民辦高等教育在培養社會急需人才、推進高等教育大眾化、推動教育體制改革等方面起到了積極作用,對我國教育事業發展貢獻巨大。《面向21世紀教育振興行動計畫》提出要“形成以政府辦學為主，社會各界共同參與，公辦學校與民辦學校共同發展的辦學體制”，表明對民辦教育的高度重視和認可；2010年，教育部等部委出台《關於進一步促進民辦教育發展的若干意見》，指出要積極發展民辦高等教育；當前，如湖北等地針對民辦高校出台相關政策意見，在辦學自主權、扶持政策、辦學權益、教師隊伍建設和規範管理等方面進一步完善了政策環境。2012年全國教育事業發展統計公報顯示，現全國有民辦普通高校707所（含獨立學院309所），占全國高等學校總數的29%。但是，伴隨著發展加速和規模擴張，民辦高校也面臨一些問題。
一是認識和觀念明顯滯後。政府和教育行政管理部門以及民辦教育工作者對《國家中長期教育改革和發展規劃綱要（2010—2020年）》、《民辦教育促進法》等政策法規認識還需要進一步提高，片面認為民辦教育姓“私”不姓“社”，忽視了教育社會性、服務性、公益性。認識缺位既導致政策不到位、連續不足性，也使社會各界對民辦高等教育和民辦高校學生存在嚴重的偏見和歧視。
二是政策和資金支持不平等。政府對民辦高校和公辦高校難以做到一視同仁。隨著我國教育投入不斷增加，政府提高了對公辦學校在校學生經費支持比例。而公辦學校教師工資持續增長使得民辦高校的吸引力下降，一些教師對民辦高校未來的期望值還在繼續下滑，導致民辦高校教師隊伍的穩定性不足，辦學成本上升。目前，民辦高校融資渠道相對單一，資金積累少，長期依賴收取學費維持生存，資金籌措問題成為影響民辦高校發展的瓶頸。在貸款過程中，民辦高校和公辦高校的待遇也不一樣。
三是師資隊伍困擾民辦高校發展。現任教於民辦高校教師由三部分組成，一是來自我國“985”和“211”高校近年畢業的碩士研究生，這些教師“臨時”觀念較強，一旦找到更“好”的工作崗位，就會立即請辭離開；二是從公辦學校聘請的一些具有教學和科研經驗的中青年骨幹教師，他們往往既要操心原單位工作，又要惦記受聘民辦高校擔負的任務，很難集中精力；三是部分從公辦高校已經退休且身體健康的專家教授，到民辦高校或擔任學科、學術帶頭人，或從事教學管理及質量監督工作。民辦高校複雜多變的教師隊伍構成，制約著民辦高校教學質量的提高和民辦高等教育的可持續發展。
四是科學管理問題亟待解決。政府對民辦高校的管理職能未能充分發揮，民辦高校如何進行科學分類缺乏明確的法規政策，尚未建立起強有力的民辦高校管理機構。民辦高校的內部管理機制有待進一步加強和完善，亟待建立健全一套有民辦高校特色、能充分調動廣大教職人員積極性的科學管理制度和評價體系。
為此建議，
1、認真抓好民辦教育的分類管理。教育部將把民辦教育分為營利和非營利兩類並分類管理。對劃分為非營利類的民辦高校，突出其辦學的公益性，應按教育類公益性事業管理辦法，享受有關優惠政策支持。
2、推進民辦與公辦高等教育均衡發展。對劃分為非營利性範疇的民辦高校，應該將其培養的本、專科生與公辦院校同等對待。出台相關政策，對歸類在非營利性民辦高校，釆用購買服務的方式進行教育性補助，補助標準比照公辦高校大學生均補助的標準。
3、大力發展和加強套用型本科院校建設。套用型大學人才培養的突出特點和重要途徑是大力加強與生產實踐及科學實驗緊密結合。民辦高校必須走“校、企、政、行”合作培養人才的路子，才能使“知識寬、能力強、留得住、會創新”的高素質套用型人才脫穎而出。出台相關政策，減免校企合作企業的教育附加費和與之相關的稅收，並將這部分資金用於支持與培養套用型人才的高校開展大規模的校企合作工作。
4、出台穩定民辦高校教師隊伍的相關政策。穩定的民辦高等學校師資隊伍是確保教學秩序正常運行、提高教學質量和保證學校長遠發展的重要基礎。據統計，河南省民辦普通高校35所，占全省高校30%，專任教師約2萬人，僅占全省高校教師總數20%。民辦高校教師隊伍的不穩定直接造成學校的不穩定。教師屬於國家和社會，不應以其所在從業單位的性質來確定其社會地位。建議出台政策，把民辦高校教師養老保險納入事業單位範疇。
5、出台支持興辦特色民辦大學和培養套用型研究生的相關政策。經過近30年的改革發展，全國已經湧現出了一批辦學實力較強、能滿足地方經濟和社會發展需求、專業對口的特色民辦高校，但人才培養還遠遠不能滿足經濟社會發展需求。建議儘快出台政策，大力支持興辦研究型民辦大學，在有辦學實力和特色鮮明的民辦高校中，啟動套用型研究生的培養工作，從人才、資金、外部環境上給予支持幫助。
6、出台公辦院校對口支援民辦高校相關政策。2011年，九三學社鄭州大學委員會與民辦的鄭州科技學院簽署了“九校合作”協定，進行對口支援，但由於缺乏相關政策支持，這種對口支援深度和廣度不足。建議出台指導性政策，對強（公辦高校）弱（民辦高校）採取跨省跨校遴選幫扶對子，利用現有公辦高校資源實施對口支援計畫。對口支援形式可以包括派教師參與教學、科研、中青年骨幹教師培養、實驗室共建、研究生協助指導、科研項目開發、聯合辦學，也可釆取援派掛職幹部住校任職、接受受援學校教師培訓等辦法。
