事件始末
公元887年（仁和3年）11月21日，經由藤原基經的推薦而從臣籍進為皇太子，繼而即位為天皇的宇多天皇，在其即位時發布了詔令，命藤原基經出任關白一職，藤原基經則按先例推辭了一番。於是天皇命左大弁橘廣相再發詔令，該詔令中有“宜しく阿衡の任をもって卿の任とせよ（宜以阿衡之任，為卿之任）”一語。“阿衡”乃是中國殷商時期的賢臣伊尹擔任過的官，橘廣相正是引用了這一典故。然而當時的文章博士藤原佐世卻告訴藤原基經“阿衡は位貴くも、職掌なし（阿衡位貴而無職掌）”，意思是阿衡這一職位很高，卻無實際的權力。大問題來了。藤原基經聞言十分憤怒，便停止了政務的處理，國政遂為之停滯。憂慮的天皇鄭重地向基經尋求諒解，但並未解決問題。
有說法認為，藤原佐世之所以要告訴藤原基經會引起如此大事端的話，乃是因為他嫉妒橘廣相的升遷。
第二年888年（仁和4年）4月，天皇命左大臣源融安排博士們研究“阿衡”一詞是否有那樣的典故。懼怕藤原基經威勢的博士們紛紛表示了與藤原佐世一樣的見解。儘管橘廣相對此進行了反駁，天皇仍於6月取消了之前的詔令，並且罷免了橘廣相。天皇在日記當中表達了自己的遺憾。
藤原基經卻執意要求將橘廣相除以遠流之刑（如流到到遠離國都的島嶼）。深知橘廣相無罪的天皇走投無路，但時任贊岐守的菅原道真致書藤原基經，告知如果紛爭繼續的話將不利於藤原氏一家，基經這才平息了怒火，事件也終於得到了平息。
通過“阿衡事件”，世人皆知藤原氏權力之強盛；事件也證明了天皇實際上已成為基經的傀儡這一事實。
矛盾之處
但是，《日本三代實錄》元慶8年7月8日條中記載了同年的6月7日，光孝天皇希望將政務委託給藤原基經，基經上書推辭說：“如何責阿衡以忍労力疾，役冢宰以侵暑冒寒乎？”意思是，即使是不畏寒暑地為政務勞心盡力，我也不知道能否完全盡到阿衡的責任。阿衡事件的問題核心的“阿衡”一詞，藤原基經自身也用過，因此基經真的不知道“阿衡”一詞的本來含義嗎？對於這一點應當是要存疑的。另外，在《政事要略》卷30中引用的《宇多天皇御記》仁和4年6月2日條中，天皇之前就對藤原基經說過：“卿従前代猶摂政焉、至朕身親如父子、宜摂政耳。”意思是，你自光孝天皇時就任攝政，於我而言親如父子，請你擔當我的攝政。藤原基經上書回復道：“謹奉命旨，必能奉。”意思是，謹承天皇的命令，（今後）一定遵從天皇的御旨。儘管藤原基經做出了如此承諾，但是史書中也記載了基經為此不滿而違背前誓行為。
佐佐木宗雄認為，阿衡事件中藤原基經的本意與其說是糾結“阿衡”一詞的使用是否恰當，倒不如說是對宇多天皇渴求獨立行政的不滿。宇多天皇的兩封詔書均未提及將政務全面委任藤原基經——這正是光孝天皇在位時期所做之事——從這一點可以看出宇多天皇有限制藤原氏政治許可權的打算，藤原基經對此感到反感，並謀求與光孝天皇時期同樣的政治許可權。這可能就是阿衡事件的“真相”。
事件中的菅原道真
上文中說過，菅原道真的上書平息了藤原基經的怒火，下面就來詳細看看菅原道真在阿衡事件中的作用。
首先是菅原道真的兩封上書。
在阿衡事件攪得平安朝學界、政界雞鳴狗跳的仁和三年末至仁和四年正月，時任贊岐守的菅原道真正好因休假而回到了京城。他目睹了阿衡之爭的激烈，於是第一次上書藤原基經。這一次上書的具體內容不明，但是直到道真返回任地，紛爭也未停滯，由此可見這第一次上書並無多少效果。道真上書的原因，恐怕是因為自己身為當時學界的巨擘，無法對如此重大的問題坐視不管吧。
仁和4年十月，菅原道真秘密進京，再度上書藤原基經，建議基經自重。其上書的主要內容有二：
一、橘廣相使用“阿衡”一詞並非無前例，如廣相無過而獲罪，那之後的文人便易不免於罪，文章之道也會因此衰微。
這一點可謂是對藤原基經這種壓制言論做法勇敢的正面回擊。
二、因細枝末節的問題罪責於才智兼備的橘廣相，這有傷藤原基經自身的形象，對於藤原氏將來的發展毫無利處。
這一點在維護橘廣相的同時又照顧了藤原氏的立場，為藤原氏之將來擔憂的真情流露無疑。
自古以來都認為菅原道真的這封上書平息了紛爭，但是實際上解決問題的還是藤原基經的手段。不過，要說道真的意見完全沒有作用，那也是說不過去的。
事件的影響
阿衡事件體現了藤原氏在平安時代中期的強大實力，這一點是毫無疑問的。
這場歷經一年的紛爭還有另一個引人注目的地方，那就是天皇始終支持橘廣相的姿態。紛爭之所以會持續一年之久，其中的一個原因便是天皇始終支持橘廣相而不肯輕易屈服於藤原基經。橘廣相最終免於流罪並且仍得重用。另在，在所有的學人們都迫於藤原氏的威勢而不願支持橘廣相的情況下，堂堂正正地與藤原氏正面交鋒的菅原道真的形象也令天皇印象深刻。寬平二年（890年）五月，橘廣相病逝，天皇便提拔菅原道真為其後繼者，這也屬情理之中。菅原道真官複式部少輔，更升任藏人頭一職而成為天皇近臣，還出任春宮亮（負責東宮太子教育的春宮一職的次官，長官為春宮大夫），這一系列的升遷，與他在阿衡事件中的所作所為是脫不了干係的。
