機構職責
（一）推進全區醫藥衛生體制改革。擬定全區衛生工作規劃性檔案、全區衛生髮展規劃並組織實施。
（二）統籌規劃與協調全區衛生資源配置。
（三）承擔食品安全綜合協調，組織查處食品安全重大事故的責任，統一發布重大食品安全信息。指導規範衛生行政執法工作，按照職責分工負責職業衛生、傳染病防治、放射衛生、環境衛生、學習衛生、公共場所和飲用水的衛生安全監督管理。負責衛生行政複議和對衛生執法的監督。負責組織協調衛生行政訴訟工作。
（四）負責實施全區國家基本藥物制度和醫療機構內部藥事工作的監督管理。
（五）擬定農村衛生、處級衛生保健、社區衛生、婦幼保健和健康教育等有關政策措施、發展規劃並指導實施。規劃並指導社區衛生服務體系建設，負責婦幼保健的綜合管理和監督。
（六）負責全區醫療機構醫療服務的行業監督管理，執行醫療機構醫療服務、技術、醫療質量和采供血機構管理的政策、規範、標準，組織實施醫療衛生職業道德規範，建立醫療機構醫療服務評價和監督體系。負責醫療急救和重大突發性事件人員傷亡的緊急醫療救護的組織指揮工作，負責重大活動醫療保障工作。承擔全區幹部保健工作。
（七）負責全區醫藥衛生科技工作，組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。指導管理行業協會和專業協會。
（八）負責中醫藥管理工作，制定全區中醫、中西醫結合醫療發展規劃和政策措施，協調有關部門共同發展全區中醫藥事業。
（九）負責衛生應急工作，擬定區域衛生應急預案，負責突發公共衛生事件監測預警和風險評估，指導實施突發公共衛生事件預防控制與應急處理。發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（十）負責組織實施公共衛生法律法規，制定全區公共衛生管理制度並組織實施。
（十一）負責疾病預防控制工作，制定全區重大疾病防治規劃，擬定全區免疫規劃及方案，協調有關部門對重大疾病實施防控與干預。承擔區防治愛滋病工作委員會的具體工作。
（十二）指導衛生人才隊伍建設工作，組織擬定全區衛生人才發展規劃，組織實施衛生技術人員資格認定工作。
（十三）負責區幹部保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作，按照規定負責有關幹部的醫療管理工作。
（十四）承擔區愛國衛生運動委員會的具體工作。
（十五）承辦區委、區政府交辦的其他事項。
歷史沿革
根據《重慶市北碚區人民政府辦公室關於印發重慶市北碚區衛生局主要職責內設機構和人員編制規定的通知》（北碚府辦發[[[]]2010[]]76號），設立重慶市北碚區衛生局 ，為區政府工作部門。對原機構職責進行以下調整：
（一）劃入區食品藥品監督管理局承擔的綜合協調食品安全、組織查處食品安全重大事故的職責。
（二）劃入原區愛國衛生運動委員會辦公室職責。
（三）將食品衛生許可、餐飲業、食堂等餐飲服務環節的食品安監管，保健食品、化妝品衛生監督職責劃給區食品藥品監督管理局。
（四）將工礦商貿作業場所（煤礦作業場所除外）職業衛生監督檢查劃給區安監局。
（五）新增突發公共衛生事件預防控制與應急處置職責。
（六）新增基本藥物制度管理職責。
（七）加強食品安全綜合監督職責，加強對醫療服務、公立醫療機構的監督管理。
（八）加強重大活動醫療保障工作職責。
（九）深化醫藥衛生體制改革。堅持公共醫療衛生的公益性質，堅持預防為主，以農村為重點，中西醫並重的方針，堅持為人民健康服務的方向。
