主要職責
貫徹執行國家環境保護的方針、政策、法律、法規、規章，制定本轄區地方環境保護的規範性檔案和辦法；貫徹執行國家環境保護有關標準、技術規範。
擬訂並組織實施環境保護規劃和計畫；組織擬訂並監督實施重點區域、重點流域污染防治規劃和環境保護專項規劃；參與制定本縣經濟和社會發展中長期規劃、年度計畫、國土開發整治規劃、區域經濟開發規劃、產業發展規劃、移民環保規劃以及資源節約和綜合利用規劃。
負責轄區環境執法工作，承擔行政訴訟的應訴工作；組織處理環境污染糾紛、環境污染事故和生態破壞事件。承辦人大、政協有關環境保護的議案、建議、意見、提案，處理民眾有關環境保護的來信來訪。牽頭協調重大環境污染事故和生態破壞事件調查處理；建立健全突發環境事件的應急預警機制。
承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任；受縣政府委託對經濟和技術政策、發展規劃以及經濟開發計畫進行環境影響評價，監督管理對環境有影響的建設項目執行環境影響評價制度和“同時設計、同時施工、同時投產使用”的“三同時”制度，按照規定審批建設項目環境影響評價檔案。
負責環境污染防治的監督管理。監督實施轄區內排污申報登記與排污許可證、排污收費、環境影響評價、建設項目“三同時”、限期治理等環境管理制度；對大氣、水體、噪聲、固體廢物、土壤和光、惡臭以及機動車等的污染防治和生態環境保護實施統一監督管理；組織實施化學品環境管理；組織擬訂主要污染物排放總量控制計畫和實施方案；組織指導城鎮和農村的環境綜合整治工作。
管理轄區內自然環境保護工作，協調並監督檢查生物多樣性、野生動植物及珍稀瀕危物種保護工作；負責農村環境保護；指導生態農業建設；監督對生態環境有影響的資源開發活動；監督檢查各類自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作；管理生物技術環境安全。
負責輻射安全的監督管理。監督管理放射源安全、電磁輻射、核技術套用、伴生放射性礦產資源開發利用中的污染防治工作；組織開展核與輻射環境監測工作；參與核事故應急處理，負責輻射環境事故應急處理工作。
負責環境監測網路、環境統計和環境信息系統的建設與管理；組織開展環境質量監測、污染源監督性監測和突發性環境污染應急監測，組織對環境質量狀況進行調查評估和預測預警；建立環境質量發布制度，組織編報環境質量報告書；統一發布環境狀況公報、環境綜合性報告和重大環境信息。
提出環境保護領域固定資產投資規模和方向、財政性資金安排的意見，並會同有關部門做好組織實施和監督工作；推廣國家和地方環境保護最佳實用技術；參與指導推動發展循環經濟、清潔生產和環保產業有關工作。
組織擬訂和實施環境保護督查制度，組織實施環境保護目標責任制，監督檢查環境保護目標任務完成情；組織開展環境保護創建活動，指導生態示範區與生態農業建設。
組織開展生態文明建設和環境友好社會建設宣傳教育工作；組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作；推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
承辦縣委、縣政府和上級部門交辦的工作及有關事項。
機構設定
【辦公室（掛督查科牌子）】
負責全縣環保事項督查，承辦區縣黨政一把手環保實績考核、環保系統目標考核和政府環保目標責任制考核工作；擬訂局機關各項制度並監督實施；負責文秘、檔案、史志、年鑑、大事記、保密、政務值班管理等工作，負責局系統財務、機構編制、人事、工資工作；負責辦公自動化管理及後勤保障工作；組織開展全縣環境監測工作，統一發布環境狀況公報、環境綜合性報告和重大環境信息；負責黨建、精神文明和黨風廉政建設工作；負責環保系統對口支援有關事宜；負責承辦對鄉鎮（街道）和部門環保目標責任制考核工作。
【建設項目管理科(掛行政服務科牌子)】
負責本縣環境影響評價工作的監督管理，按管理許可權受理建設項目環境保護申報並審批環境影響評價檔案；參與建設項目選址，提出選址意見；參加建設項目可行性研究報告、初步設計的審查，提出審查意見；組織開展建設項目環境影響後評價工作，負責組織開展建設項目配套的環保設施試產、竣工驗收。負責環境保護有關法律、法規、行政規章的解答或請示有解釋權的機關解釋；負責本局行政複議、行政訴訟的答辯、應訴、起訴工作，受理環境保護行政賠償事宜；負責服務對象到行政審批大廳辦理排污許可證、繳納排污費和監測費等相關工作。
【污染防治科（掛創建辦牌子）】
負責貫徹實施國家和地方頒布的有關污染防治的法律、法規、政策和標準，對本縣水、大氣污染、固體廢物、噪聲、振動污染防治工作實施監督管理；負責草擬有關污染防治的規劃、計畫，經批准後指導實施協調推動能源結構調整、節能、清潔能源推廣工作；負責城市環境綜合整治定量考核工作。承辦“五個雲陽”建設、市級環境保護模範縣、國家環境保護模範城市、生態示範縣、綠色學校、綠色社區、環境優美鄉鎮等綠色創建工作；組織辦理人大代表建議和政協委員提案；承辦縣三峽庫區水污染防治領導小組辦公室的日常工作。
【污染物總量減排科( 掛宣教科牌子)】
負責擬定全縣污染物排放總量控制計畫並監督實施，督促實施污染物減排項目並組織驗收，參與污染物減排監測和監察係數的核定；組織實施廢水、廢氣、噪聲等的排污申報登記、排污許可制度；負責污染源普查工作和數據更新；負責環境統計工作；擬定全縣環境保護宣傳教育規劃、計畫，並組織實施；組織協調環境保護工作採訪報導活動和環境新聞發布；負責環境污染事故協調及信息審核報送工作；負責收集、整理、編髮、報送環保政務信息；組織實施環保系統幹部培訓工作。
【農村環境保護科】
擬定全縣環境保護規劃和農村環保項目及自然生態環保項目規劃，負責監督實施並組織驗收；牽頭協調統籌城鄉環境保護工作，協助開展長江生態屏障規劃建設；協助編制消落區生態保護規劃、庫區景觀生態與生物多樣性保護規劃。負責農村環境綜合整治、農村面源污染防治、畜禽和水產養殖污染防治與監督管理工作；負責生態縣創建工作；組織實施生態環境質量調查和評估工作，檢查和指導各類自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作；監督實施參與水土流失和石漠化綜合防治工作。
【縣紀委、監察局派駐紀檢組、監察室】
負責監督檢查駐在部門及其所屬系統執行黨的路線、方針、政策和決議情況，遵守國家法律、法規和執行人民政府決策情況；在黨章和《行政監察法》規定範圍內，對駐在部門黨組及其成員和其他領導幹部實行監督的責任；協助駐在部門黨組抓好黨風廉政建設、糾正部門和行業不正之風，會同有關部門對黨員、幹部進行黨紀、政紀教育的責任；監督檢查駐在部門及其所屬系統黨風廉政建設責任制執行情況；督促、協調駐在部門研究制定本系統、本行業預防和治理腐敗的措施的責任；受理對檢查、監察對象的控告及其申訴，調查處理檢查、監察對象違反黨紀、政紀的案件；承辦上級紀檢監察機關、駐在部門黨組和行政領導交辦的其他事項。
【環境監測站】
1.貫徹執行有關環境保護和環境監測的法律、法規、標準、技術規範和管理制度；參與本地區環境監測規劃、計畫的制定，並貫徹執行。
2.按照國家環境監測技術規範開展環境質量監測。對本轄區的污染源實施監督監測，對重點污染源建立和健全排污動態檔案，編寫監測報告。
3.承擔排污申報、排污許可證制度實施、污染物總量減排、排污收費等環境管理所需監測任務，提供環境保護目標責任制實施情況考核的監測數據。
4.收集、整理、儲存本地區環境監測數據、資料，編寫環境質量報告書，建立環境監測動態資料庫，及時向主管部門和上級部門上報各類監測數據、報告，為政府的環境狀況公報提供監測數據。
5.負責轄區內環境監測業務指導和環境監測人員的技術培訓。
6.建立本轄區應急環境監測網，為轄區內環保行政處罰、污染事故處理和污染糾紛調查提供監測數據。
7.在確保完成指令性任務的前提下，利用本單位技術力量，為社會提供科技服務。
【環境監察大隊】
1.貫徹執行國家和地方環境保護法律、法規，政策、規章和制度，擬定本縣環境監察規劃和年度工作計畫，並組織實施。
2.依法對轄區內污染治理設施運行、建設項目執行環境影響評價和“三同時”制度、限期治理項目、生態破壞事件和污染物總量減排落實情況進行現場監督檢查並提出處理意見；指導並督促排污單位健全完善污染治理設施運行、台帳和檔案。
3.依法對轄區內環境違法行為進行現場調查取證，對行政違法行為實施處罰，對行政處罰決定的執行情況進行監督檢查。
4.受理環境事件公眾舉報，對本縣和相鄰行政區域內發生的環境污染糾紛和事故以及檢舉控告環境行政違法行為進行調查並參與處理，為保護環境、維護人民民眾的環境權益提供監察保障。
5.負責對12369投訴和市環保局、縣委縣政府交辦舉報投訴案件的調查處理和回復。
6.負責指導督促排污單位建立健全環境污染與生態事故應急預案，完善應急處理設施和措施，指導開展應急演練活動。
7.參與編制污染治理項目年度計畫，並對治理項目計畫執行情況進行監督檢查。
8.負責Ⅲ類醫用輻射設備生產許可證的審批。
9.依法徵收排污費。
