重慶醫科大學兒科學院的前身兒科系是全國歷史最悠久和最著名的四大兒科系之一。兒科學院設教研室10個。是衛生部、教育部指定的兒科系統編教材和教學大綱的主編和編委單位,重慶市重點示範課程單位。承擔重慶醫科大學各個學歷層次的兒科醫學教育,1990年設博士點,1992年建博士後流動站,2000年開始招收七年制本碩連讀生。
重慶醫科大學兒科學院位於重慶市渝中區中山二路136號,在市文化宮和少年宮之間。內設兒科醫學研究所,重慶醫科大學兒科醫學研究所有10個研究室,中心實驗室作為重慶市重點開放實驗室面向全國開放。重慶醫科大學兒科學院所在重慶醫科大學附屬兒童醫院以兒科醫學研究所為依託,加速科技發展。近10年承擔國家、部省級課題近200項,獲獎35項。