
危害特徵描述(Hazard Characterization)是食品安全風險評估的第二步。世界衛生組織(WHO) 國際化學品安全規劃署(International Programme on Chemical Safety, IPCS )(2004)對危害特徵描述的定義為：“對一種因素或狀況引起潛在不良作用的固有特性進行的定性和定量(可能情況下)描述，應包括劑量－反應評估及其伴隨的不確定性。”《食品安全風險評估管理規定(試行)》對危害特徵描述的定義為：“對與危害相關的不良健康作用進行定性或定量描述。可以利用動物試驗、臨床研究以及流行病學研究確定危害與各種不良健康作用之間的劑量－反應關係、作用機制等。如果可能，對於毒性作用有閾值的危害應建立人體安全攝入量水平。危害特徵描述主要解決以下問題：建立主要效應的劑量－反應關係；評估外劑量和內劑量；確定最敏感種屬和品系；確定種屬差異(定性和定量)；作用方式的特徵描述或是描述主要特徵機制；從高劑量外推到低劑量以及從實驗動物外推到人。一般而言，危害特徵描述不需要知道精確的毒理作用機制， 只要了解它的作用方式即可；如果毒性作用的機制是有閾值的，那么危害特徵描述通常會建立安全攝入水平 。
暴露評估
繼危害識別、危害特徵描述之後，食品安全風險評估的第三個步驟是暴露評估。暴露評估（Exposure Assessment）描述危害進入人體的途徑，估算不同人群攝入危害的水平。根據危害因素在膳食中的含量水平和人群膳食消費量，初步估算危害的膳食總攝入量，同時考慮其他非膳食進入人體的途徑，估算人體總攝入量並與安全攝入量進行比較。一項具體的暴露評估工作包括三個方面：食物中化學物含量數據、食物消費量數據以及這兩方面數據的整合方法。目前我國食品安全風險評估領域較多使用的是確定性點評估和簡單評估，而機率分布評估由於對數據的要求較高，且需要複雜的計算機軟體進行統計分析，耗時較長，成本較高，目前較少使用 。
風險特徵描述
作為食品安全風險評估的最後一個步驟，風險特徵描述(Risk Characterization)是通過整合併綜合分析危害特徵描述與暴露評估的信息，評估目標人群的潛在健康風險，為風險管理決策制定提供科學方面的建議。國際食品法典委員會(CAC)將風險特徵描述定義為：在危害識別、危害特徵描述和暴露評估的的基礎上，對特定人群中發生已知的或潛在的健康損害效應的機率、嚴重程度以及評估過程中伴隨的不確定性進行定性和(或)定量估計。風險特徵描述的主要內容可分為兩個部分：(1) 評估暴露健康風險：即評估在不同的暴露情形、不同人群(包括一般人群及嬰幼兒、孕婦等易感人群)，食品中危害物質致人體健康損害的潛在風險，包括風險的特性、嚴重程度、風險與人群亞組的相關性等，並對風險管理者和消費者提出相應的建議。相應的方法包括基於健康指導值的風險特徵描述、遺傳毒性致癌物的風險特徵描述和化學物聯合暴露的風險特徵描述。(2)闡述不確定性：由於科學證據不足或數據資料、評估方法的局限性使風險評估的過程伴隨著各種不確定性，在進行風險特徵描述時，應對所有可能來源的不確定性進行明確的描述和必要的解釋 。
不確定性
在進行食品安全風險評估時，理想的情形是能夠獲得人體暴露於化學物的所有信息和資料，但大多數物質因無法獲得人體試驗資料而必須依賴動物試驗數據或其他試驗資料（如體外試驗，結構活性分析等），其不確定性的涉及面更廣。
不確定性的來源主要分為兩大類，一類來自試驗結果的外推，其中包括從實驗動物外推到一般人群及從一般人群外推到特定人群（敏感人群）。研究發現，化學物在實驗動物和人體內的代謝差異遠大於在兩個種屬內所引起的效應差異，因此種屬間毒代動力學所引起的不確定性更大。但是，對於由遺傳、年齡、性別、環境（如營養狀況）等因素導致的人類個體變異，目前幾乎沒有資料可以表明人體組織對外源化學物（藥物除外）的敏感性存在差異，更無法說明代謝和效應在不確定性中的貢獻。另一類不確定性來源是數據的局限性，主要包括無法獲得未觀察到不良作用水平（NOAEL）、暴露途徑存在差異、暴露時限存在差異以及數據缺失等 。
