職責調整
（一）取消已由旗人民政府公布取消的行政審批事項。（二）取消擬定水利行業經濟調節措施、指導水利行業多種經營工作的職責。
（三）加強水資源的節約、保護和合理配置，保障城鄉供水安全，促進水資源的可持續利用；加強防汛抗旱工作，減輕水旱災害損失。
主要職責
（一）負責保障水資源的合理開發利用，擬訂全旗水利規劃和政策的執行，組織編制全旗重要河流湖泊的流域綜合規劃、防洪規劃等水利規劃；按規定製定全旗性水利工程建設有關制度並組織實施，負責提出全旗水利固定資產投資的規模和方向、旗級財政性資金安排的意見，按規定許可權審批、核准規劃內和年度計畫規模內固定資產投資項目；提出全旗水利建設投資安排建議並組織實施。（二）負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌兼顧和保障，實施水資源的統一監督管理，擬訂全旗水中長期供求規劃、水量分配方案並監督實施；組織資源調查評價工作，按規定開展水資源調查工作；負責全旗重要流域、區域以及重大調水工程的水資源調試，組織實施取水許可、水資源有償使用制度和水資源論證、防洪論證制度；指導水利行業供水和鄉鎮供水工作。
（三）負責水資源保護工作，組織編制水資源保護規劃，組織擬訂重要河流湖泊的水功能區劃並監督實施；核定水域納污能力，提出限制排污總量建議；指導飲用水水源保護工作，指導地下水開發利用和城鎮規劃區地下水資源管理保護工作。
（四）負責防治水旱災害，承擔全旗防汛抗旱指揮部的具體工作；組織、協調、監督、指揮全旗防汛抗旱工作，對重要河流湖泊和重要水工程實施防汛抗旱調度和應急組織實施；指導水利安全性公共事件的應急管理工作。
（五）負責節約用水工作。擬訂節約用水政策，編制節約用水規劃，制訂有關標準，指導和推動節水型社會建設工作。
（六）負責防治水土流失，擬訂水土保持規劃並監督實施，組織實施水土流失的綜合防治、監測預報並定期公告；負責全旗立項的建設項目水土保持方案的審批、監督實施及水土保持設施的驗收工作；指導重點水土保持建設項目的實施。
（七）指導農村牧區水利工作，組織協調全旗農田草牧場水利基本建設，指導農村牧區飲水安全、節水灌溉等工程建設與管理工作；指導牧區水利工作，指導農村牧區水利社會化服務體系建設；按規定指導農村牧區水能資源開發工作。
（八）負責全旗重大涉水違法事件的查處，協調、仲裁跨蘇木、鎮（管委會）水事糾紛，辦理跨旗縣河流有關事務，指導水政監察和水行政執法工作；依法負責水利行業安全生產計畫工作，組織指導水庫、大壩的安全監管；指導水利建設市場的監督管理，組織實施水利工程建設的監督。
（九）開展水利科技推廣和新技術套用工作，組織開展水利行業質量監督工作，監督實施水利行業技術標準、規程規範；承擔水利統計工作。
（十）承辦旗人民政府交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，旗水務局設4個內設機構：（一）辦公室
負責會議的組織、綜合材料的起草和機關文秘、檔案、保密、財務（本局國有資產管理）、車輛管理、公務接待、保衛、調研、信息、宣傳、信訪、督查、政務公開、史志年鑑編撰、規章制度建設等工作；指導信息化建設；負責機關和二級單位的機構編制、人事管理、勞動工資等，組織實施目標責任考核及幹部監督工作，負責專業技術人員的職稱評聘和管理工作，指導水利系統人才隊伍建設工作；負責機關黨群工作和老幹部工作。
（二）水政水資源辦公室（全旗節約用水、安全飲水、水保辦公室）
起草涉水的地方規範性檔案，承辦旗行政應訴、行政複議、行政賠償工作；負責水行政執法監督工作，組織指導水政監察工作；配合流域機構調處蘇木、鎮（管委會）間水事糾紛，調處跨旗區的水事矛盾；組織徵收水利政策性規費；全旗水資源管理、配置、節約和保護，指導城鎮飲用水水源保護、城鎮供水的水源規劃工作；指導城鎮入河排污口設定工作；承擔全旗節約用水辦公室的日常工作，指導城鎮計畫用水和節約用水；組織指導全旗水權制度改革，組織實施全旗水資源調查、評價和監測工作；組織實施水資源取水許可、水資源有償使用、水資源論證等制度；指導水量分配、水功能區劃和水資源調度工作並監督實施，組織編制水資源保護規劃；負責生活、生產經營和生態環境用水的統籌兼顧和保障，實施全旗水資源的統一監督管理，擬訂全旗水中長期供求規劃、水量分配方案並監督實施。
指導水利行業供水和城鎮供水工作；指導城鎮污水處理回用等非傳統水資源開發工作；指導全盟農村牧區人畜飲水安全工程建設與管理工作。
指導全旗水土流失綜合防治工作，組織編制水土保持規劃及監督實施；組織全旗水土流失監測、預報並公告；審核開發建設項目水土保持方案並監督實施。
（三）建設與管理股（規劃計畫股）
承擔全旗水利工程建設的行業管理，指導水利設施、水域及其管理和保護；指導全旗重要江河、湖泊、水庫及河道的治理和開發，組織實施河道管理範圍內工程建設方案審查；指導水利工程建設與運行管理，指導水利建設市場的監督管理，組織實施具有控制性和跨旗縣重要水利工程建設與運行管理；承擔全旗水利行業安全生產工作，指導全旗水庫、水閘等水利工程安全監管工作，負責調查處理並協調解決重大水利安全事故。
組織編制全旗水利流域綜合規劃、專業規劃和年度投資計畫，會同有關部門制定中長期水供求規劃；負責水利工程建設項目合規性審查，及水利基建項目的立項和報批；承擔全旗各類水利專項資金的計畫、分配與監督檢查等工作；承擔全旗水利統計和水利審計；組織重大水利科學研究、技術引進和科技推廣；水利行業技術標準、規程規範的監督實施。
（四）灌溉管理股（額濟納旗防汛抗旱指揮部辦公室）
組織協調全旗農田草牧場水利基本建設，指導農村牧區節水灌溉、排水及雨洪資源利用等管理工作；指導農村牧區水利社會化服務體系建設和水利工程管理體制改革。
組織、協調、監督、指揮全旗防汛（凌）抗旱工作，對重要河流湖泊和重要水工程實施防汛（凌）抗旱調度和應急調度；編制全旗防汛（凌）抗旱應急預案並組織實施；負責全旗水旱災情發布，監督重要河流防汛（凌）抗洪搶險工作；組織協調山洪等災害及蓄滯洪區安全建設、管理和運用補償工作，負責洪泛區、蓄滯區和防洪保護區的洪水影響評價工作；負責旗級防汛抗旱經費、物資的計畫、管理和調配工作；負責全旗洪澇、乾旱災情的統計工作。
人員編制
旗水務局機關行政編制為7名。科級領導職數3名（1正2副），其中：局長1名，副局長2名。另核定工勤人員事業編制1名。其他事項
（一）水資源保護與水污染防治的職責分工：額濟納旗水務局對水資源保護負責，額濟納旗環境保護局對水環境質量和水污染防治負責。兩部門要進一步加強協調與配合，建立局際協商機制，定期通報水污染防治有關情況，協商解決有關重大問題。額濟納旗環境保護局發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。額濟納旗水務局發布水文資源信息中涉及水環境質量的內容，應與額濟納旗環境保護局協商一致。（二）河道采砂管理的職責分工：額濟納旗水務局對河道采砂影響防洪安全、河勢穩定、堤防安全負責；額濟納旗國土資源局對保障河道內砂石資源合理開發利用負責；額濟納旗交通局對河道采砂影響通航安全負責。由額濟納旗水務局牽頭，會同額濟納旗國土資源局、交通局等部門，負責河道采砂監督管理工作，統一編制河道采砂規劃和計畫。
（三）將城鎮涉水事務的具體管理職責交給城鎮人民政府，並由旗人民政府確定供水、節水、排水、污水處理方面的管理體制，旗人民政府各相關部門根據所承擔的職責負責業務上的指導。
（四）國家對水資源實行統一管理，開採已探明的礦泉水、地熱水由水行政主管部門在統一考慮地表水與地下水的資源狀況和生活用水、農業用水、工業用水的實際需要的基礎上辦理取水許可證，確定開採限量。開採礦泉水、地熱水，用於商業經營的企事業單位（如礦泉水廠、溫泉賓館、地熱電廠）等，憑取水許可證向地質礦產行政主管部門登記，辦理相應的採礦許可證，並按照水行政主管部門確定的開採限量開採。
（五）所屬事業單位的設定、職責和編制事項另行規定。
