醫院坐落於海淀區四季青鎮一所名為“西禪寺”的寺廟院內，開設病床30張。成立之初雖然醫療環境比較簡陋，但云集了國內知名的肛腸專家和軍隊退休名醫，不僅有著非常豐富的臨床診斷治療經驗，更以“無痛手術”而聞名，以“口碑相傳”的方式吸引了絡繹不絕的患者建院。近10年來,治癒肛腸病患者上萬名，受到了高度好評。
2003年經國家中醫藥管理局批准，北京長青肛腸醫院成為全國肛腸病重點專科建設單位(全國僅8家，北京僅2家)。此後又被北京市評為“首都精神文明服務達標單位”、“海淀區先進醫院”等一系列稱號。
同年根據國家有關政策，北京海淀長青醫院由軍隊申辦改制成與四季青政府合作的股份制醫院。並根據醫院專科發展的戰略需要，從綜合性醫院變更為專科醫院，正式更名為“北京長青肛腸醫院”，成為一所一級甲等的肛腸病專科醫院。
2004年隨著長青肛腸醫院“全程無痛技術”知名度的不斷提高，受到了中外肛腸界矚目，吸引了日本、韓國諸多肛腸界同行來醫院參觀、學習，目前已與日本東葛仲肛腸病醫院、國本肛腸病醫院、松田肛腸病醫院正式締結成為中日友好姊妹醫院，長青肛腸醫院的專家也多次被國外肛腸醫院邀請講學和技術指導，在國際上展示了中國肛腸病在治療研究方面的成果。
2005年1月搬至新的醫院樓，開設專科病床90張，有主任醫師、副主任醫師10人（其中大部分是退休的軍隊名醫）， 醫院設定科室13個，專家技術力量雄厚，配置了電子纖維腸鏡、彩色B超、電腦遙控X光機等檢查診斷治療設備，各項醫療設施齊全。2006年1月，經過醫院全體醫務人員不懈努力，各項指標完全符合北京市“醫保”定點醫院的要求，終於在北京市當年提出申請“醫保”的多家醫療機構中脫穎而出，取得了“北京市醫療保險定點醫療機構”的資格，成為北京市唯一一家取得肛腸專科醫保的醫療機構。
