職能調整
劃出職能
（1）制定環境保護產業政策和發展規劃的職能交給區經濟委員會承擔，區環境保護局參與有關工作。
（2）制定並組織實施生態環境保護和建設規劃、計畫職能交給區發展計畫委員會承擔，區環境保護局負責監督。
劃入職能
區農牧漁業局承擔的農村環境保護職能。
增加職能
（1）核安全監督管理職能。
（2）生物技術環境安全職能。
（3）組織協調環境保護國際條約在本區的履約活動。
（4）區人民政府批准的立項的建設項目環境保護審批職能。
轉變職能
（1）強化環境保護規劃、計畫、規章的制定，建立健全環境管理制度的執行職能。
（2）將原局屬事業單位承擔的環境目標責任考核、城市環境綜合整治及定量考核職能劃歸局機關。
主要職責
根據以上職能調整，重慶市巴南區環境保護局的主要職責是：
1、貫徹執行國家關於環境保護的方針、政策和法律、法規，根據職責和授權擬定有關法規的貫徹實施意見。
2、擬定環境保護規劃；組織擬定並監督實施本區流域污染防治規劃；負責生態環境保護規劃實施過程中的監督管理；組織實施環境功能區劃。
3、組織對本區重大經濟和技術政策、發展規劃及重大經濟開發計畫等進行環境影響評價；監督對環境有影響的建設項目及資源開發項目執行環境影響評價制度和“三同時”制度；負責對進入本區的污染治理企業的資質審查。
4、執行排污費收費制度，負責排污費的收繳、管理和使用；監督和實施排污申報制度、排污許可證制度和限期治理制度，組織推行污染物集中控制；對廢氣、廢水、固體廢物、粉塵、噪聲、振動等污染防治和生態環境保護實施統一監督管理。
5、對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、生態環境建設和生態破壞恢復工作進行監督，並對生態環境管理提出政策建議；負責城市生態環境保護和三峽庫區水環境保護工作；監督檢查轄區內自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作；監督生物多樣性保護、野生動植物保護；負責農村環境保護；指導生態示範區和生態農業建設。
6、負責核安全、輻射環境、放射性廢物管理工作，對電磁輻射、核技術套用、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治工作實行統一監督管理。
7、組織實施環境保護目標責任制；歸口管理城市環境綜合整治及其定量考核工作；開展環境保護模範城區創建工作和環境保護統計工作。
8、組織調查和處理本區環境污染事故和生態破壞事件；組織開展環境保護執法檢查活動；負責全區環境保護行政稽查。
9、負責全區環境信息系統的建設和管理；組織開展環境調查和環境監測工作；組織編報本區環境質量報告書和工業污染源狀況報告；發布本區環境狀況公報和環境統計公報。
10、組織開展環境保護的宣傳教育活動，推動公眾和非政府組織參與環境保護。
11、組織環境保護國際條約在本區的履約活動和環境保護利用外資的有關工作。
12、指導和協調各鎮街、各單位（園區）的環境保護工作。
13、承辦區委、區政府交辦的其他事項。
