研究所的研究主線是:圍繞雲南省主要園藝作物的產業發展需求,以低緯高原特有的蔬菜、果樹、食用菌、觀賞植物為研究對象,系統地開展果蔬資源保存、育種新技術、栽培新技術、品質分析技術、果蔬產品的采後加工技術以及配套的無公害、綠色食品生產技術等方面的研究。目前,已收集果樹種質資源1200餘份,分屬28科、47屬、121種;採集了蔬菜種質資源2300餘份,其中:野生蔬菜種質資源82種;收集保存珍貴野生菌種質資源300多份,人工菌優良品種75種400多個菌株(系);收集觀賞園林植物資源45種。在品種選育方面,先後開展了蘋果、梨、獼猴桃、檸檬、白菜、辣椒、茄子、食用菌等作物的選育種工作,先後選育出了雲白三號、雲早、雲黃、雲香梨、雲紅梨一號等優良果蔬品種,其中:雲香梨是我省第一個獲得自主智慧財產權的果樹新品種。具有自主智慧財產權的雲紅梨一號果品已開始進入歐美等已開發國家水果市場,為雲南果蔬產業的發展做出了重要貢獻。
研究所與韓國、泰國、紐西蘭、日本等國家建立了長期的國際科技合作和學術交流關係。與國內的中國農科院蔬菜花卉所、鄭州果樹所、浙江大學、雲南農業大學等研究機構進行了長期科技合作研究。
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