1969年12月20日，國防科委又傳達中央軍委的批示：根據尖端集中、常規分散和實行三結合的原則，一批院校要分建。具體事宜由國防科委、總參謀部、總後勤部、空軍、海軍直接協商。1970年軍委下達檔案，哈爾濱工程學院原子工程系和哈工大的尖端專業合併，西遷重慶北碚，定名為“重慶工業大學”。校舍選用西南師範學院，把西師趕到了郊縣辦學。1969年12月30日國防科學委員會致信黑龍江省革委會、省軍區，對哈爾濱工程學院、哈爾濱工業大學兩校的內遷問題發表預先號令。
1970年1月12日，根據軍委辦事組和總理辦公室批示，“哈軍工”原子工程系與“哈工大”部分專業合併西遷重慶，組建重慶工業大學，進駐西南師範學院（簡稱：西師）。西師則搬至梁平、忠縣一個中學裡建校辦學。中央軍委關於成立重慶工大的指示：軍工原子工程系各專業下馬，按哈工大工程物理系專業方向辦學，重慶工大在渝期間一直未能招生。在此期間只是做了一些開學的準備工作。因為西師是一個文科院校，在王廉清等核心組同志的領導下，在西師的地盤上建設了一個校辦實習工廠。
1973年7月3日，國務院、中央軍委正式發出通知，同意國務院科教組、國防科委關於重慶工業大學仍遷回哈爾濱與原哈工大留省部分合併，組成哈爾濱工業大學；原軍工二系（原子工程系）仍調回長沙工學院建制的報告。
