特徵
基本特徵
鞭毛藻鞭毛藻類的共同特徵是具鞭毛能主動運動，多數種類的細胞壁較薄或鞭毛藻不具細胞壁，有的（甲藻）雖有壁但不完整。多數種類都是魚類、甲殼動物和貝類容易消化、利用的餌料。所以，利用敞池大量增殖鞭毛藻類十分有意義。鞭毛藻僅有二十分之一個毫米，肉眼難以看到。當它受到外界騷擾時就會象螢火蟲一樣釋放出光亮，夜晚螢火清晰可見，這種光能釋放是鞭毛藻的自衛防禦功能。為靠光和作而生長是鞭毛藻生殖的必要條件。蚊子灣的鞭毛藻濃度是世界之最，一加侖水中大約有七十二萬顆鞭毛藻，它的夜明景象格外突出，擾動愈猛烈，光亮愈顯著，好象是一片漂浮在水面的鬼火。
運動方式
鞭毛藻可以以單個或群體的形式存在，單個藻細胞通過鞭毛朝前的方式、呈螺旋狀遊動.遊動的過程中,長鞭毛呈彎曲狀，而短鞭毛保持不動。
PH
鞭毛藻類類型多樣，不同的類群對於pH的耐受性不同，主要以中性種類為主，種類數最多，喜鹼種類次之，嗜酸種類最少;
生存環境
鞭毛藻類主要分布在湖邊沿岸帶、苔草沼澤、水坑等生境，苔草沼澤中的鞭毛藻類多樣性最豐富。
鞭毛藻增殖方法
鞭毛藻①保證水深（>1m）。在深水中鞭毛藻可選擇合適的水層行光合作用，而非鞭毛藻則常因下沉至中下層得不到足夠的光照而難以繁殖。
②足施有機肥。鞭毛藻是典型的兼性營養生物，可直接利用溶解有機質，因而在富含有機質的水體中能獨占鰲頭。
③利用輪蟲、哲水蚤、鹵蟲等濾食小型浮游植物（多半為非鞭毛藻），讓浮游植物組成大型化，當鞭毛藻大量繁殖後可用敵百蟲將哲水蚤等殺滅或在使用時將浮遊動物濾掉。
選塘
從藻類自身的繁殖著眼應選擇沉積物肥厚的老池為好，因為其中蘊藏著豐富的藻種──孢子，並能為孢子的繁殖提供大量的營養元素。但是在這類水體沉積物中又往往貯存著相當多的輪蟲、枝角類等濾食性浮遊動物的休眠卵，而成為藻類增殖的隱患。若能遴選到底質肥沃而又較少敵害生物的水體做培育池最為理想。水體交換量較大的養蝦池和以浮遊動物為終身餌料的鱅魚飼養池可為首選，連年飼養鯉、鯽、鯰、鱔等底層魚類的水體則不宜入選。培育池的大小、深淺視培養對象而定，但不可選用嚴重滲漏的池塘。
清塘
用生石灰（淡水）和漂白粉（海水）按常規方法清塘。通常排水清塘比帶水清塘為好。前者既節省用藥量又能使藻類種群密度迅速增長。還能更好地調動水體肥力。據雷衍之等（1983）測定，排水池較帶水池清塘後銨鹽含量增加更快。
注水
深井地下水敵害少，雜物少是首選水源。當不得以使用天然海、淡水做水源時，必須經過殺滅敵害或用150目篩絹網嚴格過濾方可注入培育池中。最終注水量（深度）視培育對象而定。但務必按由淺入深的原則灌注才有利於藻類繁殖和水質調控。
施肥
淡水養魚池清塘後在不施肥的情況下，氨氮含量可達3.88mg/L；活性磷可達0.18～0.22mg/L。所以清塘後一段時間(1周內)不施肥亦可滿足藻類繁殖的需要。但隨著藻類光合作用，這些營養鹽很快消耗殆盡，通常清塘注水7～8天后，便應考慮施肥。具體用量和比例應視培養對象而定。其基本原則是多次、少量；無機、有機並用。
除害
原生動物、輪蟲、甲殼動物等濾食性動物都是藻類的敵害。如果選塘得當，清塘後這類敵害生物發生晚且數量較少。但它們的孢子或休眠卵尚可通過水流、空氣、工具等傳播污染藻類培育池。一旦大量發生，可根據不同種類按如下方法處理：
①甲殼動物 用敵百蟲1g/t可有效地殺滅枝角類、橈足類、蝦類、豐年蟲等甲殼動物。
②輪蟲多數輪蟲體長>100μm。用150目篩絹網連續抽慮可控制其種群增長但不能清除。輪蟲對氯比較敏感。使用1.0ppm有效氯可殺死多數輪蟲個體。雖同時影響藻類的增殖，但在施藥3～5天后，藻類種群有望恢復。據何志輝等試驗,用10-15g/t濃度的甲醛可有效控制輪蟲。
③原生動物上述藥物對原生動物作用不大。抽濾法可實用於草履蟲、喇叭蟲等大型原生動物，至於種類繁多的小型纖毛蟲，雖然也濾食藻類，但通常在光照充足、溶氧豐富而溶解有機質量並不很高的藻類培育池中，它們的生物量有限，對藻類的危害較小。除此之外，水生維管束植物、大型絲狀藻類有明顯的克藻效應，對於這類大型植物藥物是無濟於事的。好在肥水中它們很難成為全水體的優勢種群，而多半只出現 在池邊淺水處。通常用齒耙等簡單工具即可將之除淨。
特殊類群增殖
敞池培養單胞藻鑒於其環境的複雜性和種類的多樣性，要想培養單一純種是很難的，但是利用某些群落對環境的獨特適應性和種間關係，則有可能實現對某些生態群的增殖。
鞭毛藻非鞭毛藻類
小型非鞭毛藻類的增殖
鞭毛藻硅藻和綠球藻類是小型非鞭毛藻類的主要組分。多數個體<20μm。是輪蟲、枝角類、橈足類等餌料浮遊動物的重要食物。許多種類也是魚類。貝類和甲殼動物可利用的天然餌料。傳統的單胞藻培養是築建餌料室，遵循保種——接種——擴種——生產性培養的程式，其優點是能保證純種生產，避免原生動物等有害生物的干擾，對貝類育苗是必須的，但對河蟹等甲殼動物幼體來說，採用敞池比較粗放地培養單胞藻更為經濟實用。因為他們不像貝類幼體那樣懼怕原生動物，也不需要純而又純的某種單胞藻。相反，由各種藻類和少量小型浮遊動物組成的群落，在營養上更加優質全面，由於池塘底泥、水源和大氣中到處蘊藏著大量的藻類孢子，所以不必引種，只要選擇好培育池並採取若干人為措施，即可增殖成功。
