歷史沿革
2000年4月，國務院檔案批准建立長江上游合江至雷波段珍稀魚類國家級自然保護區。
2005年4月，國務院對保護區範圍作了調整，並更名為“長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區”。
保護範圍
保護區江段總長度為1162.61公里，總面積為33174.213公頃，涉及雲南、貴州、重慶、四川四省一市。主要包括金沙江向家壩壩軸線下1.8km至重慶馬桑溪長江江段353.16km，岷江月波至岷江河口90.1km，赤水河源至赤水河河口628.23km。其中，核心區10803.5公頃，緩衝區15804.6公頃，實驗區6566.1公頃。
保護區範圍涉及流經包括貴州、雲南、四川和重慶四省、市在內的長江上游流域。長江上游珍稀、特有魚類國家級自然保護區面積33174.2公頃，核心區10803.5公頃，緩衝區15804.6公頃，實驗區6566.1公頃，主要保護對象仍然為白鱘、達氏鱘、胭脂魚等長江上游珍稀特有魚類及其產卵場。範圍在東經104°9′至106°30′，北緯27°29′至29°4′之間，包括建成後的金沙江向家壩水電站壩軸線下1.8公里處至重慶長江馬桑溪江段，長度353.16公里；赤水河河源至赤水河河口，長度628.23公里；岷江月波至岷江河口，長度90.1公里；越溪河下游碼頭上至謝家岩，長度32.1公里；長寧河下游古河鎮至江安縣，長度13.4公里，南廣河下游落角星至南廣鎮，長度6.18公里；永寧河下游渠壩至永寧河口，長度20.63公里；沱江下游胡市鎮至沱江河口，長度17.01公里。調整後的保護區設核心區5處，分別是：金沙江下游三塊石以上500米至長江上游南溪鎮，長江上游彌陀鎮至松既鎮，赤水河幹流上游魚洞至白車村，赤水河幹流中游五馬河口至大同河口，赤水河幹流習水河口至赤水河口。
保護對象
截至2009年，保護區水域分布有魚類189種，屬9目21科99屬，浮游植物6門53屬，浮遊動物51屬87種，維管束植物24屬33種，底棲動物40屬50種。長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區主要保護對象是珍稀特有魚類及其生境。保護區內屬於國家一級重點保護的魚類2種，即白鱘、達氏鱘、二級重點保護的1種，為胭脂魚。此外還有長江上游特有魚類66種。
保護價值
為維護長江上游魚類種群多樣性和長江上游自然生態環境，合理持續利用漁業資源，補救因水電工程建設和經濟建設等人為因素對自然生態系統造成的影響，及時拯救長江上游瀕危魚類。
管理狀態
四川省、貴州省、雲南省、重慶市及有關市、縣都已設立了保護區管理局（處、站），在農業部統一領導協調下開展了大量的保護管理工作。法律法規制定、管護設施建設、漁民轉產專業、珍稀特有魚類增殖放流、保護區資源環境監測、社會經濟調查、科學研究等工作正全面有效開展。
宜賓市在保護區範圍的區、縣有二區四縣，分別是翠屏區、南溪區、屏山縣、宜賓縣、江安縣、長寧縣，宜賓市水產漁政局同時增掛國家級自然保護區管理處，全面管理轄區內保護區工作。
重慶段保護區機構設“一局、三處、兩站”。重慶保護區管理局依託重慶市漁政漁港監督管理處建立。在長江巴南區漁洞江段設定“巴南管理處”，在長江江津市幾江江段設定“江津管理處”，並分別在朱揚鎮、白沙鎮設定保護站，在長江永川市松既鎮江段設定“永川管理處”。管理機構人員編制總計32人。採用和當地漁政部門合署管理方式，實行“一套人馬，兩塊牌子”。
